IF=11.4网药干湿结合完美范例！机器学习强大助攻，中国药科大&无锡人民医院团队登顶1区Top，2个多月发文，中医药果真牛掰！

文摘 2024-11-01 19:02 上海

中药网药做到极致是什么样？能发10分+吗？

能发，一般要联合湿实验，生信路这次带来这篇文章就可以作为网药干湿结合的模版，网药+机器学习筛靶点、找通路，体内外实验验证功能和探索机制，一套组合拳下来直接拿下11.4分，逻辑很清晰完整，实验部分又不复杂，很适合大家学习参考，下面一起来看看吧！思路送到眼前啦，想冲击10分+可以尝试复现它哦！什么？你说不知道如何把自己的课题设计成这样的思路？那还等什么，找生信路来帮你啊，咱有专业团队，为您精准提供个性化服务~

定制生信分析

云服务器租赁

加微信备注99领取使用

题目：红景天苷通过SCD1介导的脂肪生成和NCOA4介导的铁蛋白吞噬增加三阴性乳腺癌对铁死亡的敏感性

杂志：Journal of Advanced Research（IF=11.4）

发表日期：2024年9月

研究背景

三阴性乳腺癌（TNBC）是女性乳腺癌导致死亡的主要原因。文献证实了红景天苷（Sal）治疗TNBC的益处。然而，关于 Sal 锚定 TNBC 的潜在治疗靶点和机制的研究仍然有限。

研究思路和结果

1. Sal治疗TNBC的靶点是什么呢？

作者首先通过网络药理学、生信分析和机器学习算法来筛选靶点：

1）网药：通过公共数据库共收集了178 个Sal靶点，1374 个TNBC靶点（图1A, B）。将Sal靶点与3296 个TNBC靶点（来源于数据库、TCGA和GEO数据集）取交集，获得 75 个共享基因。功能富集分析显示，共享基因主要参与氧化应激、对氧化应激的反应、响应氧化应激的细胞死亡、脂质生物合成过程的调节和脂质代谢过程的调节，提示其可能与铁死亡有关（图2A-C）。

2）WGCNA分析：从TCGA和GEO数据集中鉴定 TNBC 中的 DEGs ，并通过WGCNA分析筛选TNBC关键模块基因，共得到2707 个 DEGs和1442 个模块-DEG交叉基因（图1C-P）。

3）机器学习分析：由于网药发现机制可能与铁死亡有关，所以作者又继续挖掘了铁死亡相关靶点，在 Sal 和 TNBC 中鉴定了 22 个与铁死亡相关的基因（共享FRGs），功能富集分析发现，这些基因富集于一些铁死亡相关途径（mTOR 信号通路、PI3K/AKT 信号通路、脂质过氧化、脂质生物合成过程、自噬等）。针对这些基因进行PPI网络构建并识别到15个hub基因，利用三种机器学习算法筛选到IL6、mTOR等9个共享FRG相关的潜在诊断生物标志物。利用ROC曲线评估9个标志物的诊断价值（图3）。

图1：鉴定 Sal 和 TNBC 相关基因

图2：Sal抗TNBC靶点的鉴定和铁死亡实验验证

图3：FRGs 的功能富集分析和 PPI 网络分析

2. Sal抗TNBC的效果如何？治疗作用是否有铁死亡的参与呢？

体外细胞实验和体内动物实验均证明Sal的抗TNBC作用。向MDA-MB-231细胞中添加了铁死亡抑制剂Fer-1、DFO和GSH，结果发现Sal的抗癌作用被减弱。继续用Fer-1处理细胞，检测铁死亡指标，发现Sal可以逆转Fer-1诱导的铁死亡抑制效果。动物实验发现，Sal促进了脂质过氧化物的积累，铁死亡指标有相应变化，Sal和Fer-1联合给药后Sal的抗癌作用减弱，铁死亡被抑制（图2D-X）。综合表明，Sal通过诱导铁死亡来抑制TNBC肿瘤生长。

3. Sal通过诱导铁死亡来抑制TNBC的机制是什么？

上面的网药和生信分析结果发现，Sal 主要通过靶向 PI3K/AKT 和 mTOR 通路来改善 TNBC 的发病机制，且mTOR 是 Sal 治疗 TNBC 的中心靶点。因此选择 mTOR 作为检测 PI3K/AKT/mTOR 通路的关键靶点进行机制验证：体内外实验均发现Sal 处理后PTEN上调，p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT 和 p-mTOR/mTOR 均下调。铁死亡相关指标检测结果表明，Sal 主要通过靶向 mTOR 诱导铁死亡（图4），Sal 可能通过调节 mTOR 相关的 PI3K/AKT/mTOR 通路诱导铁死亡来改善 TNBC。

