很多人将这段历史称为施琅“统一台湾”。实际上，这种说法是错误的。清郑对峙数十年，澎湖大捷仅仅是统一进程中的关键一役。
清政府统一台湾是在康熙皇帝直接领导下统筹推进的
清顺治年间，入主中原不久的清政府仍然面临严峻的内陆边疆问题，受当时的战略重心及军事实力所限，中央政府无暇顾及、也没有能力解决东南沿海边患，清郑之间的斗争主要是地方督、抚、提臣与明郑的斗争。康熙皇帝亲政后，统一台湾是在康熙的直接领导下进行的。康熙居于整个决策系统的最高端，是统一大业最强有力的领导人。
康熙亲自统筹战争全局，直接指挥，亲自选人，亲自督办，协调督抚关系，统一调动闽、浙、粤各省的舰船、军械、粮饷等战备物资，并且给予平台各项工作特殊保障。
康熙做出平定台湾的战略决策后，清政府逐渐形成了以康熙为领导核心、以议政王大臣会议为主要决策中心，包括兵部、刑部、户部等在内的中央决策系统，以及以闽省为中心，包括闽、浙、粤等督、抚、提臣在内的执行系统。
施琅在击败郑军主力、逼迫明郑归降方面发挥了主要作用。施琅历史功绩巨大，说“平定台湾”是没有问题，但说施琅“统一台湾”，就夸大了施琅个人在整个统一进程中的作用。
清政府在台湾设治管辖是由中央政府决策和实施
清政府统一台湾的历史性标志是在台湾设治管辖。1684年清政府决定在台湾设置一府三县，正式将台湾纳入统一的国家治理体系。施琅在《恭陈台湾弃留疏》中，力陈台湾弃留之利害，从经济开发、国家安全等角度全面阐述了台湾的重要战略地位，对于清政府决定在台湾设立与大陆相同的治理体系发挥了重要作用。然而，最终是康熙皇帝决定在台湾设置一府三县，将台湾纳入统一的国家治理体系，且是由清政府实施的。从这个意义上，说施琅“统一台湾”显然不合适。
综上所述，施琅率军取得澎湖大捷、迫使明郑归降，是清政府统一台湾进程的组成部分之一，因此，说施琅“平定台湾”是没有问题的，而说施琅“统一台湾”显然是错误的。“统一台湾”的正确说法应该是，“清政府统一台湾”或者“康熙统一台湾”。
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