AD603 - AD608
罗马军队在巴尔干的动荡导致了602年莫里斯的垮台。同年十一月，福卡斯夺取了皇位，处决了莫里斯及其所有家人。福卡斯在政变后不久，派遣使者带上金银前往泰西封，告知罗马人迎来了新的领袖。库斯老二世见到罗马使节，怒斥他们对待莫里斯与他的家人如此残暴，但对是否继续遵守原有的合约却不置可否。
福卡斯穿上紫袍不久后便借机调走功勋卓著的将军纳尔塞斯，导致叛乱在奥斯若恩地区爆发，莫里斯的忠实军士开始集结。库斯老二世在收到纳尔塞斯举兵的邀请后，迅速向叙利亚发动入侵。为了显示自己的正当性，沙阿宣称莫里斯的长子成功逃出君士坦丁堡来到他的宫廷，波斯万王之王将会履行承诺保护罗马凯撒，并像他父亲所做的一样提供军队帮助他夺回帝位。
贪图荣华富贵的纳尔塞斯最终轻信许诺而死在君士坦丁堡，福卡斯终于稳定了东方战区，开始人员调配工作。失去盟友的库斯老二世并没有停止进攻，迅速带领士兵包围达拉要塞。福卡斯在帝都毫无根基，只能火线启用侄儿Domentziolus（多门齐奥卢斯），先任命他为贵族，后提升为宫廷大臣，最后上任东部大元帅。这位新帅毫无军中根基，也没有拿得出手的战绩，东部战区依旧消极。
达拉要塞在遭到围攻至少九个月后，于604年夏天陷落于库斯老二世之手。在结束这场耗时费力的围城战后，库斯老二世决定停止进军，巩固现有成果，并遵循爷爷的法令，将指挥权交给心腹将军Shahin（沙欣），而后返回泰西封。在与莫里斯的协定中割让的亚美尼亚也开始面对波斯人的入侵，整体的吞并过程十分缓慢。亚美尼亚在罗马政府的强制移民政策后已经没有多少人口剩下，这个地区有着大量的崎岖山地。
AD609 - AD613
福卡斯动荡的统治因自己猜忌而彻底垮台，祖孙三代一起出动的希拉克略家族夺取了帝位，并于公元610年10月加冕为皇帝。但这并没有标志着权力斗争的结束，福卡斯虽“意外”成为皇帝，但也统治了将近8年的时间，广泛提拔了自己的军中好友与家人。
两方势力剑拔弩张，持续将近一年多之久。在叙利亚与亚美尼亚驻守的福卡斯亲信们离开驻地，准备报效提拔之恩。实际上叛乱势力并没有公民们的支持，很快就被平定。在解决完反叛势力后，希拉克略派遣使者希望与库斯老二世达成和平协议。沙阿拒绝了皇帝的请求，并处死了罗马使臣。面对一个削弱和分裂的敌人，波斯军队迅速展开全面的征服变得更加容易。
波斯军队从两线发动进攻，南路由沙欣带领，企图从叙利亚进入安纳托利亚腹地；北路由大将沙赫尔巴拉兹率领，目的是控制整个高加索地区。
南路军在大将沙欣的带领下迅速攻占了卡帕多细亚首府凯撒利亚。并持续向西挺进，在隔年占领罗马在安纳托利亚腹地最重要的城市马利泰尼。面对咄咄逼人的波斯大军，希拉克略提升自己的长子为共治皇帝，召集残部重新整编，绕过波斯人主力奇袭叙利亚。沙欣认为已经过于深入罗马国土，选择战略撤退至补给稳定的占领区。
希拉克略带着他的两位将军来到安条克城下，希望以此为基地，配合罗马优势海军稳定补给，一举击溃盘踞在此的波斯人。此时另一位波斯大将沙赫尔巴拉兹带着增援前来，双方合兵一处，因之前的胜利气势正盛波斯人在安条克城外击败希拉克略，使其蒙受重大损失，这场失败让整个近东地区失去防御能力。皇帝因惧怕失去粮仓埃及，将巴勒斯坦地区的边防军调往埃及镇守。
