siRNA:药物革命新秀,掀起一片蓝海

文摘   科学   2023-05-19 09:00   北京  

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一、siRNA概述



       发展历程

RNA干扰(RNA interference,RNAi)一种天然存在的是细胞内调控基因表达机制,可抵御外来核酸的入侵和控制基因表达。RNA干扰的作用分子主要有小干扰RNA(Small interfering RNA,siRNA),microRNA(miRNA),PIWI-interacting RNA(piRNA)。siRNA的发展简史见下图。

图1 siRNA发展简史

数据来源:药渡咨询团队整理

1998年Andrew Fire和Craig Mello在秀丽隐杆线虫中发现了转录后的基因沉默现象,并称为RNA干扰现象;1999年David Baulcombe 在植物中首次发现了siRNA,并通过细胞提取物核酸酶活性实验证实了siRNA在RNAi中的作用,即siRNA可沉默哺乳动物细胞中特定基因[1]

作用机制



小干扰RNA(Small interfering RNA,siRNA)又称为沉默RNA、短干扰RNA或非编码RNA,是一类长度在21~25个核苷酸的短双链RNA分子。

siRNA作用机制如下图所示,siRNA诱导基因沉默主要分为两个阶段:

第一阶段(起始阶段),较长的双链RNA(dsRNA)或短发夹RNA(shRNA)通过核酸内切酶Dicer将被切割成小的dsRNA片段(siRNA)。

第二阶段(效应阶段),成熟的siRNA与Argonaute-2(AGO2)蛋白等形成基因沉默复合物(RNA-induced silencing complex,RISC),RISC组装过程中,AGO2将siRNA分离成两条单链:引导链(guide strand)和乘客链(passenger strand),且会导致乘客链降解,而引导链被保留下来作为与mRNA比对的模板;并在RISC中的核酸内切酶作用下切割靶mRNA,从而起到基因沉默的效果[2]

2 siRNA作用机制

数据来源:Pharmaceuticals 2022, 15, 575.

技术优势



siRNA历经二十多载的研究,已被公认为可作为一类精准医学疗法,siRNA疗法相对于其他治疗方式具有一系列优势特征,具体见下图。

图3 siRNA的利弊

数据来源:药渡咨询团队整理

(1)siRNA具有高度的安全性

siRNA作用于基因表达的翻译后阶段,因此不与DNA相互作用,从而避免了基因治疗常见的突变和致畸风险。

(2)siRNA沉默基因具有高效性

siRNA与小分子疗法和单克隆抗体相比具有先天优势,因为siRNA通过与mRNA完成Watson-Crick碱基配对来执行其功能,而小分子和单克隆抗体药物需要识别蛋白质的3D空间构象。据评估,随机设计的siRNA11%~18%的机率可达到90%~95%的沉默效果,58%-78%的机率能达到50%的沉默效果[1]

(3)siRNA具有高特异性

siRNA只能沉默同源基因,而无关基因不受影响,且在siRNA序列中配对的19~21nt中仅需改变一个核苷酸,就可使该siRNA消除靶基因的沉默效应。

(4)siRNA具有多功能性

siRNA可以通过序列设计靶向不同的靶基因,因此siRNA可治疗各种疾病。

(5)siRNA易于合成,生产成本低

siRNA化学合成简单,且与蛋白质或抗体相比,siRNA无需经过表达、纯化等繁琐的步骤;因此生产成本更低。


二、siRNA的递送系统


siRNA长度为7-8 nm,直径为2-3 nm,分子量在13-14 kDa,且具有亲水性。因此未修饰及裸siRNA无法被动地穿过细胞膜,且易被肾脏清除。而有效的基因沉默剂不能递送到其预期的细胞类型、组织或器官,则其仍旧没有效用。因此如何递送siRNA至靶细胞中并将其转化为临床一直是siRNA发展的主要瓶颈。

现阶段,siRNA的递送策略可以分为两种,一种是靶向部分直接与siRNA共价偶联,形成siRNA偶联物;另一种是基于各种纳米载体的递送系统。具体递送策略见下图[3]

4 siRNA的递送系统

数据来源:Signal transduction and targeted therapy, 2020, 5(1): 101.

