Q&A | 单杂酵母菌p和结果分析

文摘   2024-08-06 20:28   北京  

单杂酵母菌p和结果分析



酵母是一种重要的基因工程宿主菌,但是由于其细胞壁结构复杂牢固,质粒拷贝数低的特点,导致普通菌落PCR鉴定酵母细胞内外源基因的成功率较低。

常见酵母菌P解决方案


1)煮沸冷冻法:优点便宜,缺点成功率低、不稳定;

2)酶解法:优点稳定性好,缺点时间长;

3)碱裂解法:优点便宜,缺点产物对PCR有一定的抑制作用,常出现弥散条带;

4)直扩法:优点方便,缺点依赖于高保真酶,对于模板量要求极高,重复性差;

5)提质粒:优点成功率高,缺点步骤复杂。


推荐使用coolaber的SK2420和SK2422试剂盒,采用了酶解+化学裂解的方法,能有效提高破壁效率。另外,高保真PCR Mix,比普通Mix兼容好,扩增效率高。SK2420酵母阳性克隆快速检测试剂盒,用于酵母杂交筛库的阳性克隆鉴定(AD载体)。SK2422酵母基因组菌落PCR试剂盒,用于Y1HGold-pAbAi系统单杂阳性诱饵菌株鉴定(pAbAi载体)。

酵母杂交筛库的阳性克隆鉴定(AD载体)结果分析


1.筛库得到的条带大小是不固定的,主要与诱饵蛋白、文库物种和建库方案有关,一般情况下,文库片段长度范围:650-3000bp,平均长度>1200bp。

2.有多条电泳条带的单克隆(含有多个质粒的转化子),需要在SD/-Leu/AbA筛选培养基上重复划线培养2-3代,然后通过菌落PCR的方法选出具有单个质粒的克隆。

3.对于较短的条带,可能是引物二聚体或空载载体导致的,可以舍弃。

4.长度完全一致的条带可能是重复的基因,根据测序结果再次判断。


图1 以筛库阳性克隆为模板,采用SK2422扩增片段


单杂阳性诱饵菌株鉴定(pAbAi载体)结果分析

pAbAi载体要整合在Y1HGold的酵母基因组上,所以pAbAi载体转化后通常要做PCR鉴定,以消除假阳性。本公司SK2422采用了独特的引物设计,一个引物在基因组上,一个在载体上,能有效避免假阳性,PCR产物测序可以用pAbAi-FGCTCCTTCCTTCGTTCTTCCTTC。
SK2422进行PCR的结果分析:扩增Y1HGold [pAbAi空载]的长度为1346 bp;阳性对照Y1HGold [p53-AbAi]长度约为1.4 kb;诱饵菌株Y1HGold[pBait-AbAi]长度为1.35 kb+insert size;假阳性Y1HGold(不含载体)无条带。
图2 以Y1HGold单杂诱饵菌株为模板,采用SK2422扩增片段




Coolaber
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