内蒙古农业大学孙志宏教授团队最新研究|二次分析揭示帕金森病和/或认知障碍患者肠道微生物群的差异

文摘   2024-08-30 21:05   江西  

文章题目:Secondary analysis reveals gut microbiota differences in patients with Parkinson's disease and/or cognitive impairment

通讯作者:孙志宏,张金彪

Doi:10.20517/mrr.2024.35

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摘要

认知障碍(CI)是帕金森病常见的非运动症状。研究发现PD患者的认知障碍可能先于运动症状出现,而肠道微生物群在帕金森病的发病机制中起着重要作用。因此,肠道微生物群可能是PD-CI的诊断目标之一。本研究从公共数据库中检索了PD、PD-CI和CI患者的粪便宏基因组数据进行重新分析,并结合神经心理学状况、抑郁量表和大脑结构探究PD、CI和肠道微生物群之间的关系。结果发现,与无CI的PD患者相比,PD-CI患者的皮层厚度、海马、灰质和丘脑的体积明显减少(P < 0.05)。PD-CI患者肠道微生物组中短链脂肪酸产生菌较少,代谢通路也发生改变。此外,PD对肠道微生物群的影响力比CI更大。

01

引言

帕金森病(Parkinson’s disease,PD)是一种常见于中老年的神经退行性疾病,其临床症状主要表现为静止性震颤、肌强直、运动迟缓及姿势平衡障碍。除了以上的临床运动特征外,在PD的发生和发展过程中通常会伴随一系列非运动症状的发生,如认知障碍、痴呆、睡眠障碍、焦虑、抑郁以及自主神经功能紊乱等问题。因此,PD也被认为是一种多系统疾病。现在越来越多的研究指出,PD患者非运动症状的出现可能要早于运动症状的发生,并提出了帕金森病的肠道起源学说。因此,对非运动症状的研究(特别是肠道菌群)或可为预防PD疾病的加重提供参考依据。

近年来研究表明益生菌在调节宿主肠道菌群组成和功能方面具有积极影响,前期研究发现益生菌Probio-M8可通过调节患者的肠道菌群,进一步调节宿主脂质、短链脂肪酸和神经递质代谢,提高患者血清多巴胺水平进而改善PD。值得一提的是,虽然目前的研究表明了肠道菌群会影响PD以及认知功能障碍,但是对于肠道菌群、PD和认知功能障碍三者间关系的探讨以及肠道菌群对PD和认知功能障碍影响程度大小的研究仍十分有限。

鉴于此,本研究通过对PD患者和PD-CI患者的神经心理学问卷结果、并结合脑CT结果以及肠道菌群等进行综合分析,探究肠道菌群通过肠-脑轴对PD患者认知障碍的影响,同时对比CI患者的肠道菌群结果,深度探究肠道菌群、PD以及CI之间的关系。以期从肠道菌群方向探索神经系统疾病的治疗策略,为改善认知障碍和PD等疾病提供新的思路与理论依据。

02

方法和数据

志愿者招募

本研究是先前完成的一项临床试验的后续工作。在前期试验中,使用益生菌Probio-M8对82例PD患者进行干预,疗程为3个月。发现益生菌通过调节脂质、SCFAs和神经递质的代谢来改善疾病症状。它还增加了血清多巴胺水平。然而,该研究并未考虑CI的影响。因此,本研究根据CI对PD诊断个体进行分类,探讨CI对PD的影响。该研究采用了运动障碍协会PD临床诊断标准。包括神志清醒并能够自行或在家庭成员的帮助下完成检查、问卷和提供病史的患者。所有患者都需要签署知情同意书才有资格参加研究。受试者排除标准为:(1)严重CI影响口头或书面文字表达;(2)严重构音障碍或失语;(3)精神不健康;(4)有肝肾功能异常等严重系统性疾病的;(5)信息不完整;(6)不愿参与。

MRI扫描

采用3.0-T型磁共振扫描仪(Siemens Healthcare GmbH, Erlangen, Germany)进行扫描和数据处理。

临床参数和神经心理学评估

采用PD统一评定量表-Ⅲ(UPDRS-Ⅲ)评估患者PD的总体情况。并采用帕金森睡眠量表(PDSS)、简易精神状态检查(MMSE)、MoCA、汉密尔顿焦虑量表(HAMA)、汉密尔顿抑郁量表(HADM-17)评定患者的心理状态。

数据质控

将下载的原始数据使用KneadData quality control pipeline (http://huttenhower.sph.harvard.edu/kneaddata; v0.7.5)进行质量控制,使用Trimomatic将低质量的reads进行过滤。并使用Bowtie2(v2.3.5.1)去除人类污染的数据。经过质控后的数据用于后续分析。

