以xyn为例,讲述基因工程技术和应用全过程(二)

文摘   2024-11-22 19:31   北京  
以xyn为例,讲述基因工程技术和应用全过程(一)中,主要以流程图的形式讲解了一下基因工程技术和应用全过程。这一节针对每个步骤展开讲解,包括操作原理、操作步骤、操作技巧、注意事项等多方面。一起学习。
二.详细操作步骤
(一)查阅文献,查找基因序列
1.直接在数据库查找相关文献,比如做xyn,就输入xyn或中文名。(随机找了一个,进行举例说明,数据不可信,只能参考方法,而且我也不能把真实数据写出来
那么多文献,不可能一个字一个字地阅读,如何快速地将需要的信息提取出来?

看摘要,看有没有要获取的信息。快速浏览文章,如果有,比如序列、序列出处、菌种、载体、宿主细胞、产量、检测方法等都可以记录下来。如果没有,接着下一篇。

2. NCBI数据库查找-以xyn为例说明

一般按照来源进行选择,比如原核生物、真核生物等,再具体点,我就想找酵母菌产生的xyn,在这里随机点开一个进入。

从上往下查看信息,实际上,我们要找的就是CDS序列,也就是真正表达xyn的序列。

然后,将CDS序列复制下来,保存至word文档,或者直接保存文本文档。

还可以从“PUBMED”中,查找参考文献,点击打开文献后,下载下来进行文献阅读,获取有价值的信息,尤其是产量、检测方法等。

(二)外源基因获得

查看多天文献,我们对xyn已经有了一定的了解,把有用的、好的数据保留下,接下来,就着手做实验。好像还是无从下手,啥也没有,咋整?

在这里,我分了两类,有模板和无模板,这里的模板主要是指PCR扩增模板。

1.有模板
比如说,查到的xyn由红球菌产生,正好实验室有红球菌,我们就可以以红球菌的质粒为模板,通过引物设计,对其进行扩增,扩增出我们需要的目的基因。

2.无模板
比如说,到的xyn由红球菌产生,正好实验室没有红球菌,也不计划购买该菌种,那我们就没有模板,暂时无法对其进行扩增,只有将序列给到基因合成公司进行合成。(序列越长合成时间越长,一定要计算好时间。)
一般情况,合成完成会给一支甘油菌和一支质粒。后续试验可以从甘油菌和质粒开始。

有朋友可能会说,有没有模板,我都合成,这本身没问题,问题在于,我们要了解这个过程,而且我们自己扩增比较快,能够很快出结果,合成基因比较费时间。但基因合成是一个碱基一个碱基合成,扩增的准确率100%,各有优势吧。还有经费来源,老板让不让你合成😄。

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