临床医学领域涉及六大类微生物，包括感染性蛋白质（如朊病毒）、病毒、细菌、真菌、寄生虫、体外寄生虫，实际工作以细菌、真菌、病毒、寄生虫四类为主。
中国目前的法定报告传染病分为甲、乙、丙3类，共41种。此外，还包括国家卫生计生委决定列入乙类、丙类传染病管理的其他传染病和按照甲类管理开展应急监测报告的其他传染病。
1种细菌——幽门螺杆菌； 7种病毒——HBV（hepatitis B virus，乙型肝炎病毒）、HCV（hepatitis C virus，丙型肝炎病毒）、HPV（human papilloma virus，人乳头瘤病毒）、EBV（Epstein-Barr virus，爱泼斯坦-巴尔病毒/EB病毒）、HIV（human immunodeficiency virus，人类免疫缺陷病毒）等； 3种寄生虫——泰国肝吸虫、华支睾吸虫（肝吸虫）、埃及血吸虫。
（一）外源性感染（Exogenous infection）
外源性感染是指由来自宿主体外的病原体所引起的感染（即病原体来自患者本身以外的地方）。
比如：细菌性痢疾，病毒性肝炎等。传染源主要包括传染病患者、恢复期病人、健康带菌者，以及病畜、带菌动物、媒介昆虫等。
（二）内源性感染（Endogenous Infection）
内源性感染是指由来自宿主体内的病原体所引起的感染（病原体来自患者自身的体表或体内）。
有少数细菌在正常情况下，寄生于人体内，不引起疾病。由于各种原因导致人体免疫力下降时，自身常驻细菌侵袭而发生感染。比如抗肿瘤药物及放射治疗可造成全身性免疫功能降低，此时正常菌群可引起自身感染而出现各种感染性疾病。再比如长期使用广谱抗生素后，体内正常菌群受到不同程度的抑制，未被抑制的细菌会趁机大量繁殖，造成二重感染。
二、按感染状态分类
（一）隐性感染（Inapparent infection）
当机体有较强的免疫力，或入侵的病原体数量不多，毒力较弱时，感染后对人体损害较轻，不出现明显的临床症状，称隐性感染。通过隐性感染，机体仍可获得特异性免疫力，在防止同种病原体感染上有重要意义。如流行性脑脊髓膜炎等大多由隐性感染而获得免疫力。
在隐性感染或传染痊愈后，病原在体内继续存在，并不断排出体外，形成带菌状态。处于带菌状态的人称带菌者（Carrier）。带菌者体内带有病原，但无临床症状。这种人不断排出病原菌，不易引起人们的注意，常成为传染病流行的重要传染源。因此，及时查出带菌者，有效地加以隔离治疗，在防止传染病的流行上是重要的举措之一。
（二）显性感染（Apparent infection）
当机体免疫力较弱，或入侵的病原体毒力较强，数量较多时，则病原微生物可在机体内生长繁殖，产生毒性物质，经过一定时间相互作用（潜伏期），如果病原微生物暂时取得了优势地位，而机体又不能维护其内部环境的的相对稳定性时，机体组织细胞就会受到一定程度的损害，表现出明显的临床症状，称为显性感染，即一般所谓感染性疾病。
显性感染的过程在体内可分为潜伏期、发病期及恢复期。这是机体与病原体之间力量对比的变化所造成的，也反映了感染与免疫的发生与发展。这个过程也解释了为什么病原微生物感染不一定会导致疾病，通常只有一小部分感染者会患病，我不得不感慨强悍的身体素质才是王道。
三、按感染部位分类
（一）局部感染（Local infection）
病原体侵入机体后，在一定部位定居下来，生长繁殖，产生毒性产物，不断侵害机体的感染过程中，由于机体动员了一切免疫功能，将入侵的病原体限制于局部，阻止了它们的蔓延扩散。
（二）全身感染（Systemic infection）
机体与病原体相互作用中，由于机体的免疫功能薄弱，不能将病原体限于局部，以致病原体及其毒素向周围扩散，经淋巴道或直接侵入血流，引起全身感染。在全身感染过程中可能出现下列情况：
