乳腺癌早筛，RNA检测是热点？
创业
2024-11-25 10:19
浙江
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纽约——英国初创公司Wobble Genomics正瞄准乳腺癌早期检测市场，其技术使其能够捕获罕见的低丰度RNA转录物。这家总部位于爱丁堡的公司，上个月从隐形模式中脱颖而出，正在开发一个使用其发现的预测性RNA生物标志物的乳腺癌诊断平台。该公司还建立了一个新的全长转录本数据库，该公司认为这有助于获得癌症疾病监测、治疗计划和药物开发的生物学见解。Wobble Genomics的联合创始人兼首席执行官Richard Kuo表示，该公司的核心技术包括levelup，一种将样品中低丰度RNA分子标准化的方法，以及转录组注释模块化算法（TAMA），一种生物信息学管道，用于识别新的或低水平的RNA信号。Kuo在爱丁堡大学读博士时开发了这两种方法。Kuo说，levelup是一个多步骤的热循环工作流程，旨在解决RNA测序的一个“基本问题”——来自稀有RNA分子的信号，可能具有重要的生物学意义，经常被高度丰富的RNA淹没，这些RNA通常由管家基因表达。Level-Up协议与任何逆转录后的RNA样品兼容。该方法包括加热cDNA文库使分子变性，然后“以正确的方式”冷却样品，使部分cDNA恢复为双链分子，郭说。因为高丰度的cDNA链更有可能在这个过程中找到互补链，低丰度的cDNA往往保持单链。郭说，他设计了一种方法，可以选择性地扩增单链cDNA，增加低丰度分子的存在。Kuo说，与常用的基于耗尽的归一化方法相比，levelup的一个优点是该方法不需要事先了解RNA样品的序列组成。因此，levelup有助于保护来自所有RNA分子的信号，并避免潜在的脱靶效应。郭以一项正在申请中的专利为由，拒绝进一步评论levelup的技术细节，只是指出该方法“在生化动力学上起作用”。该公司通常使用约200ng的cDNA作为升级的起始材料，但郭说，输入量可以降至20ng，“可能更低”。Kuo说，一旦标准化，cDNA文库就可以在任何平台上进行测序，并补充说，Wobble Genomics一直在使用纳米孔测序，因为它易于使用，并且可以进行全长cDNA分析。测序后，数据可以通过TAMA进行处理，TAMA可以分析低丰度RNA转录物变体，用于生物标志物的发现和诊断应用。TAMA的早期版本是他在博士期间开发的，目前仍然是开源的，可以在GitHub上找到。Kuo说：“通过将levelup与TAMA软件包相结合，我们创建了这个全新的诊断平台，使我们能够采集全血样本，然后表征所有全长RNA，然后使用该信号来反卷积疾病和健康状态。”Kuo指出，Wobble Genomics目前没有将levelup和TAMA作为基础研究工具商业化的计划。相反，该公司只计划在临床上使用它们。其中一个应用是乳腺癌的早期检测，郭说。Wobble Genomics一直在与爱丁堡大学（University of Edinburgh）教授兼外科顾问迈克•迪克森（Mike Dixon）合作进行一项临床研究，以展示其技术的临床实用性。这项研究包括对101名乳腺癌患者和101名年龄匹配的对照组的液体活检样本进行全长RNA测序。上个月，在旧金山举行的早期癌症检测会议（EDCC）上，该公司在一张海报上展示了研究结果。该公司表示，他们能够平均识别每位患者超过60万个RNA转录本，“其中大多数转录本是第一次看到。”该公司指出，其中一部分可以作为潜在的生物标志物，“为早期癌症诊断提供更高的准确性”。郭说，沃布尔基因组公司也将从明年开始进行一项多地点癌症研究，分析来自英国多个NHS站点的样本。除了乳腺癌，该公司还计划在未来研究其他类型癌症的RNA生物标志物。据郭说，Wobble Genomics于2021年夏天从爱丁堡大学的罗斯林研究所（Roslin Institute）分拆出来，目前只有不到20名全职员工。在成立之初，该公司从Eos Advisory、IQ Capital和Old College Capital获得了220万英镑（270万美元）的种子资金，此外还从Innovate UK和Scottish Enterprise获得了40多万英镑的资助。Kuo指出，最初，Wobble Genomics从爱丁堡大学获得了levelup的独家许可，但现在它完全拥有这项技术的知识产权。2023年12月，Wobble Genomics完成了另一轮850万英镑的融资，由Mercia Ventures和BGF领投。郭说，该公司正在利用这笔资金继续开发其乳腺癌诊断平台，并补充说明年可能会筹集更多资金。Kuo说，除了展示其诊断平台的临床效用外，Wobble Genomics还在努力建立一个基于其临床研究的新转录本数据库，以帮助发现更多用于疾病治疗和药物发现的生物学见解。郭说：“我们基本上是说，我们可以获得以前没有人真正见过的信息，我们希望与不同领域的专家合作，真正调查和理解我们产生的这些数据的价值。”声明：本微信注明来源的稿件均为转载，仅用于分享，不代表平台立场，如涉及版权等问题，请尽快联系我们，我们第一时间更正，谢谢！
