目前，必要时尽可能依照药敏结果选用抗菌药物，针对性治疗感染性疾病已经成为医学界的共识。尽管传统药敏方法不断改进，仍有相当一部分需要接受抗菌药物治疗的患者未能拿到药敏结果，同时传统药敏方法还受限于TAT等因素。在这样的情况下，快速发展的分子生物学方法进入了临床微生物学家们的视野。
2023年4月出版的第69卷、第4期《临床化学》杂志发表的一篇文献指出，过去十年快速分子检测数小时内在血培养呈阳性的样本中检测细菌获得性耐药基因已成为常规操作。虽然基因型和细菌耐药表型之间有时并不一致，但对于一些危害比较严重的细菌，检测出单个耐药基因的存在已经足以指导抗菌药物的调整。
以美国的情况为例，美国食品药品监督管理局 （FDA） 批准的快速诊断检测试剂盒针对革兰阳性菌耐药基因（即葡萄球菌青霉素耐药基因mecA和mecC，或肠球菌万古霉素耐药基因vanA和vanB）的检测与对这些抗菌药物的敏感性（未检测到耐药基因）和耐药性（检测到耐药基因）密切相关。革兰氏阳性菌感染，尤其是葡萄球菌，是美国血流感染最常见的原因之一，大约30%至50%的金黄色葡萄球菌携带mecA基因，因此根据可检测mecA的快速分子诊断检测做出治疗决策快速且具有针对性。但对于革兰阴性菌，情况则复杂得多。革兰阴性菌耐药基因远比革兰阳性菌复杂，耐药机制更多样，因此革兰阴性菌是否检测出耐药基因对于其药敏信息提示作用较差。革兰氏阴性菌中的耐药基因不仅包括获得性耐药基因，还包括抗生素作用位点的突变或孔蛋白或外排泵表达的变化。
此外，革兰阴性菌耐药基因数量庞大，迄今为止已报道了2600多个超广谱β-内酰胺酶基因。因此，目前革兰阴性菌的分子快速检测只能针对其中一部分出现频次较高的耐药基因。以血流感染为例，目前FDA批准的检测仅限于革兰阴性菌的广谱β-内酰胺酶、blaCTX-M或碳青霉烯酶基因blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaOXA-48样和blaIMP。革兰阴性菌检测到耐药基因未表达或弱表达导致治疗不必要升级的风险相对较低，但在没有耐药基因的情况下，抗生素耐药性的风险可能很大，并且取决于当地的流行病学。
美国的大多数医疗机构在血培养中很少遇到碳青霉烯耐药肠杆菌（CRE），并且近25%的CRE 不包含FDA批准的分子快速检测可报告的任何碳青霉烯酶基因，例如blaKPC。因此，在革兰阴性菌导致的血流感染中使用快速诊断检测blaKPC对患者结局的相对影响在很大程度上尚未得到证实。然而，早期识别这些感染很重要：碳青霉烯酶基因检测不仅是对碳青霉烯类抗生素耐药的标志，而且也反映对大多数其他抗生素的耐药性，因为这些基因通常与几乎所有耐药基因一起被检出。此外，由携带blaKPC的革兰阴性菌引起的感染与高达50%的死亡率相关，即使使用最佳抗菌治疗方案也是如此。最后，这些微生物构成了重大的感染控制风险，并导致了许多院内感染。导致不良预后和院内传播的主要因素之一是诊断延迟。识别CRE感染并升级抗菌药物治疗方案通常需要48至72小时。CRE在美国很少被经验性抗菌药物治疗方案所覆盖，因为它们很少发生，而且具有抗CRE活性的新型抗菌药物（如头孢他啶-阿维巴坦）相关的成本高于仿制药，这使得诊断检测和当地流行病学调查对患者管理至关重要。分子快速检测通过更迅速地升级到高阶抗菌药物治疗方案来显著改善这些感染患者预后的潜力是巨大的。最近一项回顾性多中心研究表明，血培养接受blaKPC 分子快速诊断检测的患者接受升级治疗方案的时间较短（中位数为24小时vs无快速诊断试验的患者为50小时，P= 0.007）和14天（16%对37%，P=0.007）和30天（24%对47%，P= 0.007）死亡率。显然，对这些患者进行快速检测具有显著益处。
然而，更常见的情况是革兰阴性菌“未检测到KPC基因”的报告，可能导致临床医生决定将治疗降级为更窄谱抗菌药物。抗菌药物治疗方案降级具有重要的临床价值，因为它意味着降低患者艰难梭菌感染、其他耐药菌感染或经历其他药物不良事件的风险。每一种风险都随着广谱抗菌药物使用时间的延长而增加。但由于革兰阴性菌耐药基因的特点，单独缺乏一个或多个耐药基因并不会带来很多降级的机会。一项随机对照试验中，当检测KPC基因的快速分子诊断用于革兰阴性菌血流感染患者时，对抗生素降级的时间没有影响，这凸显了革兰阴性菌感染诊断的不确定性。
图片来源 | veer、ibaotu
排版 | jinbao
审校 | 金宝
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