虽然知识研究并不鼓励直接宣称意识形态，但几乎所有的社会研究作品都具有明显或潜在的意识形态立场。我们在知识界见到的大辩论，常常是意识形态和知识内容的混合，一些辩论甚至较少知识成分，主要是意识形态交锋。由于意识形态具有信念和绝对的特性，这些辩论很容易因信仰不同变得极端化，最后变成道德和政治阵营的对立甚至战斗。但是从社会的文明进程来看，这些辩论又是必经的形式，因为它们促成价值的判断、区分、分享和建设。
因此，社会科学如何面对意识形态，是个复杂问题。一方面，社会研究意识到自己不等于意识形态，需要有别于意识形态；另一方面，不同的社会科学理论又包含意识形态，它在传播甚至建构意识形态。知识的立场要求免受意识形态干扰，对多元信仰保持开放和沟通的态度，而社会科学知识中隐含的意思形态内容，又在研究过程中，对其他不同的意识形态采取实际上的排斥态度。
论文写作也不能幸免，因为写作不能没有立场。如何解决这一问题？
既然无法清除意识形态在知识研究中的存在，使之消失不切实际，那么更实在的方法也许是：首先明了自己的意识形态立场。一些学生写作的时候并不知道自己的信仰究竟是什么，不清楚自己所持的意识形态，所以论文写作呈现乱象：使用的文献资料来自此意识形态，却得出合乎彼意识形态的结论。
在研究者中，每个人形成稳定意识形态的时间不同，不少人常常变动自己的立场，一生都没有清楚立场的也不罕见，更何况刚刚进入专业领域的学生。但作为论文作者，无法回避意识形态问题，因为在写作中经常需要评价他人研究，以便阐述自己研究的价值。无论是否清楚意识到，这些评价事实上都有意识形态的参与和影响。因此，通过学习和阅读，理清自己的信仰很重要。
这方面常见的问题是，阅读中对文献的意识形态立场缺乏洞察，因而出现只见树木、不见森林的情况。比如从某一理论中借用了一个分析概念，却不关心这一理论的意识形态立场，结果一定是不知这一理论的针对性，于是用错。还比如，自己的研究针对观点甲，但借用的某概念（及其背后的意识形态）正来自观点甲。不理解自己的意识形态也会出现同样的问题，例如，你在研究中建议一种社会政策，但这一政策背后的基本原则和意识形态信念，是你完全不同意的。这就必然出现不一致性，如同不合逻辑一样，这种现象是论文写作忌讳的。
上述这类忽略，原因之一是对意识形态缺乏体察，而社会科学论文要求作者建立这样的敏感性。改进此问题的基本方法，就是深入、系统的阅读，避免蜻蜓点水式阅读，如果只读皮毛，不读背景、历史、来源和思想，缺乏阅读中对基本原则的体会、对比和思考功夫，就会只知局部而不知整体。
一方面，需要了解，所有的学问都有意识形态立场，它们不容回避。在研究中诚实对待它们，尊重不同乃至对立的立场，用讲道理的方式说服而非压服对方，是研究者必备的修养。另一方面，需要设置距离：区分意识形态和知识，但这的确非常困难。特别应该避免以貌似知识的意识形态代替研究。
意识形态的一个特点是绝对性，而知识是可以根据事实加以改变的，注意到这一点有助于研究写作。在论文写作中，不妨追问自己这样一些问题，也许有助于辨别和厘清意识形态与知识：
意识形态的长处，是为知识探索带来强大动力，但又具有绝对性（不容置疑）和封闭性（不容改变）。意识形态和知识各自关心的终极目标很不同。我们暂时无法给它们分别下准确定义，但我们能做的，是对自己以及无所不在的意识形态的局限性保持清醒意识，同时让自己的信仰体系（意识形态）以讲道理的方式——事实证明的方式，而不是以意识形态支配或排斥的方式——在论文中存在。
