二代测序技术以其高通量、低成本和靶标广泛的优势而广泛应用于科学研究和临床实践。但由于其实验流程的复杂性,一定程度也限制了它的应用预期。为了推动NGS技术加速发展以及进一步加大应用范围,实验流程自动化势在必行。
国内很多厂商为此做出了不少努力和贡献,研发出多种应用于测序实验的自动化设备,给测序的实验流程带了便捷和高效。近期公众号刚刚更新了关于NMPA批准的自动化建库仪清单(点击回顾:实验室自动化丨自动建库仪获批二类注册清单更新!),据统计,目前NMPA批准的自动建库仪二类注册证数量已达到19个。
我个人将市场上的建库仪厂商按公司主营业务分成四类:测序仪厂商、自动化仪器厂商、试剂厂商和基因检测厂商。其中基因检测厂商也细分为四类:病原、肿瘤、遗传和综合业务类。
从以上汇总表格中不难发现获证公司多为基因检测厂商,且以病原基因检测厂商为主。鉴于病原检测对时效性的高要求,病原NGS检测在迎合本地化需求方面显得特别适合,这也使得病原基因检测厂商获取相关认证显得顺理成章。
此外,由于病原检测通常对污染防控有着较高要求,今天就让我们看看各病原基因检测厂商在其建库仪污染防控方面都采取了哪些独特的设计。
我个人将获批的仪器划分为三大类:开放式、分舱式以及卡盒式。
开放式:指以移液工作站的方式来完成建库过程的设备类型,目前这类设备在市场上占据主流地位。
分舱式:这类设备同样基于移液工作站,但其设计理念模拟了PCR实验室的分区布局。
卡盒式:这类设备采用全封闭的卡盒式设计。
接下来,我们将从这三种不同的仪器设计类型出发,各挑选一家病原基因检测厂商的设备进行详细解读。
1 开放式:微岩医学PathoLab L1
防污染5大模块设计:1)通风系统、2)过滤系统、3)紫外消杀系统、4)封膜系统、5)UDI标签系统。
目前开放式仪器主流的防污染措施是空气过滤系统和紫外消杀,微岩相对来说还是多一些考虑。
2分舱式:予果生物MetaLab 1·68
予果生物MetaLab 1·68这款自动化建库仪模拟PCR实验室分区,将仪器分为提取与扩增前舱,扩增舱,扩增后舱,三个舱室独立分区,互不干扰。且舱内压力为负压,按照实验流程舱内压力逐级递减,妥妥的一个小型移动PCR实验室。
该设计不仅模拟实验室分区,将实验多个环节相互独立,还加上了开放式的防污染措施,如空气过滤系统、紫外消杀、自动封膜仪等。
3 卡盒式:杰毅生物NGSmaster
NGSmaster
由4个相同的独立通道组成,每个独立通道包括:用于放置样本和前处理试剂的试剂盘;用于放置试剂盘的底座,底座上设有温控模块和旋转模块;用于实现磁性颗粒分离、清洗和洗脱的磁力分选模块;用于转移试剂盘内试剂的移液装置,移液装置设有移液模块和移液枪头;用于控制温控模块、旋转模块、磁力分选模块和移液模块运行的主机。
该设计运用独立卡盒模式,将每个样本实验各自在一个封闭体系内独立运行,保证了样本不会混淆,也保证了样本之间不会互相污染。
总结
就防污染角度来说,卡盒式防污染的效果应该最好,毕竟是每个样本独立实验,互不干扰。分仓式次之,而开放式由于多个环节都在一个空间,污染的风险最大。
总的来说,各病原基因检测厂商在设计和打造自家自动化产品时,对于污染防控确实投入了大量的心血。此外,本文仅列举了部分产品的防污染设计,市场上还有许多其他优秀的产品值得我们深入学习和探讨。未来有机会,我们将继续详细研究这些产品。