影响结石形成的因素很多，年龄、性别、种族、遗传、环境因素、饮食习惯和职业对结石的形成影响很大。身体的代谢异常、尿路的梗阻、感染、异物和药物的使用是结石形成的常见病因。重视这些问题，能够减少结石的形成和复发。
（一） 代谢异常
1. 尿液酸碱度
2. 高钙血症 引起高钙血症的常见疾病包括甲状旁腺机能亢进、乳-碱综合征、结节病或类肉瘤病、维生素D中毒、恶性肿瘤、皮质醇增多、甲状腺功能亢进、嗜铬细胞瘤，肾上腺功能不全、服用噻嗪类利尿剂、急性肾小管坏死恢复期、多发性骨髓瘤、甲状腺功能低下和维生素A中毒等。
3. 高钙尿症 原发性高钙尿症分3型：吸收性高钙尿症、肾性高钙尿症和重吸收性高钙尿症。此外，一些病因明确的代谢性疾病也能引起继发性高钙尿症及尿路含钙结石的形成，例如远端肾小管性酸中毒、结节病、长期卧床、骨Paget病、糖皮质激素过多、甲状腺功能亢进和维生素Ｄ中毒等。其中，大约0.5％～3%的尿路含钙结石患者伴有远端肾小管性酸中毒的存在。
4. 高草酸尿症 原发性高草酸尿症 [Ⅰ型为乙醇酸尿症(glycolicaciduria)，Ⅱ型为甘油酸尿症（glycericaciduria）]很少见。继发性高草酸尿症的原因包括VitC的过量摄入、饮食中草酸及其前体物质的过量摄入、饮食中钙的摄入减少、肠源性高草酸尿症和Vit B6缺乏等。尿草酸增加的常见原因是肠源性草酸及其前体物的吸收增加。另一方面，小肠切除或短路手术后、脂肪痢或Crohn病时也可以出现与胆酸代谢紊乱和水分丢失过多有关的高草酸尿症。此外，有人认为高草酸尿症患者的肠道内嗜草酸杆菌（O. formigenes）数量减少。
5. 高尿酸尿症
6. 胱氨酸尿症
7. 低枸橼酸尿症
8. 低镁尿症
（二） 局部病因
尿路梗阻、感染和尿路中存在异物是诱发结石形成的主要局部因素，梗阻可以导致感染和结石形成，而结石本身也是尿路中的异物，后者会加重梗阻与感染的程度。临床上容易引起尿路结石形成的梗阻性疾病包括机械性梗阻和动力性梗阻两大类。其中，肾盂输尿管连接部狭窄、膀胱颈部狭窄、海绵肾、肾输尿管畸形、输尿管口膨出、肾囊肿、肾盏憩室和马蹄肾等是常见的机械梗阻性疾病。此外，肾内型肾盂及肾盏颈狭窄可以引起尿液滞留，从而诱发肾结石的形成。神经源性膀胱和先天性巨输尿管则属于动力梗阻性疾病，后两者同样可以造成尿液的滞留，促进结石的形成。
（三） 药物相关因素
药物引起的肾结石占所有结石的1%～2%，分为2大类：一类为尿液的浓度高而溶解度比较低的药物，包括氨苯蝶啶（triamterene）、治疗HIV感染的药物（如茚地那韦indinavir）、硅酸镁和磺胺类药物等，这些药物本身就是结石的成分。另一类为能够诱发结石形成的药物，包括乙酰唑胺，Vit D、Vit C和皮质激素等，这些药物在代谢的过程中导致了其他成分结石的形成。
