一、酵母单杂交自激活
由于酵母单杂交系统的局限性，酵母内源转录因子可能会与诱饵载体的DNA序列结合从而引起自激活现象。如果报告基因的本底表达被放任不管，那么互作验证或筛库就容易出现假阳性。自激活出现并不可怕，随着AbA浓度增加，菌株的本底自激活会逐步被抑制。单杂筛库实验，只有在诱饵自激活（报告基因）被抑制情况下，才能进行。但是互作验证实验对抑制自激活的要求不高，随着抗生素浓度的增加，诱饵菌株生长有被抑制的效果即可。
二、启动子或核心区域
一般情况下，ATG前约2000bp DNA序列为基因的启动子区域，选择启动子序列做酵母单杂，更符合生物学上的真实情况。如果无法抑制启动子全长自激活，可以考虑将启动子截短，使用核心区域，同时尽量避免TATA box，否则易引起较强的自激活现象。如果核心区域序列小于100 bp，串联重复2次作为诱饵DNA，如果超过100 bp，使用1个拷贝即可。
三、顺式作用元件
也可以选择顺式作用元件。顺式作用元件（cis-acting element)是存在于基因旁侧序列中，能影响基因表达的一段DNA序列，其作用是参与调控基因表达；顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子（反式作用因子主要指能结合在基因序列上的特异性蛋白质──转录因子）相互作用才能起作用。顺式作用元件作为诱饵时尽量使用短的顺式作用元件（一般＜20 bp），串联重复2-3次作为诱饵DNA。
总结
首先选择启动子全长，更符合生物学上的真实情况。选择核心区域或顺式作用元件在一定程度上可以避免自激活，缺点是核心元件虽然是启动的核心区域，但是启动子的其他区域也可能是作为辅助元件而存在的，如果缺少这些部分就是非自然条件下的环境，可能产生假阴性。
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完
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