肝内钙化灶病因多见于以下情况：
1、炎症
当人体肝脏患有慢性炎症时，如细菌性或结核性肝脓肿、慢性肝炎等，肝细胞可出现慢性损伤，受损手的肝细胞可进行疤痕修复，修复处可出现钙化灶。
2、肝脏内寄生虫感染
在疫情高发的地区，比如长江中下游地区，血吸虫病的发病率较高，而患有血吸虫病的患者也易出现肝内钙化灶。
这是因为，血吸虫进入人，体消化道后，血液循环进入到肝脏内，血吸虫产生的虫卵可在肝脏内聚集，形成肝脏囊肿，囊壁内含有血吸虫卵，囊壁周围钙盐沉积，形成钙化灶。
3、肝内胆管结石形成
结石可引发肝脏局部肝细胞的坏死，坏死组织纤维化修复，钙盐沉积时，可形成钙化灶。钙化灶的形成，可进一步加重肝内胆管结石的严重程度。
4、肝脏内肿瘤性疾病导致
肝脏的原发性恶性肿瘤、转移性恶性病变时，肝脏病变处亦可出现钙化灶，且此时的钙化灶具有一定影像学特征。
综上所述，一般情况下，肝内如果仅存在钙化灶而不伴有其他病变时，可不引起人体明显的不适，一般不予特殊的处理，患者可保持定期随访。如果肝脏伴有其他疾病，在医生的指导下进行治疗。
在日常生活中，应保持良好的生活习惯，尽量不喝酒，对疫区注重寄生虫病的筛查，保护好自身健康。
肝内胆管结石目前认为主要与胆道感染（胆道慢性炎症）、胆道寄生虫（如蛔虫、华支睾吸虫）、胆汁淤滞、胆道结构异常等有关。如胆道发生感染时，细菌会分泌各种酶促使胆红素钙过饱和，与胆汁中其它物质结合形成结石。结石和淤积的胆汁刺激胆管壁发生慢性增生性胆管炎，慢性增生性胆管炎是促使结石形成和术后复发的重要因素。
肝内胆管结石治疗肝胆管结石微创外科治疗的手术方式包括：肝切除术、胆管切开取石术、胆肠吻合术。以上手术可在传统开腹手术、腹腔镜或机器人辅助腹腔镜下完成，原则上选择以病变肝切除和（或）胆道切开取石为主导的手术方式。对于不能手术患者或者术后复发者，可采用口服中药保守治疗。
此文内容参考资料：外科肝胆学
