[2024.Vol.107] 桑树的全基因组分析GH9 基因家族及 MaGH9B6 在脱落区发育过程中的功能特征

文摘   2024-10-22 21:54   贵州  

摘要:该研究在桑树中鉴定出 9 GH9 基因,根据系统发育分析分为两个亚家族。检测到MaGH9B1MaGH9B6MaGH9B5MaGH9B3在易落果成熟果果茎中具有转录积累,表明这些基因可能在桑树落果中发挥作用。研究结果为进一步研究 GH9s 在桑树脱落中的作用提供了理论依据。

关键词:GH9;基因家族;桑树

文  信 

译名:桑树 (Morus abla L.) 的全基因组分析GH9 基因家族及 MaGH9B6 在脱落区发育过程中的功能特征

发表时间:2024年4月3日

期刊IF:4.1(2023)

第一单位:西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室

通讯单位:西南大学园艺园林学院

文 章 亮 点

1.文章对桑树(Morus alba L.)GH9基因家族进行了全基因组分析,这是首次系统地研究桑树中GH9基因家族。

2.特别对MaGH9B6基因在脱落区发育过程中的功能进行了表征,揭示了其在桑果脱落中的潜在作用。

3.研究结果为理解GH9基因在桑树脱落过程中的作用提供了理论基础,并为桑树的分子育种提供了新的候选基因。

文 章 简 介

研究意义

桑树是一种重要的经济作物,其果实脱落是影响产量的主要问题之一。通过研究GH9基因家族,可以更好地理解桑树果实脱落的分子机制,进而可能通过育种改善这一问题。

研究方法

使用生物信息学工具和数据库,如NCBI和Pfam,鉴定了桑树中的GH9基因家族成员。

通过构建系统发育树、分析基因结构和保守基序、染色体定位和共线性分析等方法,研究了GH9基因的进化关系和结构特征。

利用荧光素酶报告基因系统和实时定量PCR等技术,分析了MaGH9B6基因在不同激素处理下的表达模式和亚细胞定位。

研究结果

3.1桑树 GH9 家族 9 成员的全基因组鉴定

以下载的Glyco_hydro_9 (PF00759)和报道的GH9为查询,建立桑树蛋白数据库,通过局部blast搜索最终确定9个非冗余序列(Supplementary Table 1)。根据与其他物种的亲缘性,将GH9成员命名为MaGH9A1、MaGH9A2、MaGH9B1至MaGH9B7。

3.2MaGH9B6基因在脱落区的发育中表达量增加,且其启动子对ABA和2,4-D激素有响应

文章研究了GH9基因在正常成熟果柄(MN)、成熟易落果柄(MD)、正常幼果柄(YN)和易落幼果柄(YD)果实发育不同阶段的表达规律。结果显示,MaGH9A1、MaGH9B1、MaGH9B5、MaGH9B6、MaGH9B3和MaGH9B7的表达水平存在显著差异。MaGH9B1、MaGH9B5、MaGH9B6和MaGH9B3在MD茎中的表达量显著高于MN。此外,MaGH9A1、MaGH9B6和MaGH9B7在YD中的表达水平明显高于YN (Supplementary Figure 1)。同时作者利用计算机对所有基因的启动子分析预测了它们参与多种激素和应激信号通路。表明其对这些激素有反应。在处理了100 mM ABA和10 mg/L 2,4- d的2月龄桑树幼苗中,对桑叶的定量分析显示,与对照相比,ABA胁迫后3 h, MaGH9B6的表达量开始显著增加,并持续增加至24 h。2,4- d胁迫处理下,3 h后MaGH9B6表达量也显著升高,但24 h时表达量较对照显著降低(Fig.7C)。

3.3 A MaGH9B6的亚细胞定位及表达分析

对MaGH9s亚细胞定位的研究,选择MaGH9B6进行进一步研究和克隆。该基因在拟南芥叶片表皮细胞中短暂表达,并观察到荧光信号。结果表明,在细胞核和细胞质中均可见空的载体控制的GFP信号,并且magh9b6控制的GFP信号在细胞壁中积累(Fig.6)。这一发现支持了MaGH9B6在细胞壁降解中的潜在功能。

3.4观察到桑树果柄中落果区的形成与木质素含量的变化

使用间苯三酚对桑树果实成熟的绿、绿到红、红、红到紫、紫五个阶段的果柄进行染色,分别命名为S1、S2、S3、S4和S5(Fig.4F)。果柄中木质素部分染红色,无木质素部分不染(Fig 4A-E)。木质素在S1期和S2期呈连续条状分布。从S3期开始,木质素在木质素区含量下降,形成木质素远离木质素区沉积的现象。这些发现表明,木质素含量的变化标志着AZ的发育阶段,这一过程与植物开花和落果有着复杂的联系,并与GH9家族密切相关。

4 讨论

讨论了GH9基因在植物细胞壁代谢、器官脱落以及对植物激素的响应中的作用。

强调了MaGH9B6基因在桑树落果过程中可能的功能,以及其对ABA和2,4-D激素的响应。

讨论了研究结果对于理解桑树落果机制以及未来桑树育种的潜在应用。

5 结论

总的来说该研究通过对桑树GH9家族进行了详细的基因组鉴定和生物信息学分析。此外,部分MaGH9基因在果实不同发育阶段的茎秆中转录物积累量不同,落果倾向也不同。果柄中木质素含量的变化可以间接反映不同时期纤维素酶活性的变化,也可能隐含在果实脱落过程中。MaGH9B6在不同时间点对不同激素(ABA和2,4- d)的表达存在差异。这些结果提示了MaGH9基因对激素处理的响应和桑树育种新的候选基因。但桑树落果的调控机制还有待进一步研究。

Reference:

Bailey, T. L., Boden, M., Buske, F. A., Frith, M., Grant, C. E., Clementi, L., et al. (2009). MEME SUITE: tools for motif discovery and searching. Nucleic Acids Res. 37, W202–W208. 
本期分享来自2022级草学专业硕士研究生杨小兵

原文链接:https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1352635


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