大家好，我是邓飞，虽然我知道GWAS分析后一定是要有曼哈顿图的，没有曼哈顿图的GWAS没有灵魂，但是，谁能想到，需要在曼哈顿图上添加上基因，怎么不在上面画蒙娜丽莎呢？？？
既然有需求，那就研究一下吧，毕竟，解决问题就意味着能力提升，做困难的事情，能力提升得更快，像我这种凡事依赖ChatGPT的人，如果ChatGPT能解决，我是肯定不会看说明文档的。
之前，我看过高手和小白的区别，小白都去知乎和csdn上找答案了，然后关注了一堆公众号。高手直接去看说明文档了。我充分体验到从小白到高手的过程，要是能当小白，我肯定不愿意看说明文档的。但是网上真的找不到，ChatGPT也是错误百出，于是，我就翻开说明文档，一下就搞定了，很快的。有点不真实，赶紧写篇博客，介绍一下如何对曼哈顿图中添加基因信息。
应用场景：
GWAS分析后，对结果进行曼哈顿图绘制（GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante），对显著性位点基因型基因注释（显著SNP的基因注释教程！）
曼哈顿图的数据哪里来？当然是GWAS分析而来，GWAS有不同的模型，得到的结果都是类似的：SNP、染色体、物理位置、P值，这些就够了：
通过下面代码进行绘制曼哈顿图和QQ图，QQ图的代码：
CMplot(dat1,plot.type = "q",threshold = 0.05,file="pdf",file.name = "re1_qq")QQ图结果：
曼哈顿图代码：
CMplot(dat1,plot.type = "m",threshold = c(1/nrow(dat1)),threshold.col=c('grey','black'),threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T,signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"),file.name = "re1_no_gene",file="pdf")
曼哈顿图结果：
注释完显著性基因之后，把SNP和基因做一个数据框，SNP是一列，基因名是一列，类似：
下面就是把这个基因名，添加到上面的曼哈顿图上面了。
关键参数介绍：
highlight = xx$SNP，这个是指明需要高亮的位点，SNP名称对应的又染色体和物理位置的信息，所以只需要指定SNP的名称就行了，一个向量，有几个基因，就高亮几个SNP，一个也行，八个也行。我曾经准备了所有的SNP信息，事实证明我想复杂了。
highlight.text = xx$gene，基因名和SNP需要一一对应。
完整的代码：
CMplot(dat1,plot.type = "m",threshold = c(1/nrow(dat1)),threshold.col=c('grey','black'),threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T,signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"),highlight = xx$SNP,highlight.text = xx$gene,file.name = "re1_plus_gene",file="pdf")
生成的图：
搞定了！
