中文标题：枢纽基因作为骨关节炎预后生物标志物的生物信息学分析
发表期刊：Sci Rep
发表时间：2023年12月
影响因子：4.6/Q1
结果分析
1. DEGs的鉴定
基于GEO2R生物信息学分析，以p≤0.05和|log2FC|≥1为标准，鉴定出GSE46750数据集的326个deg和GSE98918数据集的949个drg。随后，对这些deg进行聚类分析。对GSE46750和GSE98918数据集的前20个上调和下调的deg分别进行优先排序。
2. DEGs富集分析
进行了GO和KEGG途径富集分析，以评估43个co-DEGs的功能。GO术语的类别包括BP（生物过程）、CC（细胞成分）和MF（分子功能）。选择每个类别中最富集的6个符合最低p值标准的GO项（补充表4），并使用气泡图进行可视化。氧化石墨烯富集分析柱状图。共deg主要富集在“补体活化”、“网格蛋白包被的胞内囊泡膜”、“补体组分C3b结合”等氧化石墨烯方面。
3. 中枢基因的预后价值
根据GSE46750和GSE98918数据集的表达水平绘制6个枢纽基因的ROC曲线，验证其对OA患者滑膜炎组织与健康对照的区别作用。根据GSE46750数据集中的枢纽基因表达情况，使用R语言包绘制8个基因的脊图，各枢纽基因分布较为密集。
4.通过OA大鼠体内模型验证
H&E染色结果如图所示。对照组关节生长板排列整齐，细胞正常健康，未见炎症免疫细胞浸润。OA组炎症免疫细胞浸润明显增加，健康细胞数量明显减少；同样，细胞的排列也是混乱的。与此一致的是，红素O/快绿结果显示，对照组未出现组织病理学变化，膝关节完整，蛋白多糖丰富，而OA组关节磨损严重，蛋白多糖丢失。
文章小结
本研究确定了滑膜炎组织和半月板组织中与OA相关的8个枢纽基因。这些基因可以被认为是区分OA患者和健康人的潜在疾病标志物。如果您对生信分析和公共数据库挖掘感兴趣，但时间和精力有限或者缺乏相关经验，小骨非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费方案设计和生信分析等，有意向的老师欢迎联系小骨哦！
