说到“冲突”，人们首先想到的往往是国家之间的冲突，而忽视了另外一种冲突，即政治与经济之间的冲突，确切地说，是“政治”对“经济”的阻碍。那么为什么会出现这种情况，我们将说明这源于经验主义的认识论，它指向整体主义。经验主义首先导致不同“学科”的人为分割，比如“政治问题”与“经济问题”被视为两个独立的问题，进而导致“政治”与“经济”之间的冲突。
经验主义方法导致学科的人为割裂，因为它关注的是人的行动的具体结果（即历史经验），而忽视了人的行动本身。比如，经济学被视为一门专门有关“财富问题”的学问，政治学被认为是专门有关“政府如何治理社会”的学问，伦理学被认为是有关“道德”问题的学问等等。
还比如儒家，道家与法家，东方与西方等等，也都是基于经验（人的行动的具体内容）的区分。类似儒家，道家与法家，东方与西方等等这样的概念，属于历史方法中常用的“理想类型”，即对具体的、某种类型的行动的概括，它也是“整体主义”概念。基于“理想类型”的探讨，其实只是一些“意见”或“理解”，而不是真知本身，把它作为一种“学问”或许是可以接受的（这也只能算是一种“历史”意义上的学问），但是，绝不能把它作为理解世界的出发点。理解世界的出发点，应该是有目的的人的行动，而不能是“理想类型”。从有目的人的行动出发来理解世界的方法，我们称之为方法论个体主义。
假如我们从方法论个体主义出发来理解社会，那么我们认识到人类社会是一个整体，表现为合作秩序，这时将不存在“国家”与“国家”的冲突，也不存在“政治”与“经济”的冲突。相反，假如从“理想类型”出发来理解社会，那就会导致各种冲突的发生，因为它把人类社会被分割成一个个不同的“理想类型”，比如东方与西方，不同的宗教，不同的文化等等，亨廷顿正是基于这一点来讨论“文明的冲突”的。
这种“分类”产生了不幸的后果。因为在这种情况下，“政治”被视为一个与“政治活动”相关的问题，因此“政治”可以有自己目标与理论，采取自己独特的解决方案；同样，“经济”被视为一个“经济活动”相关的问题，也可以有自己的目标与理论，采取自己独特的解决方案。这时，解决“政治问题”的方案，极有可能会与解决“经济问题”的方案发生冲突。事实上，当研究者把有关国家相关的目的（如统一、统治）视为“政治”问题，而把“经济活动”相关的目的视为“经济”问题时，往往会导致“政治”目的优先于“经济”目的，即“经济”的目标屈从于“政治”目的，因为“政治”往往被视为一个更为重要的“目的”，这也导致“政治”阻碍了“经济”的发展。只有从方法论个体主义出发，我们才能认识到社会是一个整体，并不存在单独的政治问题或经济问题。无论是政治还是经济，都只是人的具体行为的表现，因此也都要服从于使自发秩序得以可能的原理。
假如我们“正确地”把“经济”理解为“自发秩序”的实现，那么“政治”就应该服从于“经济”，而不是让“经济”服从于“政治”。“政治”之所以处于高于“经济”的地位，是因为“经济”只是被视为有关物质财富的生产问题的学问，而“政治”则是被视为有关国家或社会的稳定问题的学问，因此，“政治”就被看得比“经济”更为重要，解决“经济问题”的手段将服从于解决“政治”问题的手段。
假如立足于方法论个体主义，那么我们就会意识到这样的冲突并不存在，因为首先“政治”与“经济”的这种人为分割就完全是错误的，这是从 “理想类型”这个整体概念来理解社会，从而也把基于个体的、有目的的人的行动的一般性理论排除在外。它使那些与自发秩序的要求相背离的目的被贴上“政治”的标签，并使之具有高于“经济”的地位。
很多人对经济学的理解仍然停留在斯密对经济学的理解上，即把经济学理解为有关“财富”问题的学问，而没有把经济学理解为有关人类合作秩序的一般性科学，这当然也与他们所使用的是“经验主义”方法有关。如上所述，当他们把经济学被视为有关财富问题的学问时，就不可能认识到社会科学内在的统一性，就会认为政治与经济之间是各自独立的，各自有各自的目的与理论等等。正是这种违反方法论个体主义的思维，导致政治与经济的冲突。
