在大明王朝的一个春日里，经由智明禅师牵线，石崮村的青年石俊杰与沈溪庄的沈梦蝶姑娘定下了终身大事。
时光荏苒，婚期转瞬即至。婚礼当日，前来道贺的宾客络绎不绝，众人轮番向新郎敬酒，石俊杰豪迈应承，终是醉倒，被众人搀扶入洞房。
次日清晨，依当地习俗，新娘应早起向公婆行礼问安。石俊杰的双亲早早起身，穿戴整齐，静候新娘的到来，然而直至早饭时分，也不见新娘踪影。
石俊杰之母忍不住前往新房探望，但见房门半掩，推门而入，屋内空荡无人，唯有一滩血迹与一根绳索遗落地上。
石俊杰之母惊恐万分，奔出门外呼喊求助。哭喊声惊动了邻里，众人闻讯赶来，见昨日还洋溢着喜气的石家一夜之间竟遭遇此般变故，无不震惊惋惜。
众人分头寻找，直至午后，亲朋好友家皆已寻遍，仍未见人影。此时，有人提议前往清泉寺求助智明禅师占卜一二。众人觉此事可行，遂一同前往清泉寺。
开门的小沙弥见众人蜂拥而至，甚是惊讶，言及师父智明禅师昨夜赴石俊杰家赴宴，至今未归，小沙弥心中担忧，正欲下山探听消息。
听闻此言，众人面面相觑，三人竟同时失踪！于是，一行人匆匆赶往县衙报案。
时任知县姓李，接报后，即命画师绘三人肖像，张贴告示，悬赏搜寻，并上报知府，请求协助扩大搜索范围。
两月后，石俊杰在外县被官府捕获。审讯中，石俊杰如实陈述了事件经过。
原来，婚礼之夜，石俊杰醉意朦胧，半夜时分，口渴难耐，迷迷糊糊下床寻水，不料被门槛绊倒，头部重创于桌角，血流满面，当即昏迷。待其醒来，昏暗灯光下，只见穿戴整齐的新娘已悬梁自尽。
石俊杰惊愕不已，不明新娘何以在他昏迷期间自杀。恐惧官府误会其为凶手，遂决定趁夜色将新娘遗体偷偷掩埋。
主意既定，石俊杰将新娘遗体解下，用席裹卷，趁夜深人静，将其运至清泉山掩埋。
掩埋完毕，石俊杰正欲返回，忽念及独自归家定会引人怀疑，于是决定逃离。至于智明禅师的去向，他则一无所知。
依据石俊杰的指引，李知县令其带路前往沈梦蝶的埋尸地。不久，石俊杰指认地点，李知县命手下挖掘。
片刻后，果然挖出一具尸体，但令人诧异的是，死者竟是智明禅师。石俊杰目睹此景，惊骇万分。
李知县怒不可遏，认为石俊杰隐瞒真相，遂对其施以重刑。石俊杰被打得皮开肉绽，高呼冤枉，终因不堪折磨，屈打成招，承认自己杀害了智明禅师与沈梦蝶，并将沈梦蝶遗体抛入河中。
作案动机则是发现新娘非完璧之身，经审问，新娘承认与智明禅师有染，自己一怒之下杀害了二人。
李知县令石俊杰在供词上画押，上报知府，将石俊杰打入死牢，只待上级批文执行死刑。
知府接到案卷后，仔细审阅，又派人乔装前往沈溪庄与清泉寺私访，发现此案疑点重重。于是，知府下令将石俊杰押解至府衙，亲自审问。
接到命令，李知县即刻将石俊杰从死牢中提出，指派两名差役押解前往府衙。
途中，一行人行至一村庄，突遇大雨。见不远处有户人家，三人急忙上前求避雨。开门的是位年轻女子，容貌秀丽，石俊杰一见之下，如遭雷击，这不正是沈梦蝶吗？她怎会在此？
此时的石俊杰与两月前判若两人，加之未婚男女婚前不得相见，沈梦蝶自是不识其貌。
见三人避雨，便热情招待进屋。此时，从屋内走出一位中年男子，自称是女子的丈夫，他将两名差役引入屋内喝茶，却让石俊杰蹲在门外走廊休息，同时让女子回卧室待着。
蹲在走廊的石俊杰心中五味杂陈，他抬头望向屋内，见中年男子正与差役谈笑风生，而女子则站在卧室窗前，满面愁容地望着窗外的雨。
石俊杰心生一计，向女子喊道：“这位大姐，能否给些水喝？”
片刻后，女子手提水壶，手拿茶碗来到石俊杰面前，放下茶碗倒水。石俊杰趁机低声说道：“梦蝶？你不认识我了？我是俊杰。”
女子闻言一惊，惊讶地望着眼前这个死囚，随即迅速向屋内瞥了一眼，这才慌张地低声答道：“天哪！真的是你吗？你不是已经……”
不久，雨停，两名差役起身道谢，中年男子相送。就在这时，躲在卧室的沈梦蝶猛地冲出，趁中年男子不备，飞扑至差役面前，指着中年男子大喊：“他是凶手，快抓他！”
此景一出，石俊杰两步上前护住沈梦蝶，高呼救命。两名差役大惊，回头见中年男子已面色惨白，拔腿就跑。差役岂会放过，一声怒喝，将其擒获，绑了起来，一同押往府衙。
知府亲自审讯。公堂之上，石俊杰如实讲述了新婚之夜的遭遇及后续事件。知府又对沈梦蝶进行了审问，沈梦蝶详细交代了石俊杰昏迷后的事情经过。
原来，那晚新娘醒来，见新郎倒在血泊中一动不动，以为新郎已死，遂悬梁自尽。然而新郎只是昏死，不久便苏醒，见新娘自尽，竟也做出了同样荒唐的决定。
当夜，智明禅师赴宴归来，又至老友处品茗叙旧，直至深夜才返程。此时，新郎已将新娘遗体掩埋在清泉山上。
智明路过此地，被一把铁锨绊倒，察觉附近新土翻动，遂挖出女尸，一试鼻息，竟仍有微弱气息。原来新娘上吊不久便被解下，被新郎搬运时颠簸复苏，可惜新郎未曾察觉。
智明急忙施救，片刻后，女子苏醒，智明认出她竟是沈梦蝶。新娘见救命恩人是智明，边哭边讲述了当晚的遭遇，智明听后摇头叹息不已。
然而，这一幕被邻县的盗贼乔三偷听。借着月色，乔三见沈梦蝶貌美如花，顿起邪念。趁二人不备，手持铁棍从草丛中跳出，狠狠砸向智明头部，智明当场毙命。沈梦蝶目睹此景，昏厥过去。
乔三见智明已死，就地取材，用席将智明卷起，重新埋入原坑，将昏厥的沈梦蝶堵嘴装袋，连夜带回家中。
沈梦蝶醒来后，发现自己被贼人所占，哭闹不止，但乔三看守严密，几次逃跑均未成功。最后，乔三威胁她若再不老实便杀害其全家，这才暂时打消了她的逃跑念头。
听完沈梦蝶的叙述，知府再看乔三，此时的乔三已面如土色，浑身颤抖。
至此，新婚之夜发生的三人失踪案真相大白。乔三被打入死牢，凌迟处死。
