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图1 自然发酵乳培养组学实验流程图
自然发酵乳是微生物资源的丰富来源，其中一些菌种具有益生特性，可以帮助预防和治疗各种疾病。然而，许多潜在的益生菌尚未通过传统的纯培养方法分离出来。培养组学是一种相对较新的方法，主要用于培养和鉴定以前未知和未培养的细菌。然而，它们在自然发酵乳中的应用仍然有限。近日，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室刘文俊研究员在Food Bioscience（1区，IF：4.8）上发表最新研究成果。该研究建立了一种可靠的从自然发酵乳中分离新物种和低丰度物种的策略。采用两种培养温度（20℃ 和 30℃）、两种培养基（MRS 和 RCM+Vb），并延长富集培养时间至14天，分离效率显著提高。从3份自然发酵乳样品中分离到488株细菌，隶属于3门11属27种。此外，还通过16S
rRNA全长基因测序证实了该方法可以显著提高自然发酵乳中可培养微生物的数量。
1. 从3份自然发酵乳样品中分离得到488株细菌，隶属3个门，11个属，27个种；
2. 使用培养组学的方法显著提高了自然发酵乳中可培养微生物的数量；
3. 使用培养组学的方法从自然发酵乳中分离出以前较少或从未分离过的物种，包括Lacticaseibacillus chiayiensis、Lactiplantibacillus pingfangensis、Lentilactobacillus parafarraginis 和 Bifidobacterium crudilactis。
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图2 自然发酵乳中微生物多样性分析
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图3 自然发酵乳中细菌的组成
目前有很多不可培养的微生物、亚优势种群和生长较晚的物种无法利用传统的纯培养方法分离出来。因此，亟需开发一种可以补充传统纯培养方法无法分离的细菌的方法。培养组学的方法最初是用于培养和鉴定栖息在人类肠道中的未知细菌。本研究尝试将培养组学的方法用于自然发酵乳中微生物的分离，并取得了一定的效果。使用该方法可以显著提高自然发酵乳中可培养微生物的数量，并且分离出以前较少或未曾从自然发酵乳中分离出的物种。有助于深入了解不同生境微生物的遗传背景和物种多样性，同时可培养菌株的获取有助于挖掘微生物的潜在功能和应用价值。
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.fbio.2024.105383
