NGS丨DNA建库GC含量不稳定，怎么解决？
文摘
科学
2024-11-22 20:37
上海
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今天“NGS实验技术交流”群内有个朋友遇到一个问题：DNA建库的时候GC含量不稳定，有的样本GC高了两个点，有的样本GC含量低了两个点。怎么解决？（油菜样本，野生种，不是同一个品种）大佬1：可能的问题包括：1、样本质量问题，比如样本降解等；2、样本污染，混入了外源物种的DNA等；3、建库方法，比如建库试剂的好坏等。大佬2：如果有条件，可以相同样本再次建库看看，排除是实验差异还是品种差异。因为是野生种，所以不太好下结论。我们也遇到过更棘手的问题：核酸标准品，相同的建库试剂（单批次内确认没问题），建库也出现了GC的波动，排除了样本质量、污染、人员等问题；一直没排查出来原因，后来项目换人做了，问题没再出现，但是现象没解决。大佬3：样品中存在降解的DNA或者污染物，会影响到GC含量；样本质量、纯度差，会导致反应不充分，也可能会导致GC含量的偏倚；也遇到过PCR扩增的酶存在GC偏好的。大佬4：DNA文库可以质检下，比较下平均片段大小，peak这些。另外如果是DNA酶切建库，酶切产物也需要质检下。也是需要看平均片段大小，peak。再往前推，就要看DNA的质量了。尽量做到DNA质量，酶切质量，文库质量符合您实验室制定的质控标准。如遇实验问题，欢迎加入群聊探讨，添加微信，请注明单位+岗位+姓名，谢谢！![]()
