在“杰青”手里，“转录组”都能玩到Cell顶刊！北京大学杜鹏团队力作，单细胞+表观，“测序”不等于没技术！

文摘 2024-11-01 19:02 上海

在武侠世界里，常有绝顶高手用信手拈来“树枝”轻松对抗反派的“神兵利器”！

在科研领域中，“转录组”是近似“树枝”一般的存在，属于入门级的测序手段，大家已经司空见惯，似乎毫无亮点！

而且，也有人顺带着认为，测序是有钱就能做，感觉挺简单、无技术含量（当然，确实存在纯测序水文章的情况，不过一竿子打死所有人也不合适）

那么，生信路今天就给大家介绍一位科研界的绝顶高手，用转录组等组学手段，结合实验，斩获Cell顶刊的故事！

由国家杰青获得者，北京大学杜鹏教授所带领的团队于今年6月在cell上的发文“Capturing Totipotency in Human Cells Through Spliceosome Repression” 。作者将各种测序玩出花（转录组、CHIP-seq、ATAC-seq、单细胞测序），再结合上体外/体内的实验，成功捕获了人全能性状态的细胞--ZGA-like细胞ZLCs（ZGA-like cells）（当然，严格来说，这篇文献不是生信路之前分享的那种“生信挖掘、临床挖掘、MR等”纯分析的文章，而是测序+实验类型，是为了更好的展示高通量测序的魅力）。

杜教授这是典型的精英学霸气质（图片来源百度百科，侵删）

杜鹏教授研究成果卓越，也获得各种重量级title和课题支持：国家杰出青年科学基金，海外高层次人才项目（青年），基金委原创探索计划项目，科技部国家重点研发计划及颠覆性技术创新项目的支持和资助；有对RNA生物学与干细胞生物学相关研究感兴趣的小伙伴，快快联系报考吧！

高通量测序，是原始创新的有力工具！查文献得来的基因，与你的研究主题，总是有千丝万缕的联系，创新性或多或少会受影响。而测序结果里的基因，很多都是0报道。如果对创新依赖性很高，那不妨多考虑下高通量测序以及数据挖掘哦！小伙伴们如果缺乏思路或者相应的分析，那就不要迟疑，滴滴生信路，立即获得性价比极高的个性化思路评估和数据分析服务！

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题目：通过剪接体抑制捕获人类细胞的全能性

杂志：cell

影响因子：45

发表时间：2024年6月20日

公众号后台回复“888"领取文献，文献编号：241101

研究背景

受精卵的分裂产生全能卵裂球。在人类 8 细胞卵裂球中，合子基因组激活 (ZGA) 发生以启动个体发生程序。然而，捕获和维持人类细胞的全能性提出了重大挑战。作者发现剪接抑制可以将人类多能干细胞瞬时重编程为ZGA样细胞（ZLC），随后在长期传代后转变为稳定的hTBLC。

研究结果

1，剪接体抑制将人多能性干细胞重编程为独特的ZGA-like细胞（ZLCs）

作者对人的初始多能干细胞进行了Pladienolide B（剪接体抑制剂）处理48小时后，转录组测序发现与早期胚胎发育的8细胞阶段（8CLC）相关的基因则被激活。降低剪接因子SNRPD2的表达后，证实了剪接抑制对激活ZGA相关基因和抑制干细胞特性基因的有效性。这些经过特殊处理的细胞因其与ZGA时期胚胎的相似性而被命名为ZGA-like细胞（ZLCs）。

转录组测序比较8CLCs与ZLCs的基因表达，结果显示ZLCs具有独特的转录特征。单细胞测序分析表明，ZLCs在基因激活和沉默方面与8细胞期胚胎相似，与hESCs或8CLCs有明显区别。

2，剪接体持续抑制使多能性干细胞转变为ZLC-like的中间状态，进而转变为能够稳定传代的人全能干细胞（hTBLC）

作者使用含低剂量PlaB的MYCP培养基，成功长期培养ZLCs，保持细胞正常特性。P3/P4时，特定ZGA基因短暂激活后沉默，类似8细胞/桑椹胚状态。P10后，转录组测序发现基因表达趋于稳定，这些细胞命名为hTBLCs。

研究者对比了hTBLCs与naïve/primed hESCs、hEPSC和8CLCs的基因表达，发现hTBLCs具有独特的pre-ZGA基因表达模式，激活早期胚胎基因，抑制多能性基因。CHIP-seq和ATAC-seq分析显示hTBLCs的H3K27me3水平低，与早期胚胎一致。增强和减弱的表观遗传信号与2-4细胞期胚胎相似，表明hTBLCs在分子层面与早期胚胎相似。

3，基于hTBLCs的自发分化体系能够模拟人着床前胚胎发育

研究者建立了一种无需外源信号的hTBLCs自发分化系统，将其置于primed hESC培养基中。转录组测序揭示，pre-ZGA基因被抑制，细胞退出该状态。4小时后，特定ZGA基因短暂激活，而8CLC ZGA基因未表达。4至16小时，细胞进入类似ZLC的中间状态，与重编程和高浓度PlaB诱导的ZLCs相似，不同于8CLCs。

文章总结

整篇文章篇幅很大，需要完整内容，请回复关键词获取全文查看。生信路这里摘录了一部分进行展示，基本上多个实验模块内都会有设计高通量测序，特别是转录组测序，甚至每个模块都包含。由此可见，高通量测序实际上是有力的工具，创新性更高！小伙伴们如果缺乏思路或者相应的分析，那就不要迟疑，滴滴生信路，立即获得性价比极高的个性化思路评估和数据分析服务！

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