此前的研究报道了抗生素使用与炎症性肠病、哮喘之间的联系。这些联系通常被认为与人体的微生物体系被破坏有关。从生物学的角度看，抗生素可能会增加肾结石疾病的风险。最近的一些研究报道了肾结石患者与正常人的肠道微生物体系组成方面存在差异。另外，从没有尿路感染的含钙肾结石中分离出多种耐药性且不能产生解脲酶的细菌，显示抗生素对肾结石形成的尿液微生物体系有选择性的作用。尽管肠道微生物体系的紊乱与肾结石有关，但口服抗生素是否会导致肾结石尚未清楚。
一项以人群为基础的病例对照研究中确定了12种口服抗生素与肾结石之间的联系，该研究里有641位全科医生记录的电子健康记录数据，包括了从1994-2015在英国超过1330万儿童和成人的数据。根据年龄，性别和诊断日期（指数日期），将25,981名患有肾结石的患者与259,797名对照者进行可信密度采样。按照就诊率，合并症，尿路感染，噻嗪类和袢利尿剂的使用，质子泵抑制剂和他汀类药物使用情况对条件逻辑回归模型进行了调整。
结果在检索前的3-12个月，接触五种不同抗生素类别中的任何一种，均与肾结石的发生有关。磺胺类药物的调整后比值比（95％置信区间）为2.33（2.19至2.48），头孢菌素为1.88（1.75至2.01），氟喹诺酮为1.67（1.54至1.81），呋喃妥因/乌洛托品为1.70（1.55至1.88），广谱青霉素为1.27（1.18-1.36）。
在探索性的分析中，年轻人使用抗生素(P<0.01）和在检索前的3-6个月前应用抗生素的关联性最大，除了广谱青霉素之外，其余抗生素接触3-6年后结石的发生皆有统计学意义。
口服抗生素与肾结石发病风险增加有关，尤其是近期接触或者是年轻时接触了抗生素，其发病风险最大。这些结果对疾病发病机制及肾结石的发病率不断上升有影响，特别是对儿童肾结石有一定的影响。
