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文章标题：PSME2 offers value as a biomarker of M1macrophage infiltration in pan-cancer and inhibits osteosarcoma malignant phenotypes
中文标题：PSM2作为M1巨噬细胞浸润的生物标记物在泛癌中具有价值,并能抑制骨肉瘤的恶性表型
发表期刊：International Journal of Biological Sciences
发表时间：2024年1月
影响因子：10.7/Q1
研究背景
越来越多的研究揭示了蛋白酶组激活剂复合亚基2(PSMA2)与各种形式癌症的进展之间的联系。然而,PBYM2对骨肉瘤进展的影响尚不清楚。尚未进行侧重于免疫学活性和预测预测相关性的泛癌分析。利用癌基因组图集在广泛的癌症类型中发现了显著的PSM2调控失调,发现该基因在大多数被分析的癌症中具有重要的诊断和预后作用。
研究方法
利用UCSCXCENA平台访问了癌症基因组地图集(TCGA)和基因变异蛋白表达(GTEX)数据库,该数据库涉及泛癌细胞表达水平和相应的临床特征。合并了TCGA和GTES数据库的数据,以比较33个癌症类型的肿瘤和正常组织的PSMA2mRNA水平。用R'Proc'包生成相关癌症患者的接收机操作特征曲线,并与表达低和高浓度PSM2的患者进行比较,根据PSM2中位数表达对患者进行分层。
研究结果
1.PSME2在泛癌中的表达分析及在泛癌中具有诊断和预后价值
TCGA和GTES数据库最初用于对MRNA水平上的PSM2表达进行系统的泛癌分析。这一方法揭示了24个癌症类型的PSM2表达差异，骨肉瘤组织与邻近的正常组织相比,表现出较高的PSMA2表达。
2.PSME2 在不同癌症中提供诊断和预后效用
ROC 曲线表明 PSME2 可能作为某些癌症的诊断生物标志物。然后评估 PSME2 作为 OSS 、 DSS 、 PFI 和 DFI 等预后结局预测因子的预后相关性，用于 TCGA 数据库中的 33 种肿瘤类型。单变量 Cox 回归分析表明，PSME2 与 KIRC、LAML、LGG、PAAD 和 UVM 中较差的 OS 显著相关，而它是 BLCA、BRCA、MESO、OV、SKCM 和 THCA 的保护因素。
3.PSME2 水平与 DNA 修复、甲基化和癌细胞干细胞样特征相关
DNA 损伤反应是一系列复杂的机制，负责通过检测和消除染色体内的异常序列和结构来维持基因组的稳定性和完整性 。肿瘤细胞通过选择 MMR 和 HRR 机制来发展出使它们能够逃避某些治疗策略的机制，从而赋予这些肿瘤细胞干细胞样自我维持能力。4.选择性 PSME2 剪接与生存结果相关
基因剪接的特异性变化可能发生在可支持疾病进展的肿瘤细胞中，这些 AS 事件的鉴定有可能支持患者的预后和诊断评估 。使用 OncoSplicing，检测到 51 个临床相关的 PSME2 AS 事件 ，包括 TCGA SpIAdderSeq 数据库中的 PSME2_intron retention_40286 事件和 TCGA SpliceSeq 数据库中的 PSME2_AA_26864 事件。
文章小结
该研究通过大量和单细胞转录组数据集中，较高水平的 PSME2 表达与 M1 巨噬细胞浸润呈正相关，免疫荧光染色证实了 PSME2 和 M1 巨噬细胞标志物蛋白的共表达。如果您对生信分析和公共数据库挖掘感兴趣，但时间和精力有限或者缺乏相关经验，小骨非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费方案设计和生信分析等，有意向的老师欢迎联系小骨哦！
