教程 | EGY48-LacZ系统酵母单杂互作验证

文摘   科学   2024-07-23 09:04   北京  

EGY48-LacZ系统酵母单杂

互作验证



酵母单杂互作验证实验常用系统有Y1HGold-pAbAi、Y187-pHis2和EGY48-LexA,每个系统的使用方法有较大差异,本期我们以EGY48-LexA为例进行分析。

根据大量实验经验,Coolaber公司为大家提供一个优化的EGY48-LexA系统酵母单杂互作验方案(货号:YH3010),本方案可分为三个主要步骤:Bait和Prey共转化EGY48,阳性克隆鉴定,互作验证,方案中有较详细的实验流程。此外,本方案还对常见的互作验证结果进行了分析,有需要的读者建议读到最后哦。


产品组成




                  

注:

1. 本试剂盒可用于10对单杂互作验证(质粒除外)。

2. 注意每个成份的保存温度,感受态细胞务必-80℃保存。

3. 0.5 L×2表示:2个包装,每个包装0.5 L;5×1 mL表示:1个包装,含5个1 mL。

4. pLacZi是否酶切线性化之后转入EGY48,根据实际情况而定。


实验方法



一 实验耗材和试剂

本试剂盒提供的产品以产品组成为准,部分试剂和耗材需要自备,也可以在Coolaber公司单独购买。

1. 灭菌的枪头(1000 μL、200 μL、10 μL)、涂布棒或玻璃珠,Φ90 mm培养皿,备用。

2. Carrier DNA在95-100 ℃水浴5 min,后快速冰浴,可再重复一次,备用。

4. 自备0.9%生理盐水,可用ddH2O无菌水代替,备用。

5. 普通平板制备

将1条培养基溶于0.5 L去离子水中,无需调节pH值,高压灭菌(如,115 ℃灭菌20 min)。液体培养基4 ℃冰箱保存;固体培养基,20-25 mL/块倒平板(Φ90 mm),凝固后4 ℃冰箱保存。

6. 显色平板配制

参考YK3010 LacZ基因胞外表达显色试剂盒说明书。


二 菌株使用与保存

1. 挑取甘油保存的对照菌液(10-50 μL)于SD/-Trp/-Ura平板上划线,28-30 ℃培养3-5 d,培养出来的单菌落可直接用于互作验证实验。

2. 挑取上述单菌落于SD/-Trp/-Ura液体培养基中,200 r/min、28-30 ℃振荡培养2 d,OD600应大于1,取1 mL菌液集菌,弃上清,加入0.2 mL 15%甘油,-80 ℃可长期保存。

注:EGY48单杂阳性菌使用SD/-Trp/-Ura培养基培养。



三 实验步骤

EGY48-LacZ系统酵母单杂互作验证实验方案较多,Coolaber公司根据多年经验,给出一个较优方案,首先我们将自激活检测,毒性验证放在互作检测之后(本方案不作分析)。略过载体构建,分为三个步骤:Bait和Prey共转化EGY48,阳性克隆鉴定,互作验证。本方案仅适用于酵母小规模转化,大规模转化,请先做自激活和毒性实验,此外,本方案还对常见的互作验证结果进行了分析。

3.1 Bait和Prey共转化EGY48

AD-Prey、AD-Empty、pBait-LacZi和Empty pLacZi空载(或Mutant Bait pLacZi)测序后,将其大肠杆菌菌液进行扩大培养,然后提取质粒。

1. 取100 µL冰上融化的EGY48感受态细胞(货号:CC302),依次加入预冷的质粒Bait和Prey(各1-2 µg),Carrier DNA 10 µL(95-100 ℃,5 min,快速冰浴,重复一次),PEG/LiAc 500 µL并吸打几次混匀,30 ℃水浴30 min (15 min时翻转6-8次混匀)。

2. 将管放42 ℃水浴15 min (7.5 min时翻转6-8次混匀)。

3. 5000 rpm离心40 s弃上清,ddH2O 400 µL重悬,离心30 s弃上清。

4. ddH2O 50 µL重悬,涂板SD/-Trp/-Ura平板,30 ℃培养3-5 d(同时,将EGY48阳阴性菌株于SD/-Trp/-Ura平板划线活化)。

