Q&A | 单杂回转验证的两种方法

文摘   2024-07-09 17:04   北京  


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两种方法回转验证


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回转验证应该选择哪种方法?



回转验证是指筛库之后对阳性克隆再次确认,也称作点对点互作验证。


回转验证实验中,AD 载体有两种形式

一是文库质粒。就是从阳性克隆中(筛库得到的)提取出来的AD文库质粒

二是互作基因 CDS 片段重新构建的 AD质粒。就是将上述AD文库质粒进行PCR,在NCBI上比对,将 CDS 片段重新构建 AD质粒。


举例:

以互作基因 CDS 片段重新构建 pGADT7 质粒为例,进行点对点互作验证。将上述 PCR 产物送公司测序,使用 BLAST 序列比对工具在线分析阳性克隆的测序结果,通过 NCBI 在线 Blast 分析互作基因CDS 片段,然后设计引物,以 cDNA 为模板(建库时的 cDNA),PCR 扩增互作基因 CDS 片段(Prey),双酶切重新构建 pGADT7 载体,与 pGBKT7-Bait 共转化 Y2HGold 菌株。然后梯度稀释点接显色平板,进行互作结果分析。


两种AD质粒形式怎么选择:

首选互作基因 CDS 片段重新构建的 AD质粒,因为AD文库质粒携带的互作蛋白是不完整的,而且有移码导致假阳性的可能性。




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