图4：Sal 诱导的铁死亡受 PI3K/AKT/mTOR 信号通路调控

4. mTOR下游靶点是什么？怎么调控铁死亡？

前面共享FRG的功能富集分析显示，基因富集于mTOR、PI3K/AKT、脂质过氧化、脂质生物合成过程、自噬等途径。除了PI3K/AKT/mTOR，其他途径是否是mTOR下游直接调控铁死亡的通路呢？已有文献表明，mTOR 可以通过促进 GPX4 蛋白合成来抑制铁死亡1，PI3K/AKT/mTOR 信号转导还可以通过促进 SCD1 转录介导的脂肪生成来抑制铁死亡2，mTOR 还通过抑制铁蛋白自噬来抑制铁死亡3，因此作者就从这3个途径探索mTOR下游机制（图5）：

1）GPX4 蛋白合成：细胞实验显示，Sal显著降低了GPX4的水平，同时增加PTGS2在mRNA和蛋白水平上的表达，mTOR激活剂MHY1485可以逆转Sal引起的GPX4表达抑制，GPX4过表达的MDA-MB-231细胞在Sal处理下，细胞活性抑制部分得到缓解。动物实验结果与细胞实验抑制，均表明Sal可能通过mTOR信号通路降低GPX4水平和增加PTGS2水平，调节脂质过氧化，从而诱导铁死亡发生，起到抗癌作用（图6）。

2）SCD1 转录介导的脂肪生成：细胞实验显示，Sal显著降低了SCD1 的蛋白表达，SREBP1的mRNA和蛋白水平及其下游脂质合成相关基因的表达，以及单不饱和脂肪酸（MUFAs）的生成。而mTOR激活剂MHY1485可以逆转Sal对SREBP1和SCD1蛋白表达的抑制作用。体内实验与体外一致，均表明，Sal通过抑制脂肪酸合成中 mTOR 介导的 SCD1 信号通路来诱导铁死亡，从而治疗 TNBC（图7）。

3）NCOA4 介导的铁蛋白自噬：Sal处理后，铁调节蛋白中FTH下调，NCOA4显著上调，而其他 mRNA 没有变化，说明可能与铁蛋白自噬相关。Sal 处理后，铁蛋白自噬蛋白NCOA4 和 LC3 II/I 水平上调，而 FTH 和 P62 水平显着下调，而mTOR 激活剂MHY1485显著抑制了 Sal对自噬的诱导作用。体内实验与体外一致，均证明了Sal 可能通过抑制mTOR 通路激活NCOA4 介导的铁蛋白自噬促进铁死亡的发生（图8）。

图5：研究概览

图6：Sal 通过调节 GPX4 介导的脂质过氧化诱导铁死亡

图7：Sal 通过抑制脂肪酸合成中的 SREBP1/SCD1 信号通路诱导铁死亡

图8：Sal 促进 NCOA4 介导的铁蛋白自噬和铁死亡

小结

这篇文章将网药与机器学习、生信相结合，再辅以体内外实验验证，全文分析难度和实验难度都不大，但逻辑非常清晰，工作量很饱满，拿下11分+也毋庸置疑了，这种网药干湿结合发顶刊的思路，做中药方向的朋友赶紧学起来！想个性化设计这类思路？欢迎随时联系生信路！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路~

生信路有话说

生信路还提供思路设计、定制生信分析、文献思路复现；有需要的小伙伴欢迎直接扫码咨询生信路，竭诚为您的科研助力！

定制生信分析

思路评估

服务器租赁

2.孟德尔随机化正值“当打之年”！疾病亚型分析，创新思路大进阶！首都医科大学团队一招斩获7分+！快快码住~

3.玩转NHANES数据库，TOP团队有妙招！北京大学团队10.5分横断面研究，生信小白也可轻松复现，赶紧码住！

4.高福院士主编的“国产”第一神刊《Science Bulletin》拳打PNAS，脚踢Nature、Science？真实水平如何？

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0MDQ2MTU0Mg==&mid=2247499699&idx=2&sn=60008bc6df1561f97c49a6cab679371c

生信路

小途持续给大家分享最新生信热点思路，提供专业生信分析服务：思路设计、生信分析、文献复现、数据库搭建等。助力您的科研之路！

药学“神刊”！这篇5分+SCI，最快3周接收，无版面费，国人占比9成~不容错过！

“水刊之王”Nature Communications真有“排面”！中南大学团队挖掘UKB数据库，超25万人数据，再夺C位！

药食同源化合物就这么华丽的登上了Nat Commun！重庆医科大郭风劲团队这篇做的是非肿瘤细胞衰老方向，好思路学起来！

出息了，我的宝！国内数据库CHARLS勇夺58.7分《Nature》子刊，，且数据代码公开，赶紧来学！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

