GWAS分析神器:GAPIT3.5安装教程

科技   2024-11-22 22:37   英国  

大家好,我是邓飞。

我学习GWAS主要是为了入门数据分析,或者入门了数据分析之后发现GWAS学习更有意思了,之前把学习过程中的笔记写了一本书:快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程V6版,看起来很受欢迎,其实内容没有多少,之所以吸引小白看,因为我是从小白来的,小白的关注点都是我曾经的关注点。

有一种效应叫:“知识诅咒”,意思是你学会之后,就忘记了学习中可能关注的问题,以及初学者可能遇到的问题,虽然你已经会了,但是很难教授初学者,换句话说,你get不到小白的点。说到这里,我想到我学习生信时,自学perl语言,死活搞不定文件句柄是什么玩意,搜了一大堆东西,还是不知所云,好像没有人关注这个要点,把我为难了好几天。当时如果有视频教程就好了……

当时我学习GWAS的时候,也是面临同样的问题,GWAS的流程一大堆代码,但很多都是人云亦云,模型的细节、数据的准备、结果的解读都无关紧要,好像做GWAS就为了得到QQ图和曼哈顿图。

当然,如果能先把流程走通,再学习是最优的路径,所以,我推荐先参加两天系统的培训,然后有问题,再技术答疑。GWAS分析先做后学

报名方式:微信扫描下方二维码,填写提交,或点击报名链接填写提交。
报名链接https://www.wenjuan.com/s/2U3iQfn/#


费用: 1210日之前报名并缴费1980/人, 1210日之后2200/人,3人团购1800/人。

下面看一下GAPIT3.5的安装方法,培训时也会用这个版本进行培训。
目前我的版本是:GAPIT3.4

移除这个包:


网站:https://github.com/jiabowang/GAPIT


1,直接安装
devtools::install_github("jiabowang/GAPIT", force=TRUE)library(GAPIT)
报错:

如果网络条件允许,这种方法是可行的,但是不允许,那就用第二种,下载到本地安装。

2,本地安装
https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5

把压缩包放到D盘的gapit3.5文件夹中,运行代码:


install.packages("d:/gapit3.5/GAPIT-GAPIT3.5.tar.gz",repos = NULL,type = "source")

安装好之后,显示还是3.4:

但是看帮助文档:

估计是名字写错了,这应该就是最新的版本,所谓的GAPIT3.5了。

这次,终于可以在R中查看GAPIT的帮助文档了:

育种数据分析之放飞自我
本公众号主要介绍动植物育种数据分析中的相关问题, 算法及程序代码.
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