由上图可知,siRNA的递送平台包括各种脂质或类脂质、肽、聚合物、外泌体、树枝状聚合物、siRNA偶联物等。递送平台的关键组分的化学结构包括Dlin-DMADlin-MC3-DMAC12-200cKK-E12GalNAc-siRNA偶联物、基于MLPDPC2.0EX-1)、PNPPEIPLGA、PTMSGDDC4PAspDET等。


三、siRNA药物开发挑战



siRNA介导的基因沉默疗法在通往预期靶点的道路上仍面临着许多挑战,导致其在用于临床治疗时的选择性甚至疗效下降。siRNA药物开发挑战见下图[4]

图5 siRNA药物开发的挑战

数据来源:European Journal of Pharmacology, 2021, 905: 174178.

(1)给药途径限制

由于siRNA在肠道环境中的不稳定性,皮下注射途径受亲脂性和载体大小的限制。此外,siRNA是一种带负电荷的分子,siRNA几乎不可能穿过生物膜。大多数裸或未修饰的siRNA的半衰期在5-10分钟之间。因此,治疗性siRNA治疗通常选择静脉注射途径,且需选择合适的递送系统来保护裸siRNA,避免未修饰siRNA被内源性酶降解。

(2)血管的限制

由于内皮细胞的不连续和快速的血管生成,肿瘤内的血管壁具有多个血管孔,直径从100 nm到780 nm不等。而健康组织中的血管在内皮细胞之间具有紧密的连接,从而大大减少了血管壁的渗漏。肿瘤血管的渗漏可导致药物浓度梯度依赖的扩散、对流和转胞作用、药物外渗作用等。因此,肿瘤渗漏可增强siRNA/载体外渗,但也可能导致间质液压力升高。

(3)肾脏清除

siRNA的长度为7-8 nm,直径为2-3 nm。通常尺寸小于8 nm的分子很容易被肾脏系统过滤。因此未修饰或裸siRNA极易被肾脏清除。研究显示,通过连接配体、掺入较大颗粒或与血浆蛋白结合来增加其分子量可有效避免siRNA被肾脏清除。

(4)网状内皮细胞破坏

网状内皮系统Reticulo-endothelial systemRES)由单核细胞后代的细胞组成,包括吞噬细胞、巨噬细胞,这些细胞主要分布在肝脏、脾脏、肺和骨髓等处。据报道,大于100 nm的纳米颗粒被RES捕获在肝脏、骨髓、脾脏和肺中,从而被激活的单核细胞和巨噬细胞降解[5]。可见,负载siRNA的纳米颗粒很容易被网状内皮系统摄取并破坏。因此,对于富含RES的靶器官,可对负载siRNA的纳米颗粒进行表面改性、电荷等相关修饰干扰RES的摄取。

(5)脱靶效应

从理论上讲,若siRNA和靶mRNA准确地结合在一起,则可成功的沉默靶基因。然而,许多siRNA都存在siRNA脱靶,并且大多数siRNA分子可能并不像以前认为的那样具有特异性。siRNA的引入可导致脱靶效应,即抑制目标基因靶标以外的基因,导致危险的基因表达突变和意外后果。目前,化学修饰的siRNA,例如先导siRNA链的2'-O-甲基化,可以减少miRNA样脱靶效应以及免疫刺激活性,且不会失去对靶基因的沉默效果。因此,设计治疗性siRNA时应尽可能减少脱靶效应。

(6)诱导免疫反应

有研究发现,长23 nt的siRNA可激活IFN、IFN等细胞因子的释放,这意味着siRNA药物能够在体内引发强大的先天免疫反应[6]。免疫反应可通过激活蛋白激酶R或Toll样受体-3进行独立序列激活,或通过树突状细胞中的Toll样受体-7释放促炎细胞因子来启动。由于免疫反应可能因不同的细胞类型而异,因此,很难根据体外工作预测所有体内反应,免疫原性和毒性是开发治疗用siRNA时必须解决的问题。


四、siRNA临床进展



随着2018年第1款siRNA药物的获批上市,siRNA药物的研发热潮不断高涨。截止2023年3月,全球在研siRNA药物总计225个,临床阶段在研品种共计58个。其中,临床III期品种8个、临床II期品种23个、临床I期品种26个、临床申请品种1个。


图6 全球siRNA药物各阶段在研数量统计

数据来源:药渡咨询团队整理

将全球siRNA药物临床在研品种的靶点、原研公司、研发状态、适应症信息进行整理,如下表所示。

表1 全球siRNA临床III期以上品种情况

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数据来源:药渡咨询团队整理

由上图可知,全球批准上市的5款siRNA疗法获批适应症领域集中在神经疾病,原研企业均有Alnylam,此外Alnylam另外两款siRNA疗法也处于临床III期阶段。可见,现阶段Alnylam几乎垄断了siRNA市场。


