这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了!西交大附属医院团队发大招:网毒+机器学习联手拿Q1,这波热度一定得蹭上!

文摘   2024-10-22 19:00   上海  

嗨喽~大家好!欢迎来到生信门小课堂!今天智星为中医药领域的宝子们大家带来了一波福利:处在风口浪尖的新热点——网络毒理学,这个话题可谓是眼光独到,创新性更是不用多说。好啦,这就为大家揭开神秘面纱!

这篇文章是由西安交通大学医学院3201医院团队发表于“Ecotoxicology and Environmental Safety”的文章,研究关于骨质疏松症(Osteoporosis, OP)的研究,特别是关注内分泌干扰物(Endocrine-disrupting chemicals, EDCs)对OP影响的生物信息学机器学习分析。作者利用CTD和GEO数据集,进行网络毒理学和生物信息学分析,并开发了一个采用多种机器学习算法的新型预测模型,最后通过qPCR简单验证,过程清晰好复现!Ps:想用这篇文章实现复现的宝子们可以行动起来了,换个疾病就可发5-10分SCI,如果没有头绪,可以滴滴智博哦,从方案设计到数据分析都能帮到你!

题目:通过生物信息学和机器学习识别针对关键op相关基因的内分泌干扰化学物质

l 杂志:Ecotoxicol Environ Saf

l 影响因子:IF=6.2    

l 发表时间:202210

请前往文末获取文献DOI哦~

研究背景

骨质疏松症(Osteoporosis, OP)是一种导致骨量低、骨骼微结构破坏的疾病。OP是中国中老年人的一个重要健康问题:50岁以上的OP患病率为19%,65岁以上的OP患病率为32%。考虑到全球OP发病率的增加和对环境因素的影响的了解不足,开发复杂的工具和方法来阐明复杂的病因关系是必要的。因此,有必要从环境病因学的角度研究暴露于环境污染物与OP之间的关系,以阐明OP的发病机制,并在不同人群中有效实施预防措施

研究思路    

图1

研究内容

1、与影响 OP 的环境污染物相关基因的鉴定和机器学习分析    

图2

2、关键基因的富集分析和表达验证    

图3

3、免疫浸润分析    

图4

4、关键基因相关化学污染物鉴定    

图5

5、分子对接    

图6

文章小结

本研究识别了与OP相关的显著基因(FOXO3和LUM)。进行了富集分析、免疫浸润分析和分子对接分析。通过分析这些关键基因,识别了13种可能影响OP的EDCs,并阐明了EDCs通过关键基因调控与OP发病之间的新关联。小伙伴们读完这篇文章是不是深受启发,网络毒理学并不难,与网络药理学有着异曲同工之面,但确实当下中医药热点,具有创新性,趁现在热度还在,抓紧时间发表吧,在方案设计和生信分析上有困难的朋友们,欢迎来找智星帮忙哦!

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原文链接:https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2024.117155   

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