音乐的新功能——合成蛋白质!

文摘   科学   2024-06-14 15:42   四川  


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音乐︱图片来源:图虫创意



撰文︱王帅佳  电子科技大学英才实验学院

编辑 | 郑章翰



导读

最近的一项新研究表明,音乐不仅仅是一种雅俗共赏的艺术形式,还能用来生成具有生物活性的蛋白质。这项研究通过一系列算法,根据乐谱中音符找到对应的氨基酸残基,之后将生成的初级氨基酸序列导入计算机软件进行一系列处理生成蛋白质的高级结构,从而实现了从音乐到蛋白质的转换。


音乐是人类的语言,它超越了国界和文化的限制,让我们能够感受到彼此的情感和灵魂。在音乐的世界里,每个音符都是情感的流露,或欢快、或悲伤、或宁静、或激昂,它们共同构筑了音乐的魅力。音乐也有着广泛的应用,比如教育、娱乐、心理治疗等。但是,恐怕没人会想到音乐居然还与蛋白质的合成有关。

这篇发表于《生物医学中的计算机方法与程序》(Computer Methods and Programs in Biomedicine)期刊中的论文显示,我们可以通过一段音乐的时间序列来建构对应空间结构的蛋白质。



对音乐和蛋白质进行特征化


要想得到一段音乐对应的蛋白质,研究人员首先需要找到一种科学的方法来提取音乐对应的特征。

在现代社会,音乐主要以乐谱为载体来实现记录与传播。乐谱最主要的组成元素就是音符。音符有两个基本特征——音高和时值。音高由每个音符在五线谱中的相对位置决定,每一个位置对应着不同的频率。时值则指的是每个音符对应的演奏时长,它由音符的类型决定。

利用音符的这两个特征,研究人员将每个音符映射到二维坐标系中的一个点,从而有效提取一段音乐的特征。

不同类型音符对应的时值 | 图片来源:论文


在将音乐特征化以后,为了找到对应的蛋白质,研究人员也需要对蛋白质进行类似的特征提取。然而,要想找到一种直接对蛋白质特征进行提取的方法十分困难。
为了解决这一问题,研究人员决定从蛋白质的低级结构——氨基酸入手。通过DPPS(分理化性质得分)对每个氨基酸残基进行描述。由于DPPS的描述符有十个,所以每个氨基酸残基可以映射到十维空间的一个点,从而实现对氨基酸残基的特征提取。
有了氨基酸的特征,研究人员便可将其与先前提取出的音乐特征进行比对,从而得到音符与氨基酸的对应关系,通过进一步计算找到对应的蛋白质。


音乐蛋白质的生成


在得到音乐和蛋白质的特征后,研究人员使用SA(模拟退火算法)来迭代生成与一段音乐最匹配的MP(音乐蛋白质)。

首先生成一个n个氨基酸长的随机蛋白质来开始SA迭代。之后将该蛋白质在十维空间中用DPPS描述符进行表征,用MDS(多维缩放)方法投影到二维坐标中,接着将其与目标音乐进行相似度S的计算。随后对该蛋白质序列进行突变率的随机多点突变,产生其突变体,并重新计算该突变体与目标音乐的相似性S‘。
如果突变使蛋白质与目标音乐更相似,则接受突变体。如果拒绝N个连续突变或达到最大迭代,则终止SA运行;否则,返回蛋白质(在不可接受条件下)或其突变体(在可接受条件下)开始下一个迭代周期。经过一定次数的迭代之后,便可找到对应的MP。


SA算法流程图 | 图片来源:论文

结果检验


研究人员选取了肖邦的A小调华尔兹进行结果检验。在经历了特征化与SA迭代等步骤后成功从20的61次方种理论上可能的蛋白质中找到了对应的具有高级空间结构的MP。


寻找A小调华尔兹对应的蛋白质 | 图片来源:论文


这项工作可能有利于许多方面。例如,它将为听力受损者打开一门在生物视觉中“听”音乐的门,并可能是通过使用听觉特征让学生在早期接触分子生物学的一种手段。从音乐向蛋白质的转化还将有助于合理设计具有生物学和药用意义的蛋白质。


参考文献:

Jun Su&Peng Zhou.(2024).Musical protein: Mapping the time sequence of music onto the spatial architecture of proteins.Computer Methods and Programs in Biomedicine.252,30-39



责任编辑:蒋雅芳 刘彦池

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