在成都平原发现与三星堆文化有密切关系的遗址有两个，一个是已公开的考古成果新津“宝墩遗址”，另一个是还没有完全公开的考古成果“什邡桂圆桥遗址”。新津宝墩遗址出土的陶器群与三星堆遗址出土的陶器群是一致的，可以说同属一个文化，因此有学者认为宝墩文化就是三星堆文化的前身，但是新津宝墩的最早年代距今4500年，而三星堆文化最早的年代为4800年，也就是说三星堆文化的年代比宝墩文化还要早300年。因此三星堆文化的来源得另寻出路。2009年的夏秋，四川省文物考古研究院在成都平原的什邡市发现了“桂圆桥遗址”，经过发掘，发现出土的器物中，相当一部分文物与三星堆文化一期出土的器物一致（距今4800年至4100年左右），有些器物早于三星堆文化一期，其年代为距今5100至4600年左右。经过来自全国的专家学者共同研究认定，确认它是成都平原的一种新文化，并命名为“桂圆桥文化”，基本确认桂圆桥文化就是三星堆文化的前身，补上了三星堆文化一期的来源。三星堆文化经过新石器时代晚期的发展，至公元前二十一世纪，修建了城郭，建立了古蜀王国，从三星堆遗址发掘的地层迭压关系来看，三星堆古蜀王国在此地延续了两千多年而不间断，也就是说蜀历经了相当于中原王朝的夏、商、周、春秋战国之时。直至公元前316年秦灭蜀，此时蜀国不存，但古蜀文化仍在，古蜀文化的真正消失，是在汉代。东汉时期墓葬里面出土的千姿百态的陶俑，尤其是“说唱俑”和“摇钱树”都体现了古蜀文化的雕塑艺术的传统是一脉相承。目前已经公布了四川成都高山城遗址的DNA数据，高山城遗址属于宝墩文化，曾经发现国内较早的象牙器，宝墩文化在网络上有个更为熟知的名称，就是大名鼎鼎的三星堆文化一期和三星堆文化二期。高山城遗址数据（三星堆文化一期、二期）共有五个古人个体DNA被成功提取，其中CDG2M86和CDG2M87两个古人距今4500-4200年，属于三星堆一期文化，CDG2M56、CDG2M60、CDG2M7三个古人样本，距今3850-3720年，属于三星堆二期文化。
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父系O-Z25915是O-F8下的一个重要分支，隶属于仰韶文化。目前在中国男性中约占 1.95%。在该类型下游出现连续多次分化，其下游形成了 O-CTS5308、O-Z25928、O-Z25930 等多个新石器时代中晚期爆发支系。该支系是藏缅族群奠基父系之一。
父系D-Z31591隶属于马家窑文化，共同祖先可能是新石器时代的一位男性，可能与氐、羌等民族有关。该类型人群约占全国男性人口的 0.51%，分布范围较广泛。在青海民和县喇家遗址古人骨DNA中有测到该遗传标记。该支系同样是藏缅族群奠基父系之一。母系M9a1a隶属于仰韶文化，在石峁遗址、仰韶遗址都测到过，如今大量分布在汉族和藏族当中。经过对比了89处中国和世界各地古人类DNA数据，认为在8400-4000年前的中国西南地区，生活的古代人类属于和平文化相关人群，从8335–6400年前的广西宝剑山遗址古人DNA可知，这一时期，这些和平文化的古人成分较为单一，没有明显的外部成分融入。和平文化是一支古老的石器狩猎文化，没有农业，以狩猎为生，因为最初发现于越南和平省而命名，这一个古老人群曾经遍布东南亚地区，古老的和平文化狩猎人群其父系类型为D（马来西亚）和C（老挝）。进入到距今4000多年前的新石器时代后，农业人口从华北黄河流域进入四川盆地，为中国西南地区带来了新的人类基因和语言（汉藏语），这一新到人群的类型就是后来三星堆文化人群的主体，黄河流域人群的主要父系类型有O2-F8、N-M1819、D-Z31591等等。高山城遗址其Y类型与黄河流域古人群基本一致。高山城遗址（三星堆文化一期、二期）古人，其成分是由89.1~95.1%的从黄河流域迁徙而来的农业古人和4.9~10.9%的西南土著和平文化狩猎古人混合而成，这就是三星堆文化古蜀人的最初来源。和东南亚、黄河流域的古人DNA对比，距今4500-3700年前的高山城古人（三星堆文化一期、二期）的全染色体基因谱系中，没有发现中国境外其他古人的基因来源，三星堆居民应当就是中国的土生居民。此外云南大理州海门口遗址，这是一个距今3200-2900年前的古代青铜文化早期的遗址，遗址中农业和畜牧业并存，经过DNA分析，其人口也是外来的黄河流域古人与当地石器狩猎人群融合而成，但黄河流域古人基因占据绝对主体（88.7%）。该遗址成功提取到的一名男性Y遗传标记是O-F46仰韶文化人群下游O-MF84329。中国西南地区，古代农业文化的诞生，是通过外来人群的融入带来的，而不是当地土著狩猎人群发展出的农业，这种农业的扩散，伴随着人口的迁徙。从语言学的角度看，四川成都高山城遗址和云南大理海门口遗址，都是古代黄河流域古人南下与当地土著人融合而成，这些地区至今仍然居住着与华北人群密切相关的汉藏语人群，与2018-2019年间根据现代DNA研究，认为汉藏语是从黄河中游区域扩散而来的观点吻合，这一过程再次论证了汉藏语系发展的历史过程。1：《Ancient genomes reveal coexistence of demic and cultural diffusion in the development of Neolithic mixed millet and rice farming in southwest China》2：《Ancient Genomics Reveals Four Prehistoric Migration Waves into Southeast Asia》
