平定五斗米道卢循之乱后，刘裕知道欲想统一天下，必须先稳定后方，这时候，刘裕的主要内部敌人有三：一是割据蜀地益州向后秦称臣的蜀王谯纵；一是与自己地位、资历相当的，当初参与“京口建义”复晋的功臣~自己的战友们；还有就是东晋的皇族宗室和门阀士族对自己的威胁。
刘裕的长刀首先挥向了自己的战友，京口建义复晋功臣，与刘裕同级别的何无忌战死，孟昶守建康不力，羞愤自杀，能够威胁到刘裕权力的只剩下刘毅与诸葛长民。
刘毅在桑落洲惨败于五斗米道大天师卢循，两万大军全军覆没，威信扫地，刘裕趁机剥夺了刘毅豫州刺史的职务，改任荆州刺史，刘毅侍功骄横，结党营私，拉拢高门士族为羽翼，屡屡挑衅刘裕的权威。
当初刘毅原本督荆、宁、秦、雍四州时，又上表朝廷要求兼督交、广二州，改任荆州刺史后，又上表调自己的部属郗僧施和毛修之到荆州任职，把豫州文武故吏和江州兵都带到荆州，刘裕一一照准，荆州成为刘毅的独立王国，刘毅在荆州广布党羽，安插亲信任各处要职，益发骄狂、放纵，不知收敛。
早在北伐南燕时，刘裕就注重培养自己的嫡系将领，用以取代京口建义的权臣大将，刘裕决定消灭荆州刘毅：一方面放纵刘毅，使其不起戒心；一方面精心挑选大将为前锋，起用王猛的孙子王镇恶、王弘和勇将蒯恩，偷袭荆州，自己率大军随后出发。
这时候刘毅得了重病，属下郗僧施等人怕刘毅死后荆州归属它人，于是劝说刘毅上表朝廷，派刘毅的堂弟兖州刺史刘藩入荆州为副手，刘裕假意应允，借刘藩从广陵（扬州）入朝之机，连同一起入朝的谢混等人一起抓捕，令其全部自尽。
王镇恶和蒯恩诈称刘藩西上荆州赴任，乘一百条船先行，刘裕大军随后，先锋部队日夜兼行，很快到了离荆州治所江陵二十里的豫章口，舍舟登岸，每条船留一两人，准备战鼓，遍插旌旗为疑兵，派兵焚烧荆州战船，主力沿陆路进军，突然出现在江陵城中。
江陵城内毫无防备，王镇恶与蒯恩分两路杀向府衙，此时长江之上烟焰张天，鼓声大作，王镇恶一面放火，一面扬言刘裕亲率大军已到，身中五箭，长矛战断，尤大呼酣战，刘毅退入内城仓皇指挥军队还击，经一天激战，荆州兵已无战心，陆续逃散而去，只剩下刘毅的亲军拼死抵抗。
战到午夜，刘毅已是不敌，突围出城，躲进牛牧佛寺，几年前，刘毅复晋，讨伐篡晋建楚的荆州桓玄之时，牛牧佛寺曾经接纳过一名桓氏子弟，结果寺内住持被刘毅所杀，现在刘毅兵败想躲进寺内，被寺内僧众拒绝。
刘毅走投无路，万念俱灰，不愿受刘裕嘲讽、污辱，在寺内上吊自杀，二十天后，刘裕大军进驻江陵，部下献上刘毅的头颅，刘裕默然许久。。
刘毅被杀，京口建义复晋与刘裕资历相当的功臣只剩下诸侯长民，刘裕征讨荆州时，为安稳住诸侯长民，派他留守京师建康，负责朝廷事务，以示信任。
刘毅死迅传来，诸葛长民自知祸事不远，向刘裕的亲信刘穆之讨口风，得到刘穆之的安慰，还是放心不下，他的弟弟诸葛黎民极力劝说他乘机起事，反抗刘裕，诸葛长民举棋不定，坐卧不宁，思来想去，写密信给前北府兵统帅刘牢之的儿子刘敬宣，密谋起兵。
刘敬宣哪敢与刘裕为敌，一口回绝，把诸葛长民的原信快速送到刘裕手中。
刘裕得信后，率大军由荆州班师回京，满朝文武在江边迎接太尉刘裕，却迎了个空，刘裕未随大军入城，乘轻舟借夜色回到东府，次日天明，诸葛长民闻听刘裕回京，慌忙登门拜候。
刘裕召其共坐，屏退左右，推心置腹，无所不谈，该说的，不该说的，也都说过了，两人回忆往事，唏嘘不已，帐后武士丁旰突然从后面现身，一刀结果了诸葛长民的性命。
这一年是晋义熙八年，公元412年末，次年，公元413年初，当国掌政、太尉刘裕挟平刘毅、诛诸葛长民之威，上表朝廷请行桓温庚戌土断（清查户口）之制，于是依界土断，这是东晋朝廷第四次土断。
