药渡cyber解析辉瑞开发的DGAT2抑制剂Ervogastat的发现和优化过程

文摘   2023-11-28 12:02   北京  


DGAT2抑制剂PF-06427878经CYP450氧化代谢为活性醌潜在安全风险。辉瑞研究人员以吡啶替换不稳定吡咯烷环规避之,并再次调整酰胺基团改善代谢稳定性得Ervogastat(PF-06865571)。目前Ervogastat已进入II期临床试验阶段,用于治疗伴有肝纤维化的非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。本文旨在梳理设计策略和优化路线,为类似项目开发提供宝贵经验。

Fig1. Ervogastat的优化过程

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)包含一系列肝脏疾病,主要特征是肝脏甘油三酯(TG)积累。单纯性脂肪变性为良性或无症状阶段,但进展为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)可能导致肝损伤、炎症和纤维化,部分患者最终发展为肝硬化和肝细胞癌。

肝脂肪升高者肝脏新生脂肪生成(DNL)发生率增加3倍。二酰基甘油酰基转移酶(DGAT)是催化脂肪酸与二酰基甘油(DAG)结合生成TG的关键酶。哺乳动物DGTA2在肝脏高表达,特异催化DNL的脂肪酸酯化。在动物模型中,阻断肝脏DGAT2可降低肝脏DAG和TG水平,减少肝细胞脂质负担并减少极低密度脂蛋白三酸甘油酯(VLDL-TG)分泌,下调多个与脂肪生成有关的蛋白质基因表达。

辉瑞、礼来、默克同步进入该领域。联合使用DGAT2 ASO DGAT2-Rx和PF-06427878,在短短两周治疗中,肝脏脂肪显著减少。然而,PF-06427878的临床代谢存在儿茶酚代谢物风险,抵消了其潜在的治疗益处。

近日JMC报道了Ervogastat(PF-06865571)针对PF-06427878代谢风险的解决方案,该药物目前正在进行治疗NAFLD/NASH的II临床试验评估。

设计优化过程梳理如下:






先导化合物来源

PF-06427878中的羧基为肝脏有机阴离子转运体(OATP)1B1/1B3的关键识别元件,通过转运体介导,赋予肝脏优先组织分布。

为了降低化合物的毒性,降低化合物的临床剂量,期待高渗透的中性DGAT2抑制剂可以实现这一目的。化合物1是早期研究工作中典型的中性模拟物,药效相较PF-06427878提升10倍,被动渗透率提高,但表观清除率需要优化。






提高代谢稳定性

基于代谢物鉴定工作,主要代谢途径为O-去芳基化。期待通过替换代谢软点和/或调节代谢位点电负性,改善表观清除率;一旦代谢稳定性和生化风险消除,以酰胺修饰平衡ADME。
策略一:用吡啶环替换哌啶环以减少氧化代谢,消除在PF-06427878中观察到的O-去芳基化;
策略二:据机制分析,吡啶环替换隐藏的富电子邻苯二酚以减少CYP催化的芳香环氧化(图1B)。
这些结构改变会降低Fsp3,降低整体疏水性,带来药理学混杂性(pharmacological promiscuity)和水溶度问题,给药效带来挑战。

表1显示策略一的修饰尽管亲脂性降低了1个对数单位,但不足以改善代谢稳定性,进一步使用策略二,同时改善了代谢稳定性和药效。其他吡啶异构体活性显著下降(数据未显示),意味着化合物3中吡啶环可能有助于DGAT2结合位点内特定的蛋白质-配体相互作用。化合物3表观清除率降低,活性与化合物1相当,物理化学性质良好(MW409,logD2,TPSA119),进一步评估其成药性。






化合物3的成药性评估

  1. 化合物3与PF-06427878选择性一致,对酰基转移酶(小鼠MGAT1、人MGAT2、MGAT3和DGAT1)具有高选择性。
  2. 化合物3高渗透率
  3. 化合物3因较低亲脂性和较低碱性(pKa=2.5),除了CYP2C9酶,没有显示明显的抑制人CYP酶(CYP2C9 IC50为7.8 μM)
  4. 在CEREP靶标筛选小板中表现出很好的选择性(<10μM时抑制率<19%)
  5. 大鼠口服给药生物利用度较低(F=29%),
  6. 人肝细胞代谢鉴定中未见O-脱芳基氧化代谢产物,解决了PF-06427878的关键开发风险。O-脱乙基化和醇氧化为主要代谢途径
  7. 据体内外推算3的人体半衰期预期为2小时,代谢转化率可观,不足以作为候选药物。






