虽然尿检是很单一的检查，但是却能提供很多重要信息。显微镜分析和试纸分析需同时进行。结石能引起血尿和脓尿，但其他原因亦能引起这些症状，作为一个谨慎的医生应立即进行进一步检查。结石患者能出现结晶尿症，但是正常人也会出现该症状，胱氨酸结晶尿症除外。若尿中出现胱氨酸结晶时提示该患者有胱氨酸尿症。伴有感染的代谢结石患者尿中很可能细菌。对于该患者人群，尿PH和尿比重是最重要的测量参数。尿比重能反应患者的水化状态。而尿PH对于伴感染的代谢结石患者来说是一个重要因子。然而试纸法测定尿PH的准确性受到质疑，因为最近发现该准确性具有试纸依赖性。如果是因为尿液分析或是临床表现而怀疑感染的，建议进行尿培养和药敏试验。
建议复发结石患者和患有胱氨酸尿症的患者对患者普食情况下的24尿进行析。同样这也适合于某些特定的首次发病人群，包括儿童、孤立肾患者、肾功能不全的患者、多发结石患者、肠道疾病患者和在商业航空公司工作且须保持无石状况的的人群。进行该检查的原因是该检查发现代谢异常的几率很高，而这些代谢异常均增加结石形成风险，如高钙尿症、高草酸尿症；而有效的治疗是为了降低结实的活性。首发结石患者和复发结石患者人群中类似的频谱和代谢异常的高发支持对首次发病患者进行该检查。
装尿标本的容器的容量至少要有4升。下列参数需要测定：尿量、尿PH、尿肌酐、尿钙、尿尿酸、尿镁、尿磷、尿钾、尿钠、尿枸橼酸、尿氨、尿素氮和尿硫酸盐。尿肌酐用于评价尿液收集的准确性：男性20-27mg/kg/d，女性14-21mg/kg/d。尿钙、尿枸橼酸、尿草酸、尿尿酸和尿PH用来发现高钙尿症、低枸橼酸尿症、高草酸尿症、高尿酸尿症和痛风。尿镁和尿钠分别是盐和镁的摄入指数。尿素氮、尿硫酸盐、尿磷、尿尿酸、用来评估蛋白消耗量。胱氨酸结石患者需要测尿中胱氨酸排泄量。一般情况评估包括性别、年龄和体重。
测定形成结石的盐类的过饱和度对评估饮食疗法和/或药物治疗预防结石的疗效相当有价值。因为目前认为减少靶盐的过饱和度能降低结石形成活性。另外，治疗过程中靶盐的过饱和度下降了，但是其它形成结石的盐类的过饱和度却上升了。例如，草酸钙的过饱和度下降了，但同时磷酸钙的过饱和度上升了，这被认为是不利的改变。形成结石的盐类的过饱和度的变化被证实与混合结石的发展平行。因此，当24尿液分析后，可以考虑测定草酸钙、磷酸钙和尿酸的过饱和度。
一些方法已被用来测定尿的饱和度。EQUIL分析是其中最全面的方法之一。该分析方法使用尿中主要离子的解离常数来计算，来评估尿中一水合草酸钙、无水草酸钙、磷酸钙的各种不溶盐的过饱和度。相关过饱和度就是对这些离子形成的盐的浓度评估，这与他们相关的可溶性盐在水中的溶解度相关。因为尿中有大分子和潜在的结晶抑制因子(如枸橼酸)的存在，因此即使这些离子在尿中的浓度高于发生结晶作用时的浓度，结晶作用也不会发生。该分析方法需要测定13种离子，是一个艰苦的过程。Tiselius发明了一种简短的评估方法，该法仅需测定用于饱和度计算的几种主要离子，而且该法能适用于绝大多数的情况。波恩风险指数是一个真正的简短的评估方法，该指数为尿中离子钙的含量与尿中草酸量的比值。采用该法分析了201份尿样，发现结果与EQUIL分析方法的结果和Tiselius风险指数相近，无明显差异。JESS是基于广泛的物理化学常数的数据基础，且其分析结果与EQUIL的结果相当。但目前仍缺乏对该法的研究。评估过饱和度的方法的选择依赖于实验室拥有的设备和其的先进程度。选用适当数量的设备是必须的。另外，评估的整个过程需采用统一的方法。