5. 实验组和对照组的设置参考表1。

表1 共转化的实验组和对照组


注:对照组1*可以更好的体现实验组是否互作。对照组2**诱饵菌株可以是EGY48[Mutant Bait pLacZi]也可以是EGY48[Empty pLacZi],可以避免诱饵序列突变(或无诱饵)的情况下,猎物直接激活报告基因而造成的假阳性,这种假阳性并不多见,可以省略。

3.2 阳性克隆鉴定

此步骤可以省略。详细步骤可参考SK2420酵母阳性克隆快速检测试剂盒,引物可根据实际情况设计。

3.3 互作验证

1. 上述的转化成功之后,每个样品挑取新鲜单菌落(2-3 mm)于1 mL 0.9% NaCl溶液中重悬,OD600调至0.2(也可以用SD/-Trp/-Ura液体培养基培养至OD600=0.2)。

2. 再用0.9% NaCl溶液依次稀释10倍,100倍,1000倍(即OD600=0.2,0.02,0.002,0.0002)。

3. 按照先实验组后对照组的顺序,分别点板10 μL于相应的SD/-Trp/-Ura和SD/-Trp/-Ura/Gal/Raf/X-Gal平板,参考图1。

4. 30 ℃培养2-3 d,观察每组重组酵母在平板上生长状况和颜色深浅,从而确定是否互作。




结果分析


4.1 互作

由图1可知,在SD/-Trp/-Ura平板上,对照组EGY48[Positive LacZi+ Positive AD]和EGY48[Positive LacZi+AD]长势相同。在SD/-Trp/-Ura/Gal/Raf/X-Gal平板上,EGY48[Positive LacZi+ Positive AD]长势明显优于EGY48[Positive LacZi+AD],且显蓝色,所以Positive LacZi与Positive AD具有互作。同理,Bait1和Prey1也有互作。

4.2 无互作

由图1可知,EGY48[pBait2-LacZi+AD-Prey2] /EGY48[pBait2-LacZi+AD]和EGY48[pBait3-LacZi+AD-Prey3] /EGY48[pBait3-LacZi+AD]在所有的SD平板上,长势都相同,所以Bait3与Prey3无互作,Bait2与Prey2无互作。

4.3 Prey蛋白有毒性

由图1可知,在SD/-Trp/-Ura平板上,EGY48[pBait4-LacZi+AD-Prey4]长势弱于对照组EGY48[pBait4-LacZi+AD],可能是Prey蛋白有毒性导致;但是在SD/-Trp/-Ura/Gal/Raf/X-Gal平板上,EGY48[pBait4-LacZi+AD-Prey4]长势优于EGY48[pBait4-LacZi+AD],且显蓝色,所以Bait4与Prey4有互作。

注:酵母杂交互作验证实验,不适于毒性很强的Prey蛋白。

4.4 Bait有自激活

EGY48[pBait2-LacZi+AD-Prey2]和EGY48[pBait2-LacZi+AD]在所有的在SD平板上长势均相同,且能够显蓝色,所以Prey2具有较强的自激活。EGY48[pBait5-LacZi+AD-Prey5]和EGY48[pBait5-LacZi+AD]在SD/-Trp/-Ura平板上长势相同,在SD/-Trp/-Ura/Gal/Raf/X-Gal平板上,实验组组较对照组的颜色更深,所以Bait5和Prey5有互作,虽然Bait5也有一定的自激活。解决自激活更多问题解答可参考官网:酵母杂交实验常见问题——单杂知识及自激活检测篇。




图1 点板互作验证结果示意图



总结


本方案结合LacZ基因胞外表达显色试剂盒进行互作验证,采用稀释点板的方法,与涂板的方法相比,更能直观的体现出DNA和蛋白的互作,还能减少培养基的使用。在酵母单杂实验中,如果Bait有较强的自激活现象,我们更推荐Y1HGold-pAbAi系统,Y1HGold报告基因为AbAr,不仅可以很好的抑制诱饵自激活,而且能大大降低酵母单杂假阳性的概率。更多问题解答,可联系Coolaber公司:

电话:400-878-6800

邮箱:Coolaber@126.com。


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