关于清政府治理台湾，“台独”势力为构建“台独”史观，把清政府治理台湾歪曲为“外来政权”，渲染“殖民”、“屠杀”等严重错误4言论。关于清政府“消极治理”台湾的观点，也一度在大陆学界流行。有学者把清政府治理台湾分为“消极治理”和“积极治理”两个阶段，认为清政府相当长时期是在“消极治理”台湾，晚清才开始重视治理台湾。
虽然近年来随着清代台湾历史研究的深入，学界持“积极治理”的观点逐渐增多，但目前尚未成为清代台湾研究的主流。尤其在反制“台独史观”方面，对清代治理台湾史实的研究和利用还明显不够。因此，有必要运用清政府治理台湾的史实，澄清所谓“消极治理”的误区。
1684年，清政府基于台湾是“江浙闽粤四省之左护”的重要战略地位，在台湾设置台湾府，下设台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，正式把台湾纳入中央集权的国家治理体系。
在治理台湾的过程中，清政府既在台湾建立了与内地相同的制度体系，又结合台湾海疆社会、移民社会等复杂状况，因地制宜采取了类似内地边疆的特殊治理模式。
政治上，将台湾纳入福建管辖，不断加强中央政府的直接管辖。先后通过巡台御史巡台、福建大员轮值巡台、福建巡抚冬春驻台与夏秋驻省，以及划台湾为单一行省等方式，强化中央政府对台湾的治理。
军事上，实行闽台一体化的军事体制，派驻班兵戍守台湾。台湾镇总兵受福州将军、闽浙总督和福建水师提督节制，戍台班兵三年一换，全部从福建水陆各营调遣，对于保证中央政令落实、维护东南海疆稳定、训练海上军事力量及实现对台有效治理等发挥了关键作用。
民族政策上，借鉴对内陆边疆少数民族的治理政策。发扬中华文化的包容心态与宽阔胸怀，采取“因俗而治”的羁縻政策，依照少数民族原有风俗，任其土官自治，以民间信仰及汉文化的感染力与台湾少数民族形成共生关系，并严格防止汉族移民侵犯台湾少数民族利益。
清政府的积极治理，为台湾日后发展及维护东亚地区和平稳定做出了巨大贡献。
一是清政府将台湾纳入统一的国家治理体系，使台湾更加稳固成为中国一部分，彻底避免沦为类似东南亚一些国家被西方殖民者残暴统治数百年的命运。
二是先进治理体系加速了中原文明向边陲海岛的扩展，台湾的广大平原地区逐渐成为与内地同等水平的农耕文明区，大大促进了台湾岛的开发。
三是巩固了中华文化主体地位，对日后日本殖民统治台湾50年间中华文化的保留和传承发挥了重要作用。
四是遏制了荷兰、西班牙等早期资本主义国家在东亚海域的扩张势头，消除了日本觊觎台湾及侵扰东南沿海的隐患，维护了东亚政治秩序和地区和平稳定。
五是清政府对台湾的独特治理模式，表达了传统陆权国家通过制度设计实现对岛屿领土进行有效管辖的实践创新，丰富了中华大一统实践。
历史事实证明，清政府的积极治理加速了台湾的开发，奠定了台湾日后腾飞的基础，同时为世界和平稳定做出了巨大贡献。
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