目前推荐收集两个24小时的尿标本，因为这能更好的发现异常。而该异常每天都不同，且环境因素对其影响很大。但Pak和其同事不支持该观点，他们的研究发现两份尿样的成分很类似，因此他们认为单个24小时尿已经足够用来评估了。然而，Park和其同事发现尽管两份尿液明显相关，但是标准差很大，随机1次尿样可能与另外一份尿样在临床意义上显著不同。草酸钙结石和磷酸钙结石患者大多有高钙尿症。由于目前对所有高尿酸症患者的治疗都是相同的，因此不需要采用补充试验比如对低钙饮食、禁食和钙负荷的反应来阐述高钙尿症的原因。如果噻嗪类利尿剂或是吲满速尿无效时，则采用饮食调节治疗。排除高尿钙症的稀有病因是很重要的，比如原发性甲状旁腺亢进和肾小管中毒，一般采用测定血钙来判定前者，而通过测定尿PH和血电解质来判定后者。而在利尿剂治疗的同时必需监测血电解质和血钙，因为该治疗过程中原发性甲状旁腺亢进有时不明显，而且可能会发生电解质紊乱。另外，对建议所有患者在治疗高钙尿症过程中反复进行24小时尿测定，因为过量使用利尿剂会导致低钙尿症。
氯化铵负荷试验以用来诊断不完全性肾小管酸中毒。而对于较低的尿枸橼酸排泄量患者，该试验不是必须的。因此该治疗与特发性低枸橼酸尿的治疗方案（服用碱如枸橼酸钾）相类似。结石分析可能影响尿检的选择。如果结石是单一的鸟粪石，24小时尿测定是不必要的，因为其诊断率低；对于该类患者，首要目标是取出结石和防止尿路感染复发。如果结石是由鸟粪石和代谢组份混合而成，24小时尿测定是相当有必要的，因为该测定能发现许多异常，并能评估治疗的疗效。对于有单一胱氨酸结石患者来说。24小时尿测定仅需侧定尿容量、尿H、尿胱氨酸和尿肌酐；而对于含胱氨酸的混合结石来说，需测定所有相关参数均需测定；而对于单一尿酸石患者所需测定仅包括尿量、尿PH、尿肌酐和尿尿酸；而对于含尿酸的混合结石来说，需测定所有相关参数均需测定。
患结石的儿童同时有代谢异常。因此，需要进行24小时尿测定。这些研究建议在首次结石病时就应进行24尿测定，这可能能早期诊断一些显著的异常，如原发性高草酸尿症。对儿童进行24小时尿测定时要考虑以下几个因子。正常儿童的尿液组份与未有结石形成的成年人有明显的不同。DeFoor和其同事发现正常儿童经尿肌酐校正后尿中钙、草酸和枸橼酸含量明显高于成年人；他们还发现正常儿童尿中的草酸钙和磷酸钙的过饱和度也较成年人高。儿童各种尿液参数的正常范围因其年龄、性别和种族不同而不同，治疗前必须考虑到这一点。对该方面的研究目前还比较少，所以需要更多的研究来改善对儿童结石患者的治疗。
收集年龄较小的儿童的24小时尿比较困难。有些研究主张采用分析随机尿分析，并用尿肌酐校正。其中随机尿中尿草酸测定被证实能诊断原发性高草酸尿症。但是这些研究有一定的局限性。因为分析结果可能因尿样获取时间、性别和年龄的不同而不同。另外，尿肌酐也受体重的蛋白摄入量影响，导致人与人之间和个人之间的差异。以上提到的问题限制了该法的应用。
随访24小时尿测定被建议用于采用饮食疗法或是药物治疗的患者。首次随访检查应在住院治疗后的6-8个星期，因为这么多时间已足够证实所采用的疗法的疗效。如果并未出现有利的变化，则需调整剂量或选择另一种药物；如果该疗法起效，则再过6-8个星期再次进行24小时尿测定；随后再每年进行1次24小时尿测定；如果结石活性增加或是组份改变，则需增加检测频率。对于采用巯基化合物治疗胱氨酸结石的患者，需要进行特殊的尿液检查，因为多数评估胱氨酸的方法不能区分巯基化合物-胱氨酸复合物中的胱氨酸。目前出现了一项测定胱氨酸过饱和度和胱氨酸量的技术，该技术已被用来评估巯基化合物的疗效。