优化半衰期

酰胺在维持DGAT2的效价方面相对耐受,适于进行清除率优化。研究人员推测,logD<2可以降低代谢转化。

为修饰化合物3的氧化代谢位点合成了化合物4、5,但logD降低过多,导致被动渗透降低,活性降低约4倍。分别合成不同环酰化产物,包括五六元环的杂原子取代、砜取代、内酰胺取代以及烷基的截短取代,和烷基的砜取代等,去除羟甲基的环酰化物6综合性质最优,恢复了被动渗透性并维持了代谢稳定性。推算化合物6的人体半衰期约5小时,临床可接受。

至此,完成了PF-06427878到Ervogastat的优化。

Fig2. Ervogastat的优化过程






候选化合物6的成药性评估

  1. 化合物6 pKa=2.4,logD=1.9,低代谢清除率(hHEP Clintapp=3.9μL/min/million cells),高渗透性(Papp=19×10-6cm/s)。

  2. MGAT1-3和DGAT1;无明显脱靶(见SI);CYP450抑制情况可接受。

  3. 人、大鼠、猴肝细胞抑制活性IC50分别为2.79nM、6.02nM和2.13nM,从生化实验到细胞实验结果与PF-06427878趋势一致

  4. 不同孵育时间对IC50没有影响,表明化合物6是时间不依赖性、可逆、快速结合的DGAT2抑制剂。

  5. 静注给药,具有大鼠高血浆清除率CLp,非人类灵长类NHPs中等CLp。

  6. 在大鼠和NHPs中的分布体积中等,导致其消除半衰期(大约1小时)较短。

  7. 根据ECCS 2分类,肾脏排泄可忽略。

  8. 口服晶型给药显示中等生物利用度和中高程度吸收。

  9. 对CYP2C9具有弱可逆抑制作用(IC50=8.7μM),对主要的人CYP酶基本没有可逆抑制作用(IC50>50μM)。此外,在人肝微粒体的IC50位移实验中,对人CYP酶无时间、浓度和NADPH依赖性抑制作用(数据未显示)。

  10. 人肝细胞代谢物鉴定显示化合物6的主要代谢物来自:

    a. O-脱乙基化为吡啶-3-醇代谢物的葡糖苷酸化和硫酸化;

    b. THF环的氧化修饰;

    c.胺键的水解裂解。

    化合物6的主要初级代谢物的体外生化抑制DGAT2的效力明显低于6(数据未显示)。

  11. 未检测到化合物6的人特异代谢物;2μM化合物6对大鼠、猴和人的血浆蛋白中度结合,相应的未结合血浆蛋白分数为0.213 (rat),0.360 (NHP)和0.353 (human).

  12. SD大鼠体内单次口服给药(0.3、1、3、30和90mpk),观察到血浆TG剂量依赖性降低,90mpk组最大降低76%。

  13. SD大鼠高脂、高胆固醇饮食造模体内多次给药(0.3、3、10、30和90mpk分组,口服给药BID,连续8天,最后一天2小时后处死),剂量依赖性地降低肝和血浆TG,90mpk组最大降低分数为49%和70%。

  14. hERG IC50>100μM、激酶和PDE选择性面板未观察到显著抑制作用。

  15. TK6细胞中的Ames测试和体外微核测定中未见遗传毒性风险。

  16. NHP和小鼠体内实验未发现心血管适应症开发限制性毒性。

基于临床前情况,化合物6(PF-06865571,Ervogastat)被选为临床候选药物。



    结论

    肝靶向DGAT2抑制剂PF-06427878的主要代谢途径潜在安全风险,为消除这一隐患,以代谢产物研究为指导进行结构改造。调节代谢位点和规避去芳基化部位同时平衡渗透性和DGAT2抑制活性。最终获得3,5-二取代嘧啶骨架,进一步优化酰胺基团得候选药物Ervogastat(PF-06865571,化合物6)。目前,Ervogastat正在以单药或联合肝靶向药物ACC抑制剂Clesacostat进行NASH的临床试验评估。

    文献来源

    https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.2c01200
    药渡Cyber平台整合药物涉及思想,挖掘了文献及专利报道的活性结构,通过Cyber平台可以快速获取兴趣靶标结构的化学空间,以供开拓思路,就DGAT2这个靶点举例如下:

    1.进入CyberSAR首页,在靶点下拉项中,输入“DGAT2“,选中”DGAT2(Homo sapiens)“搜索DGAT2相关靶点信息。


    2.得到靶点检索结果界面。


    3.在靶点界面选中“化学空间”选项标签下级联“聚类结构视图”选项卡,“聚类阈值“选择”宽松“可以将CyberSAR平台收录的文献和专利具有关于DGAT2相关实验测试活性的分子以“相似骨架聚类“的形式展示,可以得出目前开发得DGAT2相关化学空间大约为5种结构类型,研发人员可以对感兴趣的结构类型进行深入探索。




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