金正大中改巩州为巩昌府，治所在陇西（今甘肃省陇西县），辖境相当今甘肃陇西、通渭、漳县、武山、定西等县地。
元至元十八年（1281），置巩昌总帅府，属陕西行中书省。元初于巩昌府设置巩昌路便宜都总帅府，辖巩昌、平凉、临洮、庆阳、隆庆5府，秦、陇、宁、定西、镇原、阶、成、西和、兰、会、环、金、德顺、徽、金洋、安西、河、洮、岷、利、巴、沔、褒、龙、泾、邠、大安27州。至元五年（1268）安西州往属脱思麻路，六年河州往隶吐蕃宣慰司，七年并洮州入安西州，八年岷州往属脱思麻路，十三年改为巩昌路总管府，十四年复行便宜都总帅府事，其年分出隆庆府及利、巴、褒、沔、龙、大安等州设立广元路，二十一年邠、泾2州往属陕西汉中道宣慰司，总帅府统4府、15州。蒙哥壬子年（1252）有户45135，人口369272。
巩昌府 治所设在陇西、领5县。
陇西县 今甘肃省陇西县。
宁远县 今甘肃省武山县。
通渭县 今甘肃省通渭县。
伏羌县 今甘肃省甘谷县。
鄣县 今甘肃省漳县西南。
平凉府 治所设在平凉，领3县。
平凉县 今甘肃省平凉市。
华亭县 今甘肃省华亭县。
崇信县 今甘肃省崇信县。
临洮府 治所设在狄道，领2县。
狄道县 今甘肃省临洮县。
渭源县 今甘肃省渭源县。
庆阳府金故府，属庆原路，元初改属巩昌总帅府。至元七年（1270）将安化、彭原2县撤销，辖地由府直辖。府直辖区约为今甘肃省庆阳、华池2县地及陕西省定边、吴旗2县地。府领1县。
合水县 今甘肃省合水县合水旧城。
陇州，治所设在汧源，领2县。
汧源县 ，元至元七年（1270）将陇安、吴山2县废入，延祐四年（1317）撤销县制，辖地由州直辖。辖区约为今陇县地及宝鸡县桥镇和龟川以西以北地区。
汧阳县，金故县。辖区约为今千阳县地。
宁州 今甘肃省宁县。州领1县。
真宁县 故址在今甘肃省正宁县罗川镇。
秦州 治所设在成纪，领3县。
成纪县 今甘肃省天水市秦城区。
清水县 今甘肃省清水县。
秦安县 今甘肃省秦安县。
定西州 故址在今甘肃省定西县南。
镇原州 今甘肃省镇原县。
西和州 故址在今甘肃省西和县西南。
环州 今甘肃省环县。
金州 今甘肃省榆中县。
静宁州 今甘肃省静宁县。州领1县。
隆德县 今宁夏回族自治区隆德县。
兰州 今甘肃省兰州市。
会州 今甘肃省会宁县。
徽州 今甘肃省徽县。州领1县。
两当县 今甘肃省两当县。
阶州 故址在今甘肃省武都县西北白龙江北岸。
成州 今甘肃省成县。
金洋州 寄附成州界。
明洪武二年（1369），巩昌府直隶陕西行中书省。
明洪武九年（1376），改行中书省为布政使司，统各府州县，废甘肃行中书省。巩昌府属陕西布政使司。
巩昌府辖陇西、安定、会宁、通渭、漳县、宁远、伏羌、西和、成县、秦州、秦安、水、礼县、阶州、文县、徽州、两当等十余州县。
《巩昌府新志》记载：“明时，陇右地区设4府，巩昌府最大，管秦、徽、阶三州、14县以及岷州卫、洮州卫、靖远卫、西固所，辖区相当于今天水、定西、陇南、白银和甘南的大部。清朝因之。”
清圣祖康熙年间分陕西为左、右布政使司。巩昌府属陕西右布政使司，并为治所。
清代，巩昌府治陇西（今甘肃省陇西县）。清乾隆时期，陇西商业及商品市场空前活跃，巩昌府城是当时陇右繁华的大城市。
来源:甘肃志
