文章标题：Comprehensive landscapes of the causal network between immunity and sarcopenia
中文标题：免疫和肌肉减少症之间因果网络的综合图
发表期刊：Front Immunol .
发表时间：2024年8月
影响因子：5.7/Q1
炎症是一种以促炎标志物持续增加和抗炎机制下降为特征的免疫状态，是肌肉减少症发展的关键危险因素。需要了解免疫与肌肉减少症之间因果关系的景观，以了解肌肉减少症的机制并全面提供新的治疗方法。
研究方法
本研究采用孟德尔随机化 （MR） 作为基本方法。通过将免疫蛋白、免疫细胞和肌肉减少症交替设置为暴露和结果，然后将它们在不同的方向上组合，我们可能估计了它们的因果关系和方向，并随后根据这些信息有效地绘制了全面的因果景观。为了进一步了解网络，我们开发了一种基于秩和的方法，以集成多种算法并识别关键的免疫细胞和蛋白质。
结果分析
1. 免疫力与肌肉减少症之间的因果关系（基于 p 值）
我们提取了所有重要的因果关系，并根据不同的肌肉减少症特征对它们进行了分组。图 2A 和 B 分别总结了肌肉减少性状与免疫细胞表型以及蛋白质之间因果关系的估计的总体结果。
2. 免疫力和肌肉减少症之间的因果网络（基于 p 值）
种肌肉减少症特征的因果图分别在图 3A-F 中可视化和总结。然后进行网络分析以进一步确定关键的免疫性状。
3. 每个网络中排名和最高的前 10 个免疫特征
在握力网络 （EWGSOP） 中排名和最高的前 3 个性状是 T 细胞表面糖蛋白 CD5 （CD5） 、SIR2 样蛋白 2 （SIRT2） 和血管内皮生长因子 A （VEGF_A）。对于握力 （FNIH），前 3 个最高等级的性状是真核翻译起始因子 4E 结合蛋白 1 （4EBP1） 、单核细胞趋化蛋白-1 （CCL2）、程序性细胞死亡 1 配体 1 （PD-L1）。在 AALM 网络中，前 3 个性状是 C-X-C 基序趋化因子 1 （CXCL1） 、 C-C 基序趋化因子 23 （CCL23） 和白细胞介素-10 受体亚基 β （IL-10RB）。对于 MVPA，白细胞介素 24 （IL-24） 、白血病抑制因子 （LIF） 和白细胞介素 10 受体亚基 β （IL-10RA） 是秩和最高的性状。在正常步行配速网络中，肝细胞生长因子 （HGF） 、 CXCL1 和白细胞介素-1-α （IL-1 α） 是前 3 个性状。AWCU10 网络中秩和最高的性状是 SIRT2 、 β-神经生长因子 （Beta-NGF） 和成纤维细胞生长因子 19 （FGF-19）。
4. 免疫力与肌肉减少症之间的因果关系（基于 FDR）
为避免多次测试造成的偏差，我们使用 B-H 方法进一步调整结果，并将 FDR 的 terser landscapes 阈值绘制< 0.05。校正后，在 6 个肌肉减少性状中分别确定了 47 、 67 、 96、 65 、 34 和 54 个因果关系与免疫细胞表型、蛋白质和肌肉减少性状之间的显著 FDR 关联。
5. 免疫力和肌肉减少症之间的因果关系（基于 FDR）
将因果关联的结果与显着的 FDR 相结合，我们试图最终绘制免疫和肌肉减少症之间因果途径的景观。在这些景观中，所有项目，包括免疫细胞表型、免疫蛋白和肌肉减少症特征，都与其他性状有显着关联。按不同肌肉减少症特征分组的因果网络在图 6A-F 中可视化。两点之间带有箭头的线代表重要的因果关系，箭头指向暴露到结果，颜色代表因果效应的积极和消极影响，橙色表示积极调节，蓝色表示消极调节。通过解释网络，我们可以估计免疫和肌肉减少症之间的途径。
6. 免疫与肌肉减少症之间的综合因果关系
为了获得更全面和简洁的因果途径图，我们进一步整合了所有肌肉减少症特征的网络，并省略了仅与一个肌肉减少症特征有因果关系且可能对途径没有贡献的特征。图 7A 总结了综合情况。该网络包括 39 种免疫蛋白和 61 种免疫细胞表型。
文章小结
确定了免疫细胞表型、蛋白质和肌肉减少性状之间的 1,000 多种因果关系 （p < 0.05），并建立了这些联系的因果图。在 FDR < 0.05 的阈值中，数百个因果关系仍然显著。最终的综合图谱包括 13 种免疫细胞表型和 8 种免疫蛋白。最终图中的星因子包括 EM CD8br %CD8br、EM DN （CD4- CD8-） %DN、SIRT2 等。如果您对生信分析和公共数据库挖掘感兴趣，但时间和精力有限或者缺乏相关经验，小骨非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费方案设计和生信分析等，有意向的老师欢迎联系小骨哦！
