霜降已过， 天气越来越凉，奔波于临床与科研的“”打工人“可要注意保暖哦！除了身体康健，胡哥还关心各位科研人的临床科研进展，2024还有60余天，你的科研工作还顺利吗？努把力，年前发篇一区SCI还是有希望的~今天，胡哥分享一篇耗时3个多月发10分+SCI的文章，一起看看如何做到的~
1. 该研究利用孟德尔随机化（MR）方法探索了基因表达、代谢物水平与心血管风险之间的因果关系。无需原始数据、0实验、发文快、性价比高，对于临床科研人真真友好！别再犹豫啦，趁早上车，抢占新颖思路~
2. 该研究整合了基因组学、转录组学和代谢组学数据，通过多组学方法来探索遗传变异与代谢物水平之间的联系。联合思路已成MR发文趋势，在随着MR主题研究的暴增，卷已成必然！
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题目：多组学整合分析识别介导新型免疫基因和心血管风险之间的致动脉粥样硬化代谢物
杂志：Genome Medicine
影响因子：10.4
发表时间：2024年10月
公众号后台回复“666”领取原文PDF，文献编号：20241031
研究背景
了解遗传代谢物关联对于指导心血管风险评估具有转化意义。研究功能性遗传变异有助于我们理解疾病的发病机制，以及开发和优化针对性干预措施。
数据来源
研究参与者来自GCAT| Genome for Life队列；血浆代谢物水平和心血管结局的GWAS汇总统计数据来自既往研究
研究思路
首先，在GCAT| Genomics for Life队列的4974名欧洲血统个体中分析了总共187种独特的血浆代谢物水平和3种代谢物比率（包括脂质颗粒、氨基酸和脂肪酸），并生成了相应的GWAS结果。然后，生成了GWAS荟萃分析，包括我们的研究和公开可用的数据集，并将这些结果与基因表达参考面板整合。在三个大型欧洲研究中，评估了确定的精细定位基因对心血管疾病的影响。最后，通过MR中介分析探讨基因表达、代谢物水平与心血管风险之间的因果中介关系。
主要结果
1. 基因与代谢物关联分析
通过分析GCATcore患者的代谢物血液水平，得到187种代谢物和3种比率的最终数据集。通过GWAS和meta分析，共鉴定出44个遗传位点与124种代谢物相关，涉及350个独立的位点-代谢物关联，鉴定出165个主要单核苷酸多态性（SNPs）（图1）。
图1 190种代谢物的全基因组相关变异
2. 全转录组关联分析（TWAS）
通过TWAS荟萃分析鉴定了2537个基因表达-代谢物关联，而在组织类别的荟萃分析中鉴定了另外1807个基因表达-代谢物关联；通过精细定位FOCUS方法验证了53个基因与108种代谢物相关，其中包括196个基因表达与代谢物相关（图2）。
图2 190种代谢物的全转录关联基因
通过DisGeNET平台测试53个精细定位基因的基因集富集与疾病类别的相关性，发现15个基因的表达与心血管结果相关，其中6个基因（PCSK9, CELSR2, PSRC1, APOB, HCG27, LPL）在至少两个数据集中的预测表达也与心血管结局相关（图3）。
图3 心血管结局的全转录关联基因
3. MR分析
通过对6个基因（PCSK9, CELSR2, PSRC1, APOB, HCG27, LPL）进行了MR中介分析显示，以推断基因表达、代谢物水平和心血管风险之间的关系。将基因表达对CAD风险的总效应分解为代谢物介导效应和非介导效应，发现对于基因APOB、HCG27和LPL，代谢物介导的效应显著；对于基因PCSK9和CELSR2，代谢物介导的效应显著；基因PSRC1表现出相反的中介效应和非中介效应，导致基因表达对CAD风险的保护作用（图4）。。
图4 6个基因、代谢物水平与心血管风险之间的MR中介分析
文章小结
该研究提供了53个候选基因表达与代谢物水平相关的证据，其中6个基因的表达与心血管风险表型稳健相关，在具有高免疫成分的免疫细胞和组织中表现出更强的相关性，包括新的基因调控靶点HCG27。此外，通过分析代谢产物水平介导和非介导的基因表达对心血管风险的影响，结果提示了新的潜在基因药物靶点，可通过改变致动脉粥样硬化性血液代谢物水平来降低心血管结局的风险。靠分析公共数据，发文一区SCI！这种省钱省心的发文思路你心动了吗？想在临床方向发高分文章，可以试试！若在思路设计和生信分析中遇到困难，不妨找胡哥聊聊~
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