郝小江/邸迎彤团队携手吴云东团队揭示了 “一体化压铸”式的真菌烯化吲哚生物碱生物合成途径

学术   科学   2024-11-21 10:27   北京  
天然产物是功效分子的重要源泉,其获取方式除传统提取分离和化学合成外,近年来,基于生物合成的合成生物学方法崭露头角。在此领域,酶与酶之间形成的临时结构-功能复合体——代谢子(Metabolon)极大地提升了代谢效率,使得目标产物的合成更为高效。然而,由于生物合成过程中中间体的不稳定性,全面解析生物合成途径一直是科学家们面临的巨大挑战。
真菌烯化吲哚生物碱家族,凭借其独特的二氮辛烷结构单元,展现出丰富多样的生物活性。在这个家族中,对映异构体、差向异构体以及非差向异构体的多样性,充分揭示了其生物合成控制机制的复杂与多变,使其成为天然产物研究的热点。尤其引人关注的是,(+)-notoamide B及其非差向异构体(+)-versicolamide B在多种真菌中共存,尽管科学家们已推测出其生物合成涉及蘋哪醇重排和Diels-Alder加成等关键步骤,但这些步骤的具体顺序及控制机制迄今仍是一个未解之谜。

为了揭开这一谜团,中国科学院昆明植物研究所郝小江研究员/邸迎彤研究员团队携手北京大学深圳研究生院吴云东研究员团队,通过综合运用途径解析、化学计算以及共定位分析等手段,深入探究了由SpeF/SpeG组成的代谢子如何实现“一体化压铸”notoamide E生成(+)-notoamide B和(+)-versicolamide B的具体途径与机制。研究团队利用基因敲除、异源重建、饲喂实验以及结构分析等技术手段,发现SpeG的底物是一种不稳定的活性环氧中间体,且其起始氧化位置特定于C-17位。在此基础上,团队围绕由该中间体异构化形成的含环氧的氮杂二烯正离子中间体Tau-MA,进行了深入的理论计算。这些计算结果不仅揭示了构建两种非对映差向异构的二氮辛烷结构单元的主要机制是逆电子需求的Diels-Alder反应(IEDDA),还阐明了底物控制了随后的环氧开环的区域选择性。

在推测的生物合成途径中,环氧化和C-17位氧化这两个关键步骤分别由SpeF和SpeG催化完成,这需要不稳定的环氧中间体能够在SpeF和SpeG之间有效传输,从而暗示SpeF和SpeG可能形成稳定的代谢子。后续的蛋白共定位分析与酵母双杂实验证实了这一推测。此次研究不仅成功识别并表征这种由代谢子介导的生物合成途径,为其他相关分子的生物合成解析提供了更为深入的理解,同时也为生产这些具有重要药理活性的分子以及发现新的生物活性化合物开辟了全新的途径。这一研究成果对于推动天然产物研究具有重要意义。

该成果以“Deciphering fungal metabolon coupling tandem inverse-electron-demand Diels-Alder reaction and semipinacol rearrangement for the biosynthesis of fused polycyclic alkaloids ”为题,最新在线发表于Science China Chemistry上(doi: 10.1007/s11426-024-2134-0)。

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【通讯作者简介】

郝小江,中国科学院昆明植物研究所植物化学与天然药物重点实验室研究员、博士生导师。1976年毕业于贵州大学化学系,1985年毕业于中国科学院昆明植物研究所获理学硕士学位,1990年于日本京都大学获药学博士学位,1991年中国科学院昆明植物研究所副研究员。1994年晋升为研究员。长期从事植物天然产物与化学生物学研究,2019年增选为中国科学院院士,2020年被聘为中国医学科学院学部委员。研究方向为:天然产物化学、化学生物学。

吴云东,北京大学深圳研究生院教授、博士生导师。1981年毕业于兰州大学化学系获学士学位,1986年获匹兹堡大学理论有机化学博士学位,1987年加州大学洛杉矶分校化学系博士后,1988年-1992年,加州大学洛杉矶分校化学系高级研究员,1992-2007年,香港科技大学化学系助理教授\副教授\教授,2007年,升为讲座教授,2010年,任北京大学化学院/化学生物学与生物技术学院讲座教授。2005年增选为中国科学院院士。研究兴趣为:化学反应机理及立体化学研究; 为蛋白质分子动力学模拟发展精确蛋白质力场; 基于蛋白-蛋白相互作用的药物设计。

邸迎彤,中国科学院昆明植物研究所植物化学与天然药物重点实验室研究员,博士生导师,生物合成与智造专题组组长,PI,云南省中青年学术与技术带头人。1996年和2003年于兰州大学与中国科学院成都生物研究所分别获得学士和硕士学位,2004年于中国科学院昆明植物研究所获得博士学位,2011年-2012年于美国加州大学洛杉矶分校开展访问学者研究工作,2009年1月任中国科学院昆明植物研究所副研究员,2015年1月任中国科学院昆明植物研究所研究员。近年来一直从事植物与真菌中活性天然产物的发现及生物合成研究。

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