组装

使用MEGAHIT将reads组装成contigs,contigs大于2000bp的被挑出来用于组装MAGs(metagenome-assembled genomes), 用CheckM 评估MAGs的完整性和污染度,并提取高质量的SGBs(species-level genomic bins),并进行SGBs的分类注释及丰度获取。

预测代谢模块和代谢物

利用已发表的文献和MetaCyc代谢数据库预测每个SGB中编码相应的肠道代谢模块,并获得预测的生物活性代谢物图谱。

数据分析

所有的统计分析均由R软件进行。用Shannon指数和Simpson指数评估肠道菌群的多样性和丰富度,使用主坐标分析评估患者肠道菌群结构的变化。用Wilcoxon检验评估问卷结果、脑MRI、肠道微生物群以及预测的生物活性物质在不同组间的差异。此外,Permanova被用来评估各因素对肠道菌群的影响程度。


03

结果

人口数据

81名诊断为帕金森病的患者参加了这项研究。根据蒙特利尔认知评估(MoCA)评分将患者分为两组:PD组(无CI, n = 38, MoCA评分≥26)和PD-CI组(有CI, n = 43, MoCA评分< 26)。PD- CI组患者年龄略大于PD组(69.0±6.7岁vs 65.5±7.0岁;Wilcoxon检验,P = 0.076)。疾病严重程度采用Hoehn & Yahr (H&Y)量表测量,该量表显示疾病随时间的进展。然而,H&Y分类水平没有显著差异(2.1±0.7 vs. 2.0±0.6;P = 0.31)。PD- CI组与PD组的受教育年限存在显著差异(分别为8.6±2.3年和12.3±2.2年);Wilcoxon检验,P < 0.001)。

认知障碍会加重PD患者的疾病严重程度

MMSE和MoCA是评价CI的重要问卷。根据本文的研究,PD-CI组的MMSE评分明显低于PD组(P < 0.001)。除运动症状外,大多数PD患者逐渐出现自主神经功能障碍、抑郁和睡眠障碍。因此,HAM-A和HAMD结果显示,PD-CI组抑郁和焦虑得分高于PD组,但差异无统计学意义。PD组的总体情况(UPDRS评估)明显优于PD-CI组(Wilcoxon检验,P = 0.027,图1)。这些发现提示CI的发生可能会降低PD患者的生活质量。

图 1. 研究设计和临床指标


PD组和PD-CI组脑结构的差异

人类的大脑有着极其复杂的网络。许多与认知相关的功能都与这些网络有关。因此,为了探索两组大脑结构的差异,本研究进行了MRI扫描。结果显示,PD-CI组左、右海马、丘脑、总灰质体积明显小于PD组(Wilcoxon检验,P < 0.05)。在两组之间,皮质厚度、PVH或DWMH没有明显的变化(图2)。

图 2.大脑核磁共振成像扫描结果


PD- CI组和PD组肠道菌群的差异

用Shannon指数和Simpson指数评价粪便微生物群的多样性和丰富度,结果发现两组间Shannon指数和Simpson指数并无显著性差异,通过对微生物结构(β多样性)进行分析发现,两组间在β多样性中也无显著性差异。在更细微的层面上进行分析发现,两组间有9个物种存在显著差异,其中Clostridiales bacteriumEubacterium sp. CAG:274,Ruminococcaceae bacterium,和Azospirillum sp.在PD组显著高于PD-CI组;而Lactobacillus salivariusStreptococcus anginosus 则相反。值得一提的是,一些短链脂肪酸产生菌,在PD组有较高的丰度,而Streptococcus anginosus的丰度在PD-CI组的含量较高。

图 3 各组间肠道微生物多样性和组成差异

PD-CI组和PD组预测代谢物的差异

构建与疾病相关的肠道代谢模块发现,PD-CI组富含与lactose and galactose degradation相关的SGBs,而PD组则有更多与galacturonate degradation I相关的SGBs(图4)。此外,还发现 PD-CI组的2-hydroxyphenethylamine显著较高;而inosine在两组中无显著差异。

图 4. 肠道代谢模块和预测代谢物差异


PD对肠道菌群的影响

为了进一步研究肠道微生物群在CI中的作用,本研究下载了14例非PD的认知障碍患者(CI组,MoCA < 26)的粪便宏基因组数据。研究比较了PD-CI组(n = 43)和CI组的基线信息。无论患者CI状态如何,没有发现MoCA和受教育年限有任何显著差异。虽然两组粪便微生物群α多样性无显著差异(图5A)。然而,β多样性出现显著差异(P = 0.001, adonis;图5B)。对KEGG通路进行分析发现,PD-CI组和CI组之间鉴定出43条显著差异通路(图5C, P < 0.001)。PD-CI组粪便宏基因组中戊糖磷酸途径显著富集。CI组在鞘脂代谢、核苷酸糖代谢富集。对宏基因组结果进行分析发现,PD对肠道微生物群的影响大于CI。将PD-CI组和CI组(65种差异细菌和35种预测代谢物,图5D)的粪便宏基因组数据与PD和PD-CI组(9种差异细菌和1种预测代谢物,图5D)进行比较,发现了更多的差异SGBs和预测代谢物。多变量置换方差分析支持PD对肠道菌群的影响大于CI(分别为F = 2.5358, P = 0.001和F = 0.7116, P = 0.945)。