除南兖、南徐、南青三州在晋陵郡界内以外，其余各流寓郡县多被并省，此次土断也象前三次土断一样遭到士族门阀反对，会稽四姓之一的余姚豪门虞亮违命，藏匿亡命之徒千余人，被刘裕立即将其斩首示众，于是“豪强肃然，远近知禁。”。
此次土断是东晋执行效果最彻底的一次，朝廷控制的人口，几乎倍增。
刘裕掌控住东晋朝廷后，公元413年，这年春天，刘裕简拔资历尚轻的西阳太守朱龄石为主将，自己的妻弟臧熹为副将，蒯恩、刘钟为佐将，统兵两万，由荆州入川伐谯蜀。
前次，刘裕伐南燕前曾派刘敬宣率兵五千伐蜀，本意是想让没参与“京口建义”复晋的刘敬宣立下军功，露露脸，以报达刘氏父子对自己的知遇之恩，没想到刘敬宣伐蜀失利，兵损过半，粮尽而归，刘裕在与刘敬宣有故恨的刘毅的逼迫下，差点被迫杀了自己的恩人加好友刘敬宣，多亏了何无忌从中调停，支持刘裕，才保下了刘敬宣的性命。
五斗米道大天师卢循起兵进攻建康时，蜀王谯纵趁乱联络后秦入侵了襄阳，此事对战神刘裕来说，是刘裕的奇耻大辱。
伐蜀主将朱龄石以刘裕锦囊，声东击西，以疑兵牵制蜀军主力，自率大军以快打慢，仅三月有余，攻克成都，蜀王谯纵弃城而逃，自杀身亡，朱龄石肃清蜀地叛军，叛晋八年后，蜀地益州再度纳入东晋版图。
刘裕把东晋的势力范围重新扩张到西南，对后秦的关中政权施以重压，一步一步实现统一天下的战略。
之后，公元415年，刘裕收杀盘据荆州的宗室司马休之留在建康的次子司马文宝和侄子司马文祖，去年，司马休之的儿子司马文思，私蓄死士，欲谋杀刘裕，被刘裕抓捕，送往荆州司马休之处，司马休之只上表朝廷罢了儿子的封爵，向刘裕道歉了事。
于是刘裕逼迫司马休之起兵反叛，刘裕起兵讨伐荆州，没想到讨伐将领除蒯恩外，全部战死。
刘裕大怒，亲率大军征讨，击败司马休之大军四万，东晋皇族宗室最后的力量，司马休之、鲁轨、鲁宗等权臣纷纷逃往后秦，晋宗室势力从此不在，面对刘裕雷霆手段，世家豪门亦是人人惊悚自危。
刘裕把东晋朝廷大权牢牢把握外自己手里后，晋安帝司马德宗加封刘裕中外大都督，掌全国军权，剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名，刘裕权倾朝野，在东晋朝廷再无敌手。
战神刘裕的下一个灭国目标瞄准了“后秦”，西晋的两个故都：长安、洛阳都在后秦手中。
公元416年正月，晋安帝刘裕加领平北将军、兖州刺史、都督南秦州诸军事，至此，刘裕一人都督东晋徐州、南徐、豫、南豫、兖、南兖、青、冀、幽、并、司、郢、荆、江、湘、雍、梁、益、宁、交、广、南秦共二十二个州。
刘裕在东晋的势力已经超过东晋立国之后，所有其余各种势力的总和还多。
时年五十三岁的刘裕登上建康城外悬壁虎倨的石头城，俯视滚滚长江水东流而逝，仰望西北长空，故都啊故都，两京沦陷胡人之手已近百年……
除东都洛阳一度光复外，晋军的旗帜从来没有在西京长安城头飘扬过……
（未完待续）
题内话：公元413年，阴历四月十三，一代高僧鸠摩罗什圆寂于后秦都城长安的草堂寺，后秦皇帝姚兴，失去了做为继承前秦为正统的唯一加持，也失去了政权正统的根基。
公元416年一月，后秦皇帝姚兴去世，太子姚泓继位，后秦大乱。
战神刘裕在这时准备伐后秦，是考虑到方方面面的原因的。
题内话：公元413年，大夏国主赫连勃勃开始筑统万城。
在此期间，西北七国正为争夺河西牧场，混战不休。
浑然不知，整顿东晋内政、牢牢把控住东晋权力后，战神刘裕的长刀又已出鞘。。