至暗时刻
AD614 - AD619
在安条克取得大胜的沙赫尔巴拉兹稍事休整后迅速南下，击败了当地孱弱的守军，攻占了巴勒斯坦行省首府凯撒利亚。被罗马人压制多年的犹太人看到了希望的曙光，各地犹太会堂开始向波斯人提供情报，希望他们的国王能像居鲁士大帝一样允许他们回到故土重建第三圣殿。
全帝国的属灵圣地耶路撒冷岌岌可危，城中矛盾尖锐，大主教希望通过和谈的方式让波斯人撤退，并以全能上帝将降下灾祸为威胁，双方都能体面收场。然而波斯人根本不理会主教，迅速展开围城。城内百姓在缺少粮食与军械装备的情况下，等待他们的只有屠刀与血泪。一直被罗马人视为不可靠盟友的阿拉伯部族，在持续得不到皇帝赏赐的金币后开始调转枪头袭击巴勒斯坦与阿拉伯行省。耶路撒冷的陷落与真十字架被掳走让整个基督徒世界震惊，希拉克略的统治已经岌岌可危。犹太人在巴尔科赫巴起义失败后彻底失去家园，如今在波斯人的扶持下，再次建立一个以犹太人为主的自治国。
在近东地区失陷之前，波斯人已经取得奇里乞亚门这一重要隘口的控制权。安纳托利亚已经无险可守，虽然罗马军民一心抗敌，但广袤的乡野已不再安全，波斯骑兵可以纵情驰骋。此外，波斯人已经开始建造舰队企图夺取塞浦路斯岛以限制帝国。岛上总督奋力抵抗，成功退敌，让皇帝多少得到一些慰藉。
地中海已经不再是罗马人的内湖，难以预测行踪的波斯舰队让皇帝处境更加艰难。君士坦丁堡凭借先人耗费巨资建设的防御工事，让北方蛮族与波斯人望而兴叹，但周边那些早已习惯罗马和平的不设防城市就没有这么幸运，这导致帝国沿海城市受到极大威胁，以至于Cyzicus（库兹库斯）这座帝国东方最大的铸币厂被迫停工，迁移至伊索里亚山区。
皇帝为了应对危机，将铜币减重25%，发行了新的银币赫克格拉姆。钱币背面有铭文“Deus adiuta Romanis”（上帝帮助罗马人们）。该银币只是作为应急使用，发行时间短暂，传世量极为稀少。
波斯人对小亚细亚的破坏和对巴尔干沿海城市的袭扰使帝国的经济急剧萎缩。君士坦丁堡的免费面包政策被迫中断。帝国主力全部集中在帝都外防御，导致多瑙河防线几乎形同虚设，帖撒罗尼迦在618年左右遭到阿瓦尔人的围攻，尽管付出惨重代价，最终幸存下来。
由于埃及现已与帝国陆路隔绝，虽有帝国大将尼切塔斯镇守，但在得不到有效增援的情况下只能依靠修建在尼罗河上的要塞坚守，这显然无法有效阻挡波斯人入侵的脚步。随着主要城市纷纷陷落，尼切塔斯与亚历山大主教选择乘船逃离。在困守将近一年后，自亚历山大大帝击败大流士征服埃及以来，时隔将近一千年，波斯再度掌控埃及。
攻占亚历山大后，波斯军队继续向南扩张，最终在一年后占领整个行省。这次征服对罗马帝国的经济产生了重大影响，造成了混乱，并导致了严重的经济后果。波斯人甚至在亚历山大铸币，在太阳和新月之间刻有库斯老的半身像，背面刻有十字，这表明他们试图调和当地的舆论。
绝地反击
AD620 - AD628
第一阶段
