比利时研究者开发Nova-ST技术实现高分辨率空间转录组学分析
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科技
2024-08-30 10:42
四川
2024年8月6日Cell Reports Methods报道，比利时弗兰德生物技术研究院（VIB）和鲁汶大学（KU）开发出一种名为Nova-ST的空间转录组学技术。该技术有望对大的组织切片实现低成本和高分辨率的空间分析。Nova-ST是一种在Illumina NovaSeq 6000或X流动槽中运行的开源流程。在小鼠大脑切片上的基准测试表明，与现有方法相比，它具有更高的灵敏度和更低的成本。
空间转录组学能够捕获基因表达的空间背景，但现有技术成本高、分辨率有限或兼容性问题限制了其应用。Nova-ST的核心是对Illumina NovaSeq 6000 S4流动槽进行改造，使其表面布满了六边形晶格排列的微小纳米孔，每个纳米孔能够捕获组织样本中特定位置的mRNA分子，达到高的空间分辨率，有望捕获单个细胞的足迹。该平台具有几个关键优势：首先，成本低。利用现有的Illumina流动槽，并采用新颖的芯片切割技术，可以从单个流动槽中制备多块Nova-ST芯片，大大降低成本。其次，致密的图案化表面使得Nova-ST实现了高的空间分辨率，有望捕获单细胞水平的基因表达。第三，Nova-ST方法与多种组织类型兼容，是研究各种生物系统的多功能工具。此外，它还与NovaSeq X系列的流动槽兼容，表明Nova-ST可以从测序技术的不断进步中获益。研究人员指出，Nova-ST是开源的，让更多研究人员可以使用，并允许进一步定制。工作流程对用户友好，适应性强，确保研究人员可以根据具体需求来定制。虽然Nova-ST需要使用Illumina NovaSeq测序仪和一定的设备进行芯片切割，但其易于实施，灵敏度与其他商业化方法相当或更高，并具有成本效益。Nova-ST有望改变多个领域的研究，从癌症生物学到植物生物学。通过该平台的开源，研究人员旨在加强全球科学家的探索和创新能力。编译整理|吴晓燕
本期编辑|刘怡伶
参考文献|Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics![]()
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