不愧能狂中81项国自然！选的都是TOP热点呀！复旦华山医院巧用国自然热点，纯测序解锁一区7分+！这波新热点抢发期，不容错过~

老师，别让你的得力干将维护生信服务器了

20天光速接收4.8分！宁波大学团队这是“卷”麻了！两篇的体量合到一篇发？！双疾病、孟德尔随机化和机器学习，这都还不够？

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

告别水文，做真科研！小小“葛根”成“药食同源”新突破！上海交大团队Nature重磅，能赶超“GLP-1”吗？

肠道菌群又登上Cell“新贵”子刊！江南大学陈卫院士团队这次做的“脑肠轴”是肠道菌群和神经炎症，“多组学”整合分析思路值得细品！

9种“机器学习”斩获《Lancet》大子刊！昆明医科大团队最新作，这样的预后模型可以0实验搞定顶刊，简单到出乎意料！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

机器学习不愧“高分收割机”！复旦大学冯建峰团队新作，UKB数据库+预后模型，代码也公开了，临床人做这个准没错！

大人！时代变了！IF 11.8，中医药工业4.0时代！网药新方向，中药质控大变革，人工智能与生物信息的碰撞！

又是“国家杰青”，又是“深度学习”的！复旦大学这篇新作亮点满满！神导+神刊，生信人都要来追一追！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

3分的研究，直升到21.7分顶刊，“机器学习”挑战极限！预后模型研究，错过了多少篇顶刊了！

IF21.7，机器学习开挂了！传统分析模型OUT，新风险分层模型IN！2024年顶刊带你玩转数据分析，临床想发高分看这篇就够了！

在“杰青”手里，“转录组”都能玩到Cell顶刊！北京大学杜鹏团队力作，单细胞+表观，“测序”不等于没技术！

IF=11.4网药干湿结合完美范例！机器学习强大助攻，中国药科大&无锡人民医院团队登顶1区Top，2个多月发文，中医药果真牛掰！

严格保真！几乎不拒稿的2区纯生信友好“神刊”+乳酸化修饰，川大华西团队1个月搞定！机器学习+单细胞，专为无法做实验的你！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

快！NHANES数据库这么好用，又刚更新！8.5分文章38天接收！中医科学院团队，0实验，数据还公开，分析小白快来复现！

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

9种机器学习模型飞上《Lancet》大子刊！东南大学团队最新成果，ML结合MIMIC数据库，简直是太赞了！

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

沾边就收的医学1区TOP刊！审稿快，无版面费！华南理工团队“101种机器学习算法+药物筛选”，一发一个准！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

亮瞎审稿人双眼！8种“研究热点”整合，发12分都嫌低！江南大学这篇新作太全面了！MR/NHANES/网药。。。标题都放不下

山东中医药大学到底有谁在啊？！本科生2个月发IF 12.5 SCI，居然只做了MR！复现性很强，值得一看！

我要向全世界安利“GBD数据库”，又登《Lancet》子刊！电子科大团队9.6分新作，0实验超高性价比，赶紧来get！

IF 45.5，不愧是顶刊Cell!樊荣教授团队开发新技术，结合单细胞测序，这篇简直是空间转录组天花板！

堪称“中医药”的天花板！清华大学团队：网络药理学+分子对接+干湿结合，中药复方要这么做！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

31.7分神刊，还卷啥实验！孟德尔随机化的突破口来了！260万的队列数据，震惊全场！这波潮流我跟定了！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

9种机器学习模型斩获《Lancet》大子刊！东南大学团队结合MIMIC数据库，0实验搞定顶刊，简直是太赞了！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

突发！这本水刊之王被踢出SCI了，赶紧撤稿！

低调的一区Top，行业翘楚，无版面费，国人发文近五成！机器学习+新药筛选，创新思路2个月就接收！

这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了！西交大附属医院团队发大招：网毒+机器学习联手拿Q1，这波热度一定得蹭上！

单基因分析out了？NoNoNo！文章/标书双赢！安徽医科大这波亮眼操作：机器学习+公共数据挖掘，换个疾病又是一篇~

哦买噶！孟德尔随机化分析这个思路真是太猛了，广州医科大附属医院：一套操作猛如虎，IF 7分SCI拿到手！速来学！

读文献就是学思路！这篇孟德尔随机化文章，看完你能发十篇！福建医科大陈志媛团队1区新作，MR+双疾病分析，选题新才是王道！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

“灌水”神刊，影响因子6连涨！生信发文必备！恭喜扬州大学团队凭借“乳酸化”，3个月拿下！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

Cell旗下“灌水”神刊偷偷升1区！纯生信友好，想发要趁早！升区后质量大提升，这篇双疾病+单细胞+NHANES，就挺经典！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