1683年至1895年清政府治理台湾200余年间，台湾发生的武装冲突事件很多，坊间素有“三年一小反，五年一大反”之说。在很多学术研究著述中，往往将演变为反政府的武装冲突事件称之为“农民起义”。这实际上是不正确的一种称呼。
首先，来看一下“起义”的含义。在《现代汉语词典》中，“起义”有两层含义：一是指为了反抗反动统治而发动武装革命；二是背叛所属的集团，投到正义方面。由此可见，“起义”一词具有鲜明的正义属性。
另一个与之含义相近的是“起事”。在《现代汉语词典》中，“起事”是指发动武装斗争。“起事”是个相对性的词汇，也可能是正义的，也可能是非正义的。
而清代台湾的所谓“三年一小反，五年一大反”，是由台湾特殊的“五方杂处”的复杂社会环境决定的，频繁爆发武装冲突事件的原因十分复杂，不能一概而论，更不能以偏概全、混淆是非称之为“农民起义”。
明朝末年，闽南、粤东地区人口大量迁居台湾，他们到达台湾后，往往按地域聚居在一起。台湾历史上经常发生分类械斗，比如漳泉械斗、厦漳械斗等。很多社会冲突事件都是争夺土地、水资源等引发的。因为清政府在台湾是名副其实的“小政府”，投入的行政资源相对不足，对于各种矛盾的管辖鞭长莫及。由于政府治理缺位，很多民间冲纠纷事件容易酿成武装冲突事件。
同时，台湾不同于内陆省份，而是独特的海岛社会，距离内地较远，是王朝的边陲地区，政府治理力量相对不足。而且清政府统一台湾之后，在相当长时间是严格限制男丁携家眷进入台湾的，久而久之造成台湾社会游手好闲者越来越多，这些游民没有田产，没有稳定的家庭，长期处于颠沛流离的生活，被称为“罗汉脚”。他们喜欢加入“天地会”等民间帮会组织，流行“江湖义气”观念。帮会盛行的社会现状与闽粤矛盾等交织在一起，再加上“山高皇帝远”，容易滋生事端、引爆社会冲突。比如林爽文事件，固然有官民矛盾的因素，但也与闽粤矛盾及“天地会”等有很大关系。如果把林爽文事件归结为官逼民反，就无法解释为何还有大量义民帮助清政府平定林爽文事件，也就无法理解乾隆为褒奖帮助政府平定林爽文的诸罗县“义民”之举，而将诸罗改名为“嘉义”。
还有，随着大量汉族人口的迁入和繁衍，汉族与少数民族的矛盾日益突出。汉族与少数民族之间，常常因为土地争端与少数民族的猎首习俗等问题发生冲突，往往也酿成武装冲突事件。
综上所述，清代台湾爆发的许多武装冲突事件，与其说是民众反抗政府统治，不如说是由于政府治理能力薄弱而产生的社会造反事件，政府管辖不到位是很大原因，同时也掺杂着台湾复杂的社会因素。有些事件纯粹是为了制造社会事端，可以称之为“叛乱”。
因此，为了客观公正还原清代治理台湾的历史，对清代台湾不宜使用“农民起义”的表述，可以用“农民起事”代之。对于个别性质恶劣、纯属挑动社会动乱的事件，也可以称之为“叛乱”。
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