如今君士坦丁堡屹立不倒，波斯人只能战略性撤退。鉴于当下时局，帝国军团已经无力四处救火，希拉克略与他的部将们得出一个极为大胆的计划：绕过波斯层层防卫，奇袭美索不达米亚，直捣波斯都城泰西封。为了实现这一计划，帝国军显然不可能沿着已经全面戒备的两河区域前进，因此他们联系了自己的亚美尼亚宗族，得到了十分肯定的支持，并且获知了一条波斯守备孱弱的通道。此外，皇帝还联系上波斯人的强敌突厥人，成功得到西突厥可汗统叶护的联盟。
为了确保计划顺利进行，皇帝决定御驾亲征，以古人方式，卸下多余的行军物资，以急行军的方式达成出其不意的效果；但与古人不同的是，罗马人如今的主力是骑兵，还装备了新式马镫。时隔百年后，元老院借皇帝亲征时再次有机会独立掌权。
初步计划确定后，为了确保不会被偷袭，帝国财政支付大笔贡金给肆虐巴尔干地区的马背蛮族。次年，皇帝带着他的巴尔干军队来到奥勒良曾经驻扎之地，等待合适的季节到来，顺便训练新兵。这时，一支波斯边防军从亚美尼亚攻入，沿着黑海沿岸到达本都。皇帝并没有率军前去阻挡，而是攻入空虚的亚美尼亚，占据了一部分先前丢失的领土。波斯将领沙赫尔巴拉兹很快意识到后路不保之危险，迅速撤退。
希拉克略的军队并不急于应战，而是采用游牧民族的作战方式，佯攻撤退消耗敌人。双方最终在东比提尼亚遭遇，凭借精锐骑兵出其不意的突袭，罗马人赢得了Battle of Ophlimus（奥弗利姆斯之战）。波斯人撤离了该地区，这场战斗并未决定性地改变局势，也没有造成严重的损失，但胜利极大地提升了罗马军队的士气。此次战役的主要成果是，到夏末，皇帝已经组织起了一支经验丰富的军队。然而，皇帝在那个夏天不得不返回君士坦丁堡，以应对撕毁和平条约的阿瓦尔人威胁。
来自阿瓦尔人的持续压力迫使希拉克略返回巴尔干地区，邀约阿瓦尔可汗进一步谈判。谈判地点选在距离君士坦丁堡90公里的Heraclea（赫拉克利亚）。凭借优秀的情报工作，皇帝得知阿瓦尔人计划伏击抓捕他。险些在谈判过程中成为阶下囚的皇帝，只能以一笔更大贡金为代价才得以脱身。
第二阶段
在处理完巴尔干地区事务后，希拉克略再次领军来到前线，准备落实与突厥人夹击波斯的计划。双方决定沿着阿拉斯河行军，以今天的阿塞拜疆为跳板，南下攻入波斯领土。另一个好消息从帝国谍报人员中传来（大概率是商人），库斯老二世正在南下的必经之路上训练新军；如果能奇袭成功，俘获波斯王，将局势一夜扭转，天下可定。
在罗马大军进攻期间发生了一件不可思议的事情，夏至时节，空气开始变得潮湿，给罗马军队带来了清爽的气息，军士们相信这是上帝的眷顾，预示他们必将获得胜利。在拜火教圣地塔赫特苏莱曼操练新军的库斯老二世完全没有发现数万罗马大军前来。等到兵临城下，波斯王也只能带着精锐先行逃跑，把那些训练不足的新兵推上前线阻挡罗马人。希拉克略迅速赢得胜利，因担心遭到埋伏放弃追击，转而掠夺并摧毁了这座伊朗人的圣城，以报复耶路撒冷陷落之仇。
希拉克略在结束劫掠后，返回亚美尼亚准备过冬，等待来年春天可汗的大军前来，并招募士兵填补空缺。反观库斯老二世，因这场失败而备受指责，为了避免潜在叛乱的发生，支付大笔资金召集三路兵马合围躲在亚美尼亚的罗马人。面对这样的危局，新招募的士兵纷纷逃跑，导致老兵们哗变，要求皇帝带他们回帝国。