图 5 帕金森病患者和认知障碍患者的粪便菌群差异

04

讨论

认知障碍是帕金森病的常见并发症,它影响患者的日常生活活动,并给患者家庭带来负担。本研究分析了神经心理学问卷、脑部核磁共振成像扫描、患有和未患有认知障碍的帕金森病患者的粪便宏基因组,以及患有认知障碍但未患有帕金森病的患者的宏基因组数据。首先,PD-CI组和PD组的研究参数存在一些差异。在PD-CI组中,大脑皮层厚度、海马体积、灰质、丘脑和粪便SCFA产生菌都大幅减少。这些观察结果是否与CI有关仍有待证实。研究发现,CI可能对帕金森病的严重程度有影响。肠道微生物群被认为是加重疾病发展和病理生理学的一个因素。然而分析表明,在影响患者肠道微生物群方面,CI的影响要小于PD。这项研究为了解肠道微生物群、CI 和PD之间的相互作用提供了宝贵的见解。

认知障碍(CI)是帕金森病(PD)的常见并发症,严重影响患者的生活质量。因此,我们使用 MoCA 评分来测量认知功能,并对研究组的神经心理功能进行了探讨。HADM-17 通常用于焦虑和抑郁的临床评估。HAM-A 主要反映患者的焦虑状态,包括躯体焦虑和精神焦虑。结果观察到PD-CI组的HAM-A和UPDRS评分明显较高,这表明CI会加重焦虑症状和PD的严重程度。核磁共振成像结果显示,PD-CI 组患者的左/右海马体积、左/右丘脑体积和灰质总体积明显缩小。认知相关脑区体积的减少被认为是神经变性的标志。人脑某些关键区域的萎缩会导致认知能力下降。因此,本研究结果表明,与PD组相比,PD-CI组大脑结构的改变可以解释认知功能的降低。

之前的一项研究探讨了肠道微生物群与帕金森病之间的联系,并提出帕金森病的发生至少部分是由肠道炎症引起的。临床研究还发现,帕金森氏症患者体内缺乏 Blautia producta,粪便中的丁酸水平较低,这与疾病的严重程度呈负相关。因此,肠道微生物群被认为与帕金森病的发病有关,因为它能调节结肠和身体炎症。在本研究中,比较PD-CI组和PD组的粪便微生物群组成和结构并未发现任何显著差异。然而,PD-CI组和CI组的β多样性却有显著差异。

此前在中国进行的一项研究发现,与健康对照组相比,帕金森病患者的肠道细菌丰富度和多样性更高。它还伴随着肠道微生物群结构的改变和 Clostridium IVAquabacteriumHoldemaniaSphingomonasClostridium XVIIIButyricicoccus和Anaerotruncus属的富集。即使在两个PD病例中,也观察到肠道微生物群在诊断时发生了变化——产生SCFAs的细菌较少。另一项以中老年人为对象的研究报告称,轻度CI会改变肠道微生物丰度,如Prevotella ruminicolaBacteroides thetaiotaomicronBacteroides xylanisolvens。作者认为,这些微生物可能会导致轻度CI 的发生。因此,肠道菌群在PD和CI与健康个体之间存在显著差异已成为共识。值得注意的是,Bonham报告说,微生物群分类群和基因的差异与整体认知功能和大脑区域的大小有关。此外,在睡眠剥夺小鼠模型中,人们发现肠道菌群失调会导致认知障碍。肠道菌群刺激小胶质细胞过度吞噬海马突起蛋白被认为是产生这种效应的潜在机制。研究表明,丁酸梭菌对认知功能的影响主要是由于其重塑肠道微生物群的能力。此外,研究还认为丁酸梭菌通过微生物群-肠-脑轴对肥胖相关的认知障碍和神经变性具有保护作用。因此,进一步研究肠道微生物群的改变或特定微生物的丰度是否对帕金森病的发病机制和认知表现有直接作用将是很有意义的。根据研究结果,与CI相比,PD对肠道微生物群的影响更大。然而,肠道微生物群与帕金森病认知障碍之间的因果关系仍有待了解。未来,应利用多组学技术进一步探索这种关系和潜在机制。

