Cell旗下“灌水”神刊偷偷升1区！纯生信友好，想发要趁早！升区后质量大提升，这篇双疾病+单细胞+NHANES，就挺经典！

文摘 2024-10-18 19:00 上海

小伙伴们发文，除了有影响因子要求，有时候还有分区的要求。

通常一区的文章，分值都比较高，发文难度自然也很高。

那今天生信路给大家推荐一个低分的一区期刊，好帮助各位完成KPI！（ps，这里说的是JCR一区，不是中科院一区，当然，虽然国内多数单位是以中科院分区为主，不过也存在使用JCR分区的，何况这两种分区方法也是各有其利弊，比如，很多领域性最高水平期刊，在中科院分区中，都是二区甚至三区，不甚合理）

那么，解密时刻到，这本期刊就是Cell旗下的综合性、OA期刊Heliyon（IF 3.4）。确实是分数有点低，不过这也和其年发文过万是密切相关（试问，有哪个期刊能做到发文量过万的同时，IF还大于10了，生信路是没发现，如果有的话，小伙伴评论区提醒下）。就因为发文量巨大，也被戏称为“灌水神刊”，现在期刊升区了，想必投稿难度会加大，有投稿兴趣的小伙伴，得抓紧了！

升区后，文章质量是否真的有提升？生信路觉得还是真的。

今天，生信路就从该期刊找到一篇非常有特色的“双疾病+单细胞+NHANES”组合文章，思路创新，关键还是纯生信的文章，一提到纯生信，非常容易复现！很多小伙伴研究都亮了，哈哈!下面我们一起来看看文章吧。(ps：纯分析目前发文压力较大，一方面需要分析思路有创新，就像这篇，临床（NHANES）+基础（双疾病+单细胞）；同时还要定位准确，找到好期刊（Heliyon）。作为纯分析的文章，有兴趣复现本文思路的小伙伴，滴滴生信路吧，可以根据你的方向，进行个性化的数据查询和分析评估哦。)

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题目：通过bulk和单细胞转录组分析对非酒精性脂肪性肝病和动脉粥样硬化之间的共同风险基因和免疫代谢进行综合分析

杂志：Heliyon

影响因子：IF=3.4

发表时间：2024年7月

公众号回复“888”领取原文PDF，文献编号：241018

研究背景

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和动脉粥样硬化(AS)在临床中存在一定相关性，而且临床研究表明，NAFLD是ASCVD的独立风险因素。但是却缺乏相关的基础研究证据，因此作者通过生物信息学分析探讨了两者的病理联系。

数据来源

研究思路

研究结果

AS和NAFLD共表达模块的鉴定

利用WGCNA分析GSE130970和GSE28829数据，构建网络并识别关键模块。NAFLD中，蓝、绿、粉模块与病情严重度关联；AS中，红、蓝模块与病变进展正相关。

AS和NAFLD中 198个关键模块基因的鉴定

综合疾病关键模块，识别出1826个NAFLD基因和1119个AS基因。对比后，发现198个共享关键基因。GO BP分析表明这些基因涉及免疫调节，包括细胞因子生成、T细胞激活和白细胞迁移。KEGG分析也显示免疫途径的参与。

差异表达基因和功能富集分析

分析NAFLD和AS数据集，筛选出DEGs。对差异基因进行GSEA复现，发现NAFLD富集于脂质代谢和氧化磷酸化，AS则富集免疫途径。GSVA分析揭示，两种疾病均上调脂质和磷脂代谢通路。

共有风险基因对NAFLD和AS斑块具有较好的诊断能力

研究者检验了7个共同风险基因在多个数据集中的表达一致性。这些基因在NAFLD和AS数据集中均显著上调，ROC分析显示它们在诊断NAFLD和AS中具有较高的准确性，验证了其表达的可靠性。

NAFLD和AS斑块的sc-RNA-seq分析显示了代谢/免疫相关途径中共享风险基因的独特表达谱

研究者获取了两组单细胞RNA-seq数据，通过FindCluster在GSE179886和GSE159677中分别鉴定出11和13个细胞簇。利用SingleR对GSE179886细胞类型进行自动注释，而GSE159677则基于表达模式手动标注。随后，使用FeaturePlot展示了7个共有基因在不同细胞簇中的表达差异。

文章小结

本研究可谓占尽天时地利，既选择生信友好的期刊，同时，基于NHANES数据库+单细胞+双疾病等多个关键创新点，成功实现了纯生信发文。当前，常规的、套路型的纯生信挖掘，发文出现一定困难，很多时候，都需要或多或少的添加实验。那么，如果你还想获取“纯分析”的红利，就需要在分析思路和方法，甚至是分析工作量上有所突破。对于缺乏创新思路或者技术受限的小伙伴，欢迎滴滴生信路，高创新性的纯分析思路，带你体验0实验发文的快感！

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