20天光速接收4.8分！宁波大学团队这是“卷”麻了！两篇的体量合到一篇发？！双疾病、孟德尔随机化和机器学习，这都还不够？

文摘 2024-11-07 19:01 上海

都说科研“卷”。

生信路看的文献多了后，也发现怪现象。

有的文章，分数高，但内容显得一般；

有的文章，分数不高，但做的很扎实。

怎么才能提高性价比了？

生信路不成熟的想法，投稿就是个博弈！越有恃无恐，才越有谈判的砝码。

假如着急等着文章毕业，那很难不自降身价，清仓大甩卖了（与下面提到的文章无关，只是单纯的举例而已）

所以，古话说得好，事不宜迟。越早动手，创新性越高，也越从容。

从高分往低分慢慢投，这样才能值回自己的付出（有困难，找生信路）。

回到今天宁波大学团队的这篇文章，发表在4.8分的“Biomolecules”上。虽然分数没那么高，但是文章本身亮点满满。

文章先以孟德尔随机化（MR）论证重度抑郁症（MDD）在心力衰竭（HF）的因果关系；后半部分又以MR探讨免疫细胞浸润与心力衰竭的因果影响；

凭借两个MR分析，本已经可以单独成文了，但是作者又加了很多基础生信内容：基于公共数据进行一些列生信分析，还通过4种机器学习算法对两种疾病的公共蛋白，进行模型构建，甚至加了一点湿实验。

所以生信路觉得本文确实挺卷的，但也是值得的，毕竟20天就接收4.8分，总共1个月就见刊，作者诚意满满，期刊也是识货的，哈哈。（ps：现阶段准备发高分MR的宝子建议考虑设计联合思路了！如需协助选题，记得滴滴生信路哦）

双疾病+孟德尔随机化（MR）+基础生信的整合，可以做到如此丝滑的研究。对于需要升级MR研究的小伙伴，这是一个好榜样！无论是MR选题，还是临床数据库挖掘，包括经典生信挖掘，生信路可是专业的。尽快动手，也更加从容。让你的发文少走点弯路，抓住风口赶紧发文！

定制生信分析

云服务器租赁

加微信备注99领取使用

题目：基于综合生物信息学分析和机器学习筛选与重度抑郁症与心力衰竭相关的分泌蛋白

杂志：Biomolecules（IF=4.8）

发表日期：2024年7月

公众号回复“888”领取原文PDF，文献编号：241107

研究背景

重度抑郁症（MDD）和心力衰竭（HF）是全球重大健康负担。MDD与心衰的早期诊断是研究新领域。有证据显示MDD增加心衰风险，可能涉及免疫系统和分泌蛋白，但具体机制未明。

研究思路

作者首先通过GWAS数据，利用MR分析来探究重度抑郁症（MDD）和心力衰竭（HF）的因果联系；随后基于公共数据库，利用WGCNA识别HF关键基因和MDD相关分泌蛋白；结合PPI、功能富集和cMAP分析揭示MDD引起的HF机制和药物；运用ML算法筛选生物标志物，构建诊断模型预测MDD相关HF；MCPcounter分析HF免疫细胞浸润，MR探讨免疫表型与HF关系；最后，利用动物模型验证MDD与LVEF降低及生物标志物诊断效能。

主要结果

1. 重度抑郁症（MDD）和心力衰竭（HF）的MR分析

IVW分析显示，MDD 与心力衰竭风险增加相关。留一敏感性分析表明，MDD和HF之间的因果关系不受任何单个SNP的影响。

2. 重度抑郁症（MDD）和心力衰竭（HF）的致病基因分析

利用STRING数据库，分析MDD分泌蛋白与HF关键基因的互作，MCODE插件识别出78个与HF相关的MDD致病基因。GO和KEGG分析显示这些基因在炎症、信号通路中富集，cMAP分析揭示了潜在治疗药物。

3. 机器学习筛选具有诊断价值的Hub基因

在MDD和HF中，通过比较分泌蛋白和DEGs，筛选出16个基因。应用机器学习，选出ISLR和SFRP4作为HF的潜在标志物，AUC值高。构建的诊断模型预测准确，AUC达0.904，有助于MDD相关HF的诊断。

4，两个 Hub 基因表达模式的验证及列线图模型的诊断价值评估

采用CUMS模型验证MDD与心脏功能的关系。超声心动图显示MDD组LVEF下降，部分个体未降低。分为LVEF降低和无降低的MDD组。RT-qPCR显示关键基因表达上调，与LVEF负相关。ELISA检测血清中ISLR和SFRP4水平升高。建立的诊断模型提高了rLVEF预测的准确性，AUC值高。

小结

这篇研究整合了MR、机器学习、生信分析以及湿实验验证等，内容丰富、体量庞杂。发到4.8是有点小亏。不过能20天就接收，也算是值得了。如果等着毕业，或者等着报课题，那速度的价值就体现出来了。所以，MR分析的升级，包括基础生信、机器学习、干湿结合等是有效方法。如果您对发文周期要求特别高，可以滴滴生信路来复现本文思路。只要该疾病有合适的公共数据集，我们也能做出这样的出色研究！！

生信路有话说

生信路还提供思路设计、定制生信分析、文献思路复现；有需要的小伙伴欢迎直接扫码咨询生信路，竭诚为您的科研助力！

定制生信分析

思路评估

服务器租赁

2.孟德尔随机化正值“当打之年”！疾病亚型分析，创新思路大进阶！首都医科大学团队一招斩获7分+！快快码住~

3.玩转NHANES数据库，TOP团队有妙招！北京大学团队10.5分横断面研究，生信小白也可轻松复现，赶紧码住！

4.高福院士主编的“国产”第一神刊《Science Bulletin》拳打PNAS，脚踢Nature、Science？真实水平如何？

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0MDQ2MTU0Mg==&mid=2247499825&idx=1&sn=7befc02933e417bcafda5af4741e8804