五、 siRNA企业全景图谱



目前,全球范围内有超20家公司进入siRNA领域,其中有15家企业专注于siRNA药物的研发,包括圣诺医药、瑞博生物、施能康等国内企业。国内外siRNA药物企业图谱如下图所示。

图7 全球siRNA药物企业图谱

数据来源:药渡咨询团队整理

Alnylam



Alnylam Pharmaceuticals成立于2002年,是全球siRNA领域的龙头企业,专注于基因药物、心脏血管疾病、代谢疾病、感染性疾病、中枢神经系统疾病等领域。

Alnylam开发siRNA药物的递送系统主要是基于N-乙酰半乳糖胺偶联方法或脂质纳米颗粒来实现siRNA的肝脏递送,目前已成功建立siRNA药物的肝脏、中枢神经系统、眼部、肺部、肌肉和脂肪组织的递送方法,并推出IKARIATM平台、GEMINITM平台。

Alnylam拥有15款产品管线,其中5款已成功商业化,分别为Patisiran、Givosiran、Lumasiran、Inclisiran、vutrisiran;3款处于临床II期及以上阶段。Alnylam产品管线如下图所示。

图8 Alnylam产品管线

数据来源:药渡咨询团队整理

Arrowhead



Arrowhead成立于1989年,是全球siRNA领域的先驱企业,专注于开发具有遗传疾病的siRNA药物。

Arrowhead开发siRNA药物的递送系统主要是利用配体介导的递送方式,实现结构简单的组织特异性靶向系统。目前公司已建立TRiM技术平台,可将siRNA药物递送至肝脏、肺、肿瘤等组织中。

Arrowhead产品管线治疗领域覆盖乙肝、代谢、心血管疾病等市场巨大的疾病领域,具体拥有16款产品管线,其中6款处于临床II期及以上阶段,分别为ARO-AAT、ARO-APOC3、ARO-ANG3、GSK4532990、Olpasiran、JNJ-3989。Arrowhead产品管线如下图所示。

图9 Arrowhead产品管线

数据来源:药渡咨询团队整理

圣诺制药



圣诺制药(Sirnaomics)成立于2007年,是国内siRNA药物研发的领先企业之一,致力于利用自主研发的核酸药物递送技术来开发RNAi药物、mRNA疫苗及疗法。

圣诺制药开发siRNA药物的递送系统主要是利用由组氨酸和赖氨酸组成的多肽共聚物与siRNA分子自组装成多肽纳米颗粒,递送至特定靶组织。目前公司已建立PNP递送平台、新型GalNAc RNAi递送平台(GalAhead平台及PDoV-GalNAc)平台)以及用于mRNA疫苗及疗法给药的PLNP递送平台,可将siRNA药物精准递送至肝脏、肿瘤等组织中。

圣诺制药产品管线治疗领域覆盖肿瘤、纤维化、肝脏代谢类疾病、病毒感染和医学美容等领域,拥有19款产品管线,其中2款处于临床I期及以上阶段,分别为STP705、STP707。圣诺制药产品管线如下图所示。

10 圣诺制药肿瘤产品管线

数据来源:药渡咨询团队整理

瑞博生物



瑞博生物成立于2007年,是国内siRNA药物开发的先驱者,致力于开发基于RNA干扰和反义核酸技术的核酸药物。

瑞博生物开发siRNA药物的递送系统主要是基于N-乙酰半乳糖胺偶联方法,形成GalNAc-siRNA缀合物,实现siRNA的肝脏递送,目前已成功建立高效长效RIBO-GalSTAR®肝靶向递送技术,可实现精准肝靶向递送,并正在开发肺靶向、中枢神经靶向、局部给药等组织和器官的小核酸递送。

瑞博生物产品管线覆盖感染性疾病、代谢类疾病、血液系统疾病以及罕见病等疾病领域,拥有25款产品管线,其中2款处于临床II期及以上阶段,分别为RBD4988、RBD1007。瑞博生物产品管线如下图所示。

图11 瑞博生物临床阶段产品管线

数据来源:药渡咨询团队整理


六、结论及未来展望



siRNA作为一种精准、特异、高效的基因疗法,可通过干扰靶基因的表达来沉默靶蛋白的表达,可用于病毒感染、肿瘤、家族遗传病和自身免疫病等各种疾病。但由于siRNA易于降解、易被网状内皮系统摄取、内体逃逸和脱靶效应等特点阻碍了药物开发。

幸运的是,siRNA问世20多年来,已成功批准上市5款疗法。预计随着新型的化学修饰、靶向递送系统的发展,将会有越来越多的siRNA疗法推出。

者:吴莎莎


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