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育种数据分析之放飞自我
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对统计学“又爱又怕”,到底如何学统计?
科技
2024-10-30 21:37
河南
不少学生抱怨统计学太难学,也有人提到,学生期间学了很多年统计,但是一遇到实际问题,始终无法入手,不知道该怎么分析。很多人曾问我:到底应该怎么学统计?为什么你看到数据就知道应 ...
两天搞定育种中常用的遗传评估和GS
科技
2024-10-28 09:58
河南
推荐:大家好,我是邓飞,推荐一个育种方向的培训,包括常规遗传评估和基因组选择,用的软件是asreml软件,这个软件很强大,在动物、水产、林木、作物育种领域应用广泛,国际上比 ...
《Genome-Wide Association Studies》第四章:GWAS中的统计模型
科技
2024-10-23 22:07
河南
大家好,我是邓飞,之前推荐过这本《Genome-Wide Association Studies》的书籍(GWAS书籍:《Genome-Wide Association S ...
GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante
科技
2024-10-22 18:41
河南
大家好,我是邓飞,对于GWAS分析结果,第一个要看的是曼哈顿图,看看有没有显著性的点,没有显著性的点,项目白做了!第二个要看的是QQ图,比较翘就非常理想。下面介绍一下常用的 ...
多基因平分(PRS)与全基因组关联分析(GWAS)有什么关系?
科技
2024-10-17 20:17
河南
eff大家好,我是邓飞,多基因平分PRS是GWAS分析之后的一种预测方法,和孟德尔随机化(MR)一样也是GWAS分析之后的进一步分析方法,之前介绍过孟德尔随机化和GWAS的 ...
一行代码对100个性状进行gwas分析
科技
2024-10-16 21:01
河南
大家好,我是邓飞。GWAS分析时,3~5个性状是正常操作,要分析100个性状呢,手动修改参数,工作量是够了,但是程序员的修养体现在哪里了???如果还是按照每个性状一个文件夹 ...
GWAS分析QQ图挺好,曼哈顿图没有显著性,如何调整阈值
科技
2024-10-15 22:10
河南
大家好,我是邓飞。在GWAS项目分析时,QQ图和曼哈顿图是我们最常见的两个图,QQ图可以判断模型是否理想(GWAS分析效果好坏重点是看QQ图),曼哈顿图可以看是否有显著性位 ...
孟德尔随机化R包TwoSampleMR安装教程并设置token
科技
2024-10-13 21:29
河南
大家好,我是邓飞,今天介绍一下TwoSampleMR包如何设置token,从而可以使用数据库的数据进行孟德尔随机化的分析。1,安装TwoSampleMR包这个包在githu ...
孟德尔随机化分析:代码实战
科技
2024-10-12 21:00
河南
大家好,我是邓飞。孟德尔随机化和GWAS一样,是比较常见的分析方法,这里用R语言包TwoSampleMR进行介绍,如何走通MR分析流程。孟德尔随机化定义:孟德尔随机化分析( ...
GWAS分析效果好坏重点是看QQ图
科技
2024-10-11 18:40
河南
大家好,我是邓飞。今天聊一下,GWAS分析后,如何评价结果的好坏。我们知道GWAS分析有两个可视化的图:R语言如何绘制GWAS的曼哈顿图和QQ图什么是QQ图?QQ图,全称q ...
遗传力计算 | 随机区组RCBD计算广义遗传力
科技
2024-10-10 19:55
河南
之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就是包括:数据,代码,结果解读和重演。确保看到即学到,学到能用到。1. 随机 ...
基因型数据的聚类分析和PCA分析
科技
2024-10-08 20:05
河南
大家好,我是邓飞。基因型数据的聚类分析和主成分分析(PCA)是常用的数据降维和探索性数据分析方法。1,聚类分析目标:聚类分析旨在将样本分成若干组,使得组内样本的相似度最大, ...
十一在家把GWAS分析学会吧!
科技
2024-10-01 15:50
河南
大家好,我是邓飞。大家好,我是邓飞。去年更新了GWAS 教程第六版 快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程V6版,录制了配套的视频,可以跟着视频学习,跟着视频操作,应该更容易 ...
育种数据分析之放飞自我
本公众号主要介绍动植物育种数据分析中的相关问题, 算法及程序代码.
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