波斯三路大军因将领们各怀鬼胎，并没有通力协作。训练不足的南方军团率先追上，面对步步紧逼的波斯人，那些与皇帝一起征战多年的老兵纷纷表示自己亏缺了属于罗马人的荣耀。如此一来，军团士气高昂，迅速击退了来犯之敌。得知南方军团失败消息的另外两路依旧没有联合出击，而是再次分兵进攻，结果接连落败。
就在希拉克略连克三路大军之后，再次收到从君士坦丁堡来的紧急军情，阿瓦尔人纠集一支有史以来最庞大的军队再次大举入侵。皇帝无奈收兵返回准备拱卫帝都。可是手下败将沙赫尔巴拉兹带着聚拢的各残部，依旧紧紧跟随，随时找寻罗马人可能的破绽。为了彻底解决尾巴，希拉克略出人意料地向南进入卡帕多细亚地区，然后再次奇袭，赢得Battle of Sarus（萨鲁斯之战）的胜利，波斯大军几乎被全灭。
第三阶段
希拉克略选择留在边境附近震慑波斯人，只派遣了一支老兵大队返回协助防御君士坦丁堡。凭借无比坚固的狄奥多西城墙和绝对优势的海军，波斯人无法提供任何帮助，缺乏攻城技术与补给线建设的蛮族大概率会一事无成一哄而散。最终，事实果真如皇帝的智囊们所料。反观库斯老二世这边，因为连年的失败、穷兵黩武带来的高额赋税，以及面对统叶护可汗的再次大举入侵，全国爆发大面积叛乱。
此时，沙赫尔巴拉兹依旧手握大军，但他选择驻扎在叙利亚按兵不动，对沙阿的命令视而不见。希拉克略在几乎没有阻挡的情况下再次攻入亚美尼亚，这次的目标是伊比利亚王国，其统治者斯蒂芬是波斯附庸，持续支持库斯老二世的战争计划。根据十世纪著名亚美尼亚史学家Kagankatvatsi（卡甘卡托瓦齐）的记载，突厥人包围并围攻了著名的高加索贸易城市第比利斯，随后皇帝率领他强大的军队加入了他们。
两位领袖在第比利斯的攻城营寨中会面，可汗骑马来到皇帝面前，见到皇帝后立即亲吻他的肩膀并鞠躬（表达亲密的姿态）。作为回应，希拉克略拥抱了这位蛮族统治者，称他为自己的儿子，并将自己的桂冠为他带上。在随后的宴会上，突厥的首领们收到了大量礼物，而可汗则被承诺将迎娶皇帝的独女Epiphania（伊皮法尼亚）；可汗也为希拉克略送上了一支骁勇善战的辅助军。
罗马突厥大军轻而易举地攻克伊比利亚首府第比利斯，公开支持波斯的国王斯蒂芬被公开处决。希拉克略扶持上一任国王之子Adarnase（阿达纳尔斯）为新伊比利亚国王，作为惩罚，国王的权力被削弱，领土被分割。
第四阶段
当军队利用冬季休息期重整后，皇帝希拉克略再次前往高加索地区，率军迅速南下，一路烧杀掠夺，攻入波斯腹地。整个波斯王庭开始惊恐，15年的漫长战争，库斯老二世的军队已疲惫不堪，早年跟随他的老将们大多陨落，老兵们也所剩无几。无奈之下，库斯老二世开始使用各种手段，如解放犯人和强制服役等方式招募士兵。而有野心的各部依旧作壁上观。然而，由于冬季将要到来，突厥人担心冰雪封闭高加索山脉的道路，开始分批撤离，相约来年再战。
皇帝为了稳定军心发表演讲：“亲爱的主内兄弟们，你们要明白，这世上没有人能成为我们的真正依靠，唯有那位创造万物的上帝和祂所拣选的圣母（玛丽亚）与我们同在。祂要向世人显明祂的威严，因此祂会赐下祂的援助。” 这时，已经无将可用的沙阿启用了一位以勇敢著称的贵族Rhahzadh（拉赫扎德）来统领泰西封外围的防御部队。这位新将领并没有丰富的军事经验，但行事谨慎，一直没有主动与罗马人交战，只是跟随等待时机，试图截断罗马人到达泰西封的尝试。