研究还发现,肠道代谢物会影响认知能力。例如,之前的一项研究报告称,肠脑轴可能会影响血脑屏障并引发神经炎症,从而可能导致痴呆症和认知障碍。该研究发现,将阿尔茨海默病小鼠模型的肠道微生物群移植到正常小鼠体内会导致肠道炎症。因此,它增加了脑部炎症,抑制了海马体的神经活动,导致学习和记忆能力受损。另一类对减少神经炎症至关重要的肠道代谢物是SCFAs。一项动物研究发现,Roseburia hominis 能通过产生乙酸和丁酸来抑制组蛋白去乙酰化酶,从而减轻神经炎症。丁酸是一种SCFA,可通过改变脑源性神经营养因子的表达来影响中枢神经系统。虽然没有测定研究对象体内的SCFAs 水平,但研究发现在PD-CI 病例中,粪便SCFA产生菌的丰度降低。这些观察结果与之前的一项队列研究结果一致,该研究报告称,PD患者粪便中的SCFA含量下降,但血浆中的SCFA含量并未下降。此外,粪便和血浆中的SCFA水平与运动和认知功能以及肠道微生物群的特定变化有关。有观点认为,低SCFA与认知能力差有关。与健康人相比,在帕金森病组中,帕金森病患者的低SCFAs与认知能力差有显著相关性。另一项涉及165名帕金森病患者的研究利用随机森林模型分析了肠道微生物群,并准确预测了两年内的疾病进展。因此,SCFAs可能在认知障碍的发展过程中起着重要作用,研究结果一致表明,PD和CI与产生SCFA 的细菌丰度之间存在相关性。然而,具体的关系还需要进一步探讨。未来需要进行大规模的临床试验,对肠道和血液中的SCFAs进行定量和定性分析,以全面探讨SCFAs在CI中的作用。

研究还发现,PD-CI组和CI组之间有 43 条不同丰度的通路。值得一提的是,PD-CI组在磷酸戊糖通路中明显富集,而CI组则在鞘脂代谢和核苷酸糖代谢中富集。有研究发现,AD和MCI患者的多糖生物合成和代谢相关通路增加,而AD患者的免疫系统相关通路减少。因此,CI的发生与相关代谢途径的变化有关。上述结果为肠道微生物群的改变在治疗CI方面的潜力提供了新的见解。

结论

PD、CI、以及PD-CI患者的肠道菌群结构和组成等均会发生变化,其中PD-CI患者肠道中短链脂肪酸产生菌丰度降低,病原菌丰度升高,能量代谢途径发生改变,该结果与PD患者的结果一致。而CI的发生会加重PD患者的疾病严重程度,但其对肠道菌群的影响小于PD对的影响。

局限性

首先,这是一个相对较小样本量的数据再分析,因此得出的结论可能并不普遍适用。第二,本研究仅分析肠道菌群、代谢途径和预测代谢物。未来应结合菌群代谢物、血液代谢物和动物研究的结果,深入探索潜在的病理生理机制。最后,本研究数据探讨了CI与患者人口统计学之间的关系,但没有考虑混杂因素,如饮食和经济因素。这些因素可能影响肠道菌群,应在未来的研究中加以考虑。

作者介绍

通讯作者

张金彪,主任医师,神经病学博士,硕士研究生导师,齐鲁卫生与健康领军人才,以第一作者或通讯作者在Annals of NeurologyDiabetesNPJ Parkinsons DiseaseAlzheimer's Research & TherapySleep等杂志发表SCI文章30余篇,主持山东省自然科学基金面上项目等省级课题2项,兼任山东省医学会临床流行病学与循证医学分会委员、山东省老年学会痴呆及认知障碍专业委员会副主任委员。
孙志宏,博士,研究员,博士研究生导师,国家杰青、国家优青。围绕益生乳酸菌和肠道微生物方面发表学术论文96篇,H-index 45,其中第一作者、并列第一作者和通讯作者SCI论文72篇、EI收录论文9篇,以第一作者或通讯作者在Nature MicrobiologyTrends in Food Science& TechnologyNature Communications等高水平学术期刊发表多篇学术论文,最高影响因子30.964。

作者介绍

第一作者

沈馨,内蒙古农业大学博士研究生,研究方向为乳酸菌研究与开发。

作者介绍

并列一作

冷冰,硕士研究生,威海市立医院医院主治医师,山东省医学会帕金森与运动障碍学组委员。
张淑坤,医学博士,主任医师,威海市立医院病理科主任,山东省老年消化道肿瘤病理重点实验室主任,山东大学博士研究生指导老师,潍坊医学院、滨州医学院、延边大学及北华大学硕士研究生指导老师,美国UCSF访问学者。从事外科病理学诊断和科学研究20余年,擅长胸部病理、头颈部外科病理和神经病理诊断工作。共发表学术论文92篇,其中英文论文37篇,一作及通讯作者文章20篇。参与编著3部,参与译著2部。

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