刘裕回到京口后，以前青州主簿孟昶、前北府兵统帅刘牢之的外甥何无忌为班底，聚集起二十七人，这二十七人多是被桓玄解散的北府兵的中下级军官，这二十七人被称为“京口建义”，准备起兵讨桓楚复晋。
篡晋代立的桓玄，生性好炫耀才华，不谦恭，好行小恩小惠，不守信用，喜欢收罗奇珍异宝、佳园美宅，做了皇帝后，桓玄变着法的收刮财富，巧取豪夺，好施小恩于民，而对国家大政弊端视而不见、畏缩不前，桓玄短视，做人做事，没有开国皇帝的气度、睿智。
短短数十天，建楚称帝的桓玄民心尽失，高门士族门阀也不满桓氏一家独大，破坏了东晋立国之后王与马共天下的格局，桓氏独大，动了江东士族所有人的权力和财富的蛋糕，桓楚篡晋，天下人心浮动。
身在京口的刘裕计划讨伐桓楚复晋，准备在京口、广陵、历阳同时发难：刘裕、何无忌杀桓修在京口起兵；刘毅、刘道规、孟昶杀桓弘于广陵起兵；豫州左府参军诸葛长民杀刺史刁逵在历阳起兵：王元德、辛扈兴、童厚之在京师建康做内应。
公元404年2月27日晚，刘裕以游猎为由出城，在城外与何无忌纠结一百多人，次日晨，京口城开，何无忌身穿传诏官服，诈称朝廷敕史，率众人涌入京口府衙，袭杀了刺史桓修，司马刁弘率大军救援桓修，被刘裕诈称奉晋废帝司马德宗诏书讨伐桓玄，刁弘信以为真，引兵退走，刘裕占领了京口。
与此同时，刘毅与孟昶等人在广陵攻杀了桓弘，带领部众从江北赶到京口与刘裕会合，众人推刘裕为盟主，起兵讨伐桓楚，这时候，刘裕的发小儿，比刘裕大三岁的刘穆之被刘裕召到帐下，做了刘裕的谋主。
京口聚集了两千多讨桓楚的义军，刘裕传檄京师，声讨桓玄，虚张声势，讨桓檄文称：京口、广陵、历阳、石头城、浔阳、益州同时起兵，造出天下响应的假像，发讨桓檄文的同时，刘裕分兵两路，自率一千七百人向建康进军。
这时候，约好与刘裕同时起兵，在石头城做内应的王元德、辛扈兴、童厚之被叛徒出卖同时遇害，历阳的诸葛长民被抓，只有广陵起兵的刘毅与刘裕京口会师。
檄文传至建康，桓玄闻听刘裕起兵，大惊失色，忧惧无计，进退失据，桓谦一再请战，主张主动迎击刘裕，桓玄于是加封桓谦为征讨大都督，命吴甫之、皇甫敷两员大将率两万人马扑向京口。
刘裕与吴甫之在江乘遭遇，刘裕率先发动攻击，手执长刀，大呼而冲，所向披靡，力斩吴甫之，楚军主将战死，大溃而逃，刘裕率军急追，在罗落桥遇到皇甫敷的大军，刘裕焠不及防，与部将檀凭之各率一部死战，檀凭之战死，下属溃散，刘裕率孤军力战，再斩皇甫敷，楚军大败，四散而逃。
楚军军败，大都督桓谦只得采取守势，亲自屯兵覆舟山东北的东陵，派卞范之驻军覆舟山以西，合计兵力两万，据险坚守。
刘裕兵少，令部下饱食后，丢弃剩余粮食，轻装进至覆舟山以东，派老弱军士登山，遍插旌旗作为疑兵，分兵数路，自己与刘毅率队集中突击桓谦中军，东北风急，刘裕顺风放火。
桓谦的士兵多是北府兵旧部京口人，素来畏伏战神刘裕，哪里还有斗志，桓谦大军被刘裕一击而溃，此战，“烟焰张天，鼓噪之音震动京邑。”。
侦骑报往皇宫内的楚帝桓玄，报说刘裕的军队铺天盖地，漫山遍野，桓玄无意再战，弃建康率子侄乘船逃跑，刘裕进入都城建康，这时仅仅离他讨桓楚京口起兵一个多月。
刘裕由普通军官成为主宰国家的权臣，刘裕令琅琊王氏出身的王谧~桓楚新封的中书令、司徒继续总揽朝廷大权，稳定京师、朝廷局势。
朝廷拜刘裕为徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕没有给桓玄喘息之机，派刘毅诸将继续沿江追击。
桓玄逃到浔阳，劫取了晋废帝司马德宗后，乘船从长江西回老巢荆州。
刘毅率领何无忌、刘道规诸军追至桑落州时与楚将何澹之的大军在水上相遇，以少击多，一万破了楚军三万，晋军攻克湓口，进占浔阳。
桓玄得知浔阳失守，集合荆州军马两万，命前秦投降的太子符宏为前锋，发楼船，桓玄自己领中军挟晋帝东下，想要夺回江州，双方在峥嵘州相遇，桓玄数万楚军被刘毅不足一万晋军大破之，桓玄焚毁锱重，挟持晋废帝乘小船逃回江陵，准备逃往汉中。
逃亡徒中，桓玄屡遇兵变，改向蜀地逃亡，船行至枚回州时，遇到益州伏兵，桓玄被蜀将冯迁所杀，这时候是公元404年5月，桓玄篡晋创楚称帝仅仅不到六个月，身死国灭。
桓玄死后，刘毅诸将继续留在荆州削平桓氏家族残余势力，迎取晋安帝司令德宗回建康，东晋复立。
复晋有功的京口建义诸将得到朝廷封赏，刘裕为车骑将军，领徐、青、兖三州刺史，镇守京口；何无忌镇江州；刘毅领豫州；诸葛长民督淮北；孟昶居中任吏部尚书。
不久，东晋名义上掌理朝政的王谧病逝，留下的空缺，引起各方势力的角逐，刘裕听从谋主刘穆之的建议，果断入京，被朝廷任命为扬州刺史（都城建康属扬州管辖）、录尚书事，刘裕从此名正言顺的掌控了东晋的朝局。
庶族出身的刘裕踏着楚帝桓玄的尸体登上了，把控了一直由门阀士族把持的东晋皇朝最高权臣的宝座，开始了自己改朝换代之路。
公元405年，刘裕掌控东晋政权，为稳定内政，东晋朝廷封向朝廷称臣的，割据岭南的五斗米道大天师卢循为征虏将军、广州刺史。
下一步，战神刘裕的长刀将要挥往何处，大江南北的朝廷、皇帝无不惴惴不安。
（未完待续）
题内话：桓玄推崇天师道，曾自号“灵宝”，喜爱书法绘画，与画圣顾恺之交往甚密，自比书法与书圣王羲之、王献之不相上下，尤善草书，后世评他的书法作品与卫夫人同为上品。
东晋末年，佛教在江东势力已经非常大，佛教沙门面见皇帝，王侯将相时，常常不行礼、不恭敬，佛教神权在中土挑衅皇权，已经初显。
题外话：桓玄在位虽短，但在位期间颁布“改简为纸”令，从此以后，纸张才完全代替简牍，成为朝廷公文的载体，书简退出历史舞台。
