孟德随机化真争气!中国学者用日本数据库拿下二区top,IF=5.1!

文摘   科学   2024-07-16 17:42   浙江  

最近天气很热,但孟德尔随机化更热!今天除了分享最新的孟德尔随机化的发文思路,还给大家带来一个新的公共数据库-Biobank Japan(日本生物样本库),中国学者结合两者成功发文二区top!

2024年7月8日,中国学者采用孟德尔随机化的方法期刊《Joumal of Clinical Endocrinology & Metabolism(医学二区top,IF=5.1)发表题为“Urolithiasis Causes Osteoporosis in Asians: GeneticEvidence from Mendelian Randomization andPathway Analysis究论文,使用孟德尔随机化(MR)、遗传相关分析、共定位和通路分析,研究尿石症和骨质疏松症(OP)之间的直接因果关系和机制。

最终,研究发现尿石症和OP之间的存在独立于环境因素的直接因果关系。

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尿石症不仅只是有症状的结石病,除了疼痛外,还有可能引起起肾功能损害、泌尿系感染、骨质疏松等并发症。据调查,10%~40%的尿石症患者都患有骨质疏松症(OP)。
由于尿石症和骨质疏松症(OP)都是与体内钙代谢相关的疾病,虽然它们之间的因果关系尚未明确,但许多研究都发现尿石症与骨质疏松症(OP)之间存在显著关联。

使用孟德尔随机化(MR)分析因果关系

研究团队使用日本生物银行(BioBank Japan (BBJ))的数据,最终纳入6,638例尿石症和7,788例骨质疏松症(OP)患者,以及10个与尿石症相关的SNP,评估尿石症和骨质疏松症(OP)之间的直接因果关系和机制。研究过程如下图所示:

  • 首先通过MR分析估计尿石症对OP的总影响,并通过反向MR分析排除反向因果关系的潜在干扰;
  • 然后,通过多变量MR(MVMR)分析来评估尿石症对OP的直接影响;
  • 最后,通过遗传相关性分析和共定位分析探究介导尿石症与OP之间关系的表型因素。
图1 研究设计
研究团队首先使用IVW方法,发现遗传预测的尿石症与OP呈正相关,随后的敏感性分析也与先前的结果一致。而反向分析结果则显示,遗传预测OP对尿石症没有显著的因果关系。
为研究介导尿石症与OP之间关系的表型因素,研究团队按基于预先假设的因素进行了中介分析,研究结果表明eGFR(估计肾小球滤过率)在尿石症与OP之间起到中介作用。

图2 根据理论基础和临床经验筛选出的预设中介因素

图3 中介分析结果
最后探讨影响尿石症和OP之间因果关系的危险因素,共风险因素分析显示,心血管可能是尿石症和OP共同的危险因素。生物分析表明,细胞因子、代谢和钙信号通路可能是尿石症和OP的桥梁,BCAS 3、DGKH、TBX 2和TBX 2-AS 1被鉴定为潜在的致病基因。
数据库是科研工作者最宝贵的资源之一,除了大热的Charls、NHANES和GBD数据库,Biobank Japan算是一个不是特别卷的赛道。在使用该数据库发表的文章中,遗传风险和因果是发文的热点,而孟德尔随机化是最主要的研究工具。不少中国学者都成功用这个数据库发文SCI,想用孟德尔随机化深入研究的可以考虑一下这个数据库~

后   记


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