生信路

小途持续给大家分享最新生信热点思路，提供专业生信分析服务：思路设计、生信分析、文献复现、数据库搭建等。助力您的科研之路！

药学“神刊”！这篇5分+SCI，最快3周接收，无版面费，国人占比9成~不容错过！

“水刊之王”Nature Communications真有“排面”！中南大学团队挖掘UKB数据库，超25万人数据，再夺C位！

药食同源化合物就这么华丽的登上了Nat Commun！重庆医科大郭风劲团队这篇做的是非肿瘤细胞衰老方向，好思路学起来！

出息了，我的宝！国内数据库CHARLS勇夺58.7分《Nature》子刊，，且数据代码公开，赶紧来学！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

不愧能狂中81项国自然！选的都是TOP热点呀！复旦华山医院巧用国自然热点，纯测序解锁一区7分+！这波新热点抢发期，不容错过~

老师，别让你的得力干将维护生信服务器了

20天光速接收4.8分！宁波大学团队这是“卷”麻了！两篇的体量合到一篇发？！双疾病、孟德尔随机化和机器学习，这都还不够？

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

告别水文，做真科研！小小“葛根”成“药食同源”新突破！上海交大团队Nature重磅，能赶超“GLP-1”吗？

肠道菌群又登上Cell“新贵”子刊！江南大学陈卫院士团队这次做的“脑肠轴”是肠道菌群和神经炎症，“多组学”整合分析思路值得细品！

9种“机器学习”斩获《Lancet》大子刊！昆明医科大团队最新作，这样的预后模型可以0实验搞定顶刊，简单到出乎意料！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

机器学习不愧“高分收割机”！复旦大学冯建峰团队新作，UKB数据库+预后模型，代码也公开了，临床人做这个准没错！

大人！时代变了！IF 11.8，中医药工业4.0时代！网药新方向，中药质控大变革，人工智能与生物信息的碰撞！

又是“国家杰青”，又是“深度学习”的！复旦大学这篇新作亮点满满！神导+神刊，生信人都要来追一追！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

3分的研究，直升到21.7分顶刊，“机器学习”挑战极限！预后模型研究，错过了多少篇顶刊了！

IF21.7，机器学习开挂了！传统分析模型OUT，新风险分层模型IN！2024年顶刊带你玩转数据分析，临床想发高分看这篇就够了！

在“杰青”手里，“转录组”都能玩到Cell顶刊！北京大学杜鹏团队力作，单细胞+表观，“测序”不等于没技术！

IF=11.4网药干湿结合完美范例！机器学习强大助攻，中国药科大&无锡人民医院团队登顶1区Top，2个多月发文，中医药果真牛掰！

严格保真！几乎不拒稿的2区纯生信友好“神刊”+乳酸化修饰，川大华西团队1个月搞定！机器学习+单细胞，专为无法做实验的你！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

快！NHANES数据库这么好用，又刚更新！8.5分文章38天接收！中医科学院团队，0实验，数据还公开，分析小白快来复现！

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

9种机器学习模型飞上《Lancet》大子刊！东南大学团队最新成果，ML结合MIMIC数据库，简直是太赞了！

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

沾边就收的医学1区TOP刊！审稿快，无版面费！华南理工团队“101种机器学习算法+药物筛选”，一发一个准！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

亮瞎审稿人双眼！8种“研究热点”整合，发12分都嫌低！江南大学这篇新作太全面了！MR/NHANES/网药。。。标题都放不下

山东中医药大学到底有谁在啊？！本科生2个月发IF 12.5 SCI，居然只做了MR！复现性很强，值得一看！

我要向全世界安利“GBD数据库”，又登《Lancet》子刊！电子科大团队9.6分新作，0实验超高性价比，赶紧来get！

IF 45.5，不愧是顶刊Cell!樊荣教授团队开发新技术，结合单细胞测序，这篇简直是空间转录组天花板！

堪称“中医药”的天花板！清华大学团队：网络药理学+分子对接+干湿结合，中药复方要这么做！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

31.7分神刊，还卷啥实验！孟德尔随机化的突破口来了！260万的队列数据，震惊全场！这波潮流我跟定了！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

9种机器学习模型斩获《Lancet》大子刊！东南大学团队结合MIMIC数据库，0实验搞定顶刊，简直是太赞了！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

突发！这本水刊之王被踢出SCI了，赶紧撤稿！

低调的一区Top，行业翘楚，无版面费，国人发文近五成！机器学习+新药筛选，创新思路2个月就接收！

这泼天的富贵还是轮到网络毒理学了！西交大附属医院团队发大招：网毒+机器学习联手拿Q1，这波热度一定得蹭上！

单基因分析out了？NoNoNo！文章/标书双赢！安徽医科大这波亮眼操作：机器学习+公共数据挖掘，换个疾病又是一篇~

哦买噶！孟德尔随机化分析这个思路真是太猛了，广州医科大附属医院：一套操作猛如虎，IF 7分SCI拿到手！速来学！

读文献就是学思路！这篇孟德尔随机化文章，看完你能发十篇！福建医科大陈志媛团队1区新作，MR+双疾病分析，选题新才是王道！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

“灌水”神刊，影响因子6连涨！生信发文必备！恭喜扬州大学团队凭借“乳酸化”，3个月拿下！

从实验台到租服务器：师弟的生信逆袭之路

Cell旗下“灌水”神刊偷偷升1区！纯生信友好，想发要趁早！升区后质量大提升，这篇双疾病+单细胞+NHANES，就挺经典！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