昨天“NGS自动建库仪交流基地”有个伙伴请教一个问题,大佬们的回复又特别精彩,再写篇文章记录:
问题:有个全血提取的DNA样本(冻存),qubit定量结果:123ng/ul,nanodrop定量没有吸光度,像这种是什么原因,是什么物质影响的。NanoDrop One 分光光度计在检测时如果显示不成液柱,电泳条带挺好,另外这个样本洗脱之后,相对其它样本有些发黄。
大佬1回答:
1.如果你用的常规的Qubit试剂,这个结果可能超出你试剂的标曲范围了,建议稀释后重测;
2.测Nanodrop时,从侧面看一下液柱是否正常,点样的时候注意溶液是否容易粘吸头,液体表面张力是否正常;
3.对照电泳结果,通常带电泳有条带,那在260nm就一定是有吸光度的。
个别有问题的样本可以用柱法重提一下,这个通常会比磁珠法的纯度好一些,这样可以解决样本后续应用的问题。如果你还想确认为什么出现这种情况,还需要这个血样,再做一遍磁珠法。
提问老师:从原理上看,没有吸光度还是表面张力的原因,估计还是有试剂残留。赞同重新提取试下。
大佬1继续回答:
测OD时用TE做空白,不管是溶解了DNA、RNA、蛋白,在检测时都会引起吸光度的增加,(本身OD检测也是用的这个原理),但是,偶发情况是试剂残留可能引起某些波长区间的吸光度变弱(光透过增强了),这种情况也就是在230nm区间遇到过。要是“试剂残留”引起260nm区间的透光性增强,这个确实没有遇到过,还是考虑检测时液柱的问题。磁珠纯化后再做一次OD检测,看看是否有改善,期待您的结果。
残留的不一定是试剂,也可能是未消化完的蛋白,糖分子也可能,如果采样前吃过肥肉,血脂也会比较高,也可能残留脂肪,这些都是造成血液细微差异的变动因素。
大佬2回答:没有形成液柱,就是光直接从空气透过去了,所以没有吸光度,甚至是负值。至于为什么没有形成液柱,那就是个物理问题了,可能情况包括乙醇残留,因为乙醇挥发性强,导致表面张力下降,另外有可能是样本的多糖或者脂肪残留。结合说的样本发黄,那要不就是三高要不就是溶血。