（1）菌血症（Bacteremia）：指外界的病原体经由体表的入口或是感染的入口进入血液系统后在人体血液内繁殖并随血流在全身播散（病原体一过性入血，很快被人体免疫系统清除，表现为短暂感染症状或症状不明显）。如伤寒早期的菌血症、布氏杆菌菌血症。
菌血症虽然不常见，但近年来发病率在逐年增加。这种趋势可能与几个因素有关，包括抗生素的滥用（诱导细菌的抗药性增强），医疗过程中越来越多的侵入性操作，以及患者本身存在的一些基础疾病。比如说，每两万个住院的病人中，可能有1-3个人患上念珠菌血症，而在患有血液系统癌症（如白血病）的病人中，这种病的发生率更高，大约每200个血液系统癌症病人中就会有一个人发生念珠菌血症。菌血症属于感染性疾病，但不是传染病，血液中的病原菌不会从一个人体内传播到另一人体内。
（2）毒血症（Toxemia）：是病原体在局部生长繁殖过程中，不侵入血液系统，但其产生的毒素进入血液循环，引起独特的中毒症状，如白喉、破伤风等。
（3）败血症（Septicemia）：这是在机体的防御功能大为减弱的情况下，病原体不断侵入血流，并在血流中大量繁殖，释放毒素，造成机体严重损害的急性全身性感染，表现为全身中毒症状，如不规则高热，有时有皮肤、粘膜出血点，肝、脾肿大等。
（4）脓毒血症（Pyosepticemia）：化脓性细菌引起败血症时，由于细菌随血流扩散，在全身多个器官（如肝、肺、肾等）引起多发性化脓病灶。如金黄色葡萄球菌严重感染时引起的脓毒血症。
四、按感染系统分类
包括中枢神经系统感染、呼吸系统感染、心血管系统感染、消化系统感染、泌尿生殖系统感染、皮肤软组织感染等。
感染性疾病的传播
如前文所述，感染性疾病是由病原微生物侵犯人体并增生繁殖所引起，故病原微生物的传播对于感染性疾病的发生和传染起到关键作用。
病原体的传播方式
病原体的传播方式有水平传播（horizontal transmission）和垂直传播（vertical transmission）两类。
（一）水平传播
病原体在宿主中不同个体之间的传播称为水平传播。根据侵入门户不同，水平传播的常见途径有：接触传播、飞沫传播、空气传播、食物传播、虫媒传播等。
（二）垂直传播
病原体直接由亲代传播给子代的方式称为垂直传播。垂直传播常见途径包括：经胎盘传播、上行性传播、分娩引起的传播。
感染性疾病的本质是有明确的微生物病原，确定诊断=相应的临床表现+有确诊意义的微生物学证据。
是不是感染，是何种病原体感染？是感染性疾病诊治的核心。
（1）看到的病原并鉴定到种：通过形态学检查（肉眼观察、涂片镜检）看到病原，如果能确定种属并确立感染，则确诊。
（2）分离病原并鉴定到种：对很多感染性疾病而言，分离出致病病原，并进行了种属鉴定，是诊断的金标准。
（3）特异性抗原检测：没有定植微生物时，抗原转阳或升高可确立感染。
（4）特异性抗体检测
（5）特异性毒素检测
（6）特异性核酸检测：包括扩增、杂交、直接测序、二代测序等。
（7）特异性免疫细胞检测
概括而言，标本质量高，微生物的量多、纯，多次分离，局部有炎症表现，局部有免疫反应，和临床表现相匹配，和临床处置效果不矛盾时，微生物是病原的可能性更大。
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参考资料：
[1]宁永忠等《懂病、懂微生物、懂药感染性疾病的理念》.
[2]https://www.chinacdc.cn/jkzt/crb/.
[3]医学百科：医学微生物学/感染的发生、发展和结局.
[4]丁香医生：菌血症.
[5]https://www.wiki8.com/baixuezheng_20825/.
