虽然相关指导性文件明确了积极退赔属于认罪认罚的重要考虑因素，两者属于包含关系，即认罪认罚包含积极退赔（尽管这种包含不是十分严谨的逻辑关系），但实践中，不少案件依然将认罪认罚与积极退赔作为两项独立的因素考虑。
认罪认罚设立的主要功能是节约诉讼资源，服判息讼，而积极退赔的功能则是维护被害方权益，可在相当程度上帮助被害方解决实际经济困难。认罪认罚与积极退赔在很多案件中会重合，但一旦发生某种功能需要突起和固化时，就可能发生交叉，甚至是独立。
如在有案件中，检察机关迫切需要被告人认罪认罚，就可能以被告人认罪认罚的态度作出量刑建议，而忽视被告人是否作出积极退赔。在商标案件中，也会存在这一情况。
如案刘某来等涉销售假冒注册商标的商品一案，被告人在认罪认罚之外以退赔为由提起上诉，但二审法院向其家属催交退赔款时，被告人家属因客观原因无法交付。二审以上诉人刘玉来虽提出愿意退赔但因实际困难无法实际退赔，不具有其他法定、酌定的从宽处罚情节，故对再予从宽处罚的上诉理由不予采纳。
换言之，如果刘某来能够退赔，则二审法院在原审认罪认罚基础上再作出从宽处罚的裁判的可能性会大大增加。
这种可能性反过来会引发我们进一步检视：
一是原则上退赔应当作为认罪认罚的重要条件，但如果退赔能够进一步解决被害人损失的问题，则依然有必要为退赔功能保留适度空间。特别是一审无能力退赔，二审综合新的情况可能进一步退赔。认罪认罚的功能是节约司法资源、减少职业风险，而退赔是为了挽回被害人的经济损失，两者功能定位不一样，不应完全捆绑；
二是认罪认罚的空间是一个弹性幅度空间，不是一个固定的刑点。如果一审适用认罪认罚但未顶格适用认罪认罚从宽处罚功能的，被告人上诉并以新的情节诉请适用顶格20%从轻处罚，则检察院不应抗诉，人民法院不应取消其认罪认罚资格，从而加重处罚；
三是单位侵犯知识产权犯罪的认罪认罚应当和企业合规建设结合起来。