皇帝来到旧约记载的大城尼尼微附近扎营，拉赫扎德分析认为缺少突厥人的罗马军队并不会正面决战，而是会采用打了就跑的战术寻求破绽。出乎意料的是，希拉克略突然开始从南部发动进攻，拉赫扎德知道箭在弦上不得不发，在平原上集结了他的军队，准备与罗马人一决雌雄。拉赫扎德将他的军队部署成经典波斯三翼阵，率先带领精锐骑兵开始突击。
熟读莫里斯所著《战略》的希拉克略佯装撤退，引诱波斯军队追击导致骑兵和步兵脱节乱了阵型。当时机成熟，希拉克略突然反击，精锐罗马重装骑兵从两翼绕出，对后方波斯步兵发动奇袭，手持长枪的步兵聚拢开始阻挡波斯骑兵，如此令波斯大军自乱阵脚。希拉克略效仿百年前的凯撒，骑着他的栗色爱马Dorkon（多尔孔）冲到最前线，鼓励士兵奋战。
在战斗的高潮阶段，拉赫扎德突然向希拉克略发起单挑，希望通过此举迫使罗马人撤退。希拉克略接受了挑战，双方策马对冲，在上帝的力量和圣母的帮助下一击斩杀拉赫扎德。然后皇帝遇到了另一名长生军士兵，并将其击倒。但第三个敌人用矛刺伤了皇帝的嘴唇，然而皇帝也将其击倒。战马多尔孔被矛刺中大腿，也被剑砍中了脖颈，但由于其穿着具装，没有受严重伤。
随着拉赫扎德的战死，波斯人的希望也随之破灭，但他们并没有放弃，战斗一直持续到下午。波斯的三位副将和大部分军官纷纷阵亡，波斯大军渐渐失去斗志，最终全线崩溃遭屠杀殆尽。战后，希拉克略按照罗马人传统，将夺取敌人主将的战利品——盾牌和金胸甲，作为帝国最高军事荣誉Spolia opima（最高战利品）展示。
第五阶段
在取得尼尼微战役的完全胜利后，皇帝希拉克略为了确保完全胜利，派遣使者前往埃及找到沙赫尔巴拉兹，表示罗马人会支持他成为波斯之王，同时皇帝将这个消息散播出去。波斯各路有实力的将军们因此按兵不动，拉赫扎德的残部与各地的勤王军队纷纷向库斯老二世聚集。为了争取时间，库斯老二世马不停蹄地向东方撤退，以确保有足够的时间集结军队。
希拉克略与他的军队在波斯境内欢庆圣诞节，随后在没有受到抵抗的情况下进入库斯老二世在达斯塔吉德的皇家别院，夺回了近百年来丢失的300多面军团军旗。宫内储藏了大量遗留下的货物，包括乌木、丝绸、糖、香料和大量银块等。这座有着数百年历史的城市与所有带不走的战利品最终被全部焚毁，重建变得不可能，随后这座城市被彻底遗弃。库斯老逃到山区，试图组织力量保卫泰西封。
希拉克略修书一封，致波斯之王库斯老：
我并非有意追击你，而是渴望和平。我无意摧毁波斯，但你的一再逼迫使我不得不采取行动。让我们放下武器，立即拥抱和平吧！让我们熄灭战火，以免玉石俱焚。
库斯老二世并不准备束手就擒，继续派出使者征召部队前来勤王。贵族们开始出现不和谐声音，纷纷抱怨：
“血流成河的战斗还要持续多久？
我们还要在这种恐惧和颤抖中度过多久？
我们的财产和财物还要被皇室搜刮多久？
道路与关口还要被限制和封锁多久？
难道我们的许多兄弟没有在各种场合、各种队伍中、各种折磨中被他指挥死去？
难道他没有将一个男人从妻子身边夺走，将一个父亲从儿子身边夺走，并将他们作为奴隶或家仆，派遣到遥远的地方，并让他们在残酷的敌人面前集合？”
混乱与和平
AD628 - AD630
在结束与罗马人的合作后，统叶护可汗被刺杀，迎娶罗马公主的计划也随之破产。
在希拉克略向泰西封进军之时，波斯都城内的贵族们决定兵行险招，释放了被库斯老二世囚禁的一干贵族与皇亲。其中就有莫里斯的外孙，拥有罗马血脉的Sheroe（谢罗埃）。他因父王宠幸另一位妃子以及他的罗马血统，而被囚禁。政变成功之后的谢罗埃加冕，称喀瓦德二世，并将他所有的亲兄弟全部处死。事实上，成为万王之王后并没有多少权力，在外静观其变的将军们并不接受他的调遣，对内因常年的圈禁而没有兵权。支持他的大贵族们只是把他当做牵线木偶，逼迫他处死自己的父亲，表示波斯人没有共治传统。
沙赫尔巴拉兹得知罗马人在尼尼微取得决定性胜利后，带着所有士兵前往埃及，准备自立为埃及王。然而埃及人并不认同波斯统治。从泰西封传来的坏消息让沙赫尔巴拉兹遣使联系希拉克略，声称他对罗马人所做的一切并非出于自愿，而是按照命令行事；请皇帝允许他返回波斯，他会将对罗马人造成的损失一一赔付，并将归还真十字架。希拉克略知道不可能一口气吃下波斯，于是效仿莫里斯，表示将支持沙赫尔巴拉兹夺取波斯王位，并相中他的信仰基督教的儿子为联姻对象。
沙赫尔巴拉兹成功占据了泰西封，王位还没坐热的喀瓦德二世因中亚地区爆发的大规模瘟疫而亡。从耶路撒冷劫掠的物品包括真十字架归还。希拉克略人气空前高涨，并亲自步行将十字架带入耶路撒冷。
普天同庆，高声欢呼上帝！让我们以喜乐侍奉主，兴高采烈地进入祂的殿堂，欢欣鼓舞地敬拜祂！要知道，耶和华是神。祂创造了我们，并非我们自己创造自己。我们是祂的子民，是祂羊群中的羊。带着赞美诗歌进入祂的殿门，向祂献上感恩！歌颂祂的名！因为基督是主，祂的慈爱永远长存。祂的真理贯穿万代。天上欢呼雀跃，地上载歌载舞，海洋欢腾澎湃，其中的一切也都欢欣鼓舞！让我们所有基督徒，献上赞美和荣耀，单单感谢神，因祂的圣名而满心喜乐！
傲慢王已覆灭，胆敢与神为敌的傲慢者库思老已被推翻。他已被击倒，被推翻，被打入阴间。他的记忆已被从地球上抹去。他曾狂妄自大，对我们的主耶稣基督，真神，以及他纯洁无染的母亲，我们的圣母，天主之母，永远童贞的马利亚，满怀傲慢和藐视，口出不逊。这个不敬虔的人已经坠入毁灭。他的恶行归到他自己头上，他的不义落到了他自己的头上。
罗马与波斯之间的百年战争是一场漫长而残酷的冲突，双方都投入了大量资源和人力。战争导致数千万人丧生，数不清的家庭被迫流离失所。虽然双方在各个战役中互有胜负，但最终都未能获得实质性的利益。这场战争使两大帝国筋疲力尽，社会和经济结构严重受损。波斯内部因连年的战争而出现叛乱和权力斗争，导致长期政局动荡。罗马帝国在战争中损失惨重，防御力量削弱，内部不稳，经济陷入困境。长期的冲突不仅带来了巨大的人员伤亡和经济损失，还为未来的权力真空埋下了伏笔。这种真空为新的势力提供了崛起的机会，改变了地区的政治格局，为历史的下一个篇章奠定了基础。
