虽然ICHD的诊断标准试图依据头痛发作的性质、持续时间、伴随症状等来区分偏头痛和丛集性头痛，且两者的临床表现看似明显不同（见表1），但有些患者的临床表现可能介于其间，即可能两者均完全符合或均不完全符合。
简而言之，若不考虑患者头痛发作的时间特点，其头痛特点和伴随症状完全符合偏头痛的表现；若不考虑患者的头痛发作特点，则头痛发作的时间性特点及每个丛集期内头痛部位始终固定于一侧完全符合丛集性头痛的表现。
丛集性头痛与偏头痛的临床表现重叠
多个大样本的病例观察研究发现，不少偏头痛或丛集性头痛患者具有超过诊断标准之外的“不典型表现”。鉴于目前的原发性头痛诊断缺乏客观依据，仅仅是依据临床特征，因此寻找可能的临床特征，就成为诊断的要点。
偏头痛患者不仅可以有类似
可见，虽然目前的诊断标准看似能够轻而易举地区分偏头痛和丛集性头痛的头痛发作，但临床上不典型的情况比比皆是。没有什么临床表现是某种类型原发性头痛所具有的独特或唯一表现，差别仅在于症状的轻重和多少。
是偏头痛还是丛集性头痛？
偏头痛与丛集性头痛的临床表现重叠的原因多种，包括患者对症状的描述不清、两者共病或为特殊类型头痛等。有些患者是丛集性头痛与偏头痛共病，有不同类型的头痛发作。有些患者表现为早年为偏头痛发作，后来为典型的丛集性头痛。但这些患者的头痛，在不同时期或不同发作中的表现是不同的，故不难加以区分。
依据目前对偏头痛与丛集性头痛发病机制的认识，一般认为偏头痛的发病机制与皮质功能紊乱、神经元活性异常增高有关，头痛的机制主要与三叉血管调节机制有关。而丛集性头痛的机制主要是下丘脑后部激活，通过下丘脑-三叉途径及三叉-面脑干反射途径激活三叉神经和脑副交感神经系统。
通常，丛集性头痛与偏头痛在偏侧性、周期性、伴随三叉神经症状及不安4个方面有所不同：
①在同一个丛集发作期内，头痛的部位始终固定（9%～16%有变换），罕见同时双侧或一次发作时由一侧向另一侧扩散。而偏头痛则缺乏这种严格的偏侧固定的特征。
②丛集性头痛的核心特征是周期性，丛集发作期多见于春秋季节，然后是持续数月数年的间歇期，每次丛集发作的持续时间基本固定（大多为6～12周），头痛多发生于夜间，头痛的频率和持续时间基本固定。这种时间一致性的特征几乎不见于偏头痛。偏头痛可以丛集性发作，持续时间也可以短于4小时，但偏头痛不像丛集性头痛那样有显著的季节相关性。
③丛集性头痛的诊断要求有位于头痛侧的三叉神经支配区的自主神经（副交感激活和交感低下）症状。其他原发性头痛，如偏头痛也可以有自主神经症状，故与丛集性头痛的区别主要是程度不同而非是否存在。
④头痛时，日常活动对头痛的影响很重要。ICHD诊断标准要求偏头痛是活动诱发加重（不耐受）而丛集性头痛是不安和踱步（难以安静卧床休息）。活动后头痛缓解或无变化，在丛集性头痛为80%，在偏头痛则为15%；而活动后头痛加重，在偏头痛中为85%，在丛集性头痛中为20%。
以恶心和呕吐为代表的偏头痛样症状为非特异性，只是与头痛持续时间较长有关，不具疾病的诊断特征性。对光、声或气味的敏感，多见于偏头痛，在区分不同类型头痛时，不能简单地区分是否存在畏光和畏声，而是要区分单侧或双侧。
丛集性偏头痛是否存在？
Medina和Diamond提出周期性偏头痛（cyclicmigraine）的概念。他们报道27例患者，头痛发作周期持续2周以上，平均6周，间隔期长，单次头痛持续1～72小时，头痛位于单侧或双侧，部分伴流泪和鼻塞等。其中22例患者接受锂盐治疗，19例有效。作者认为患者的头痛符合偏头痛的诊断标准（当时尚无ICHD分类诊断标准），但具有丛集性头痛的周期性聚集发作和对锂盐有反应两个特点。
Solomon等提出偏头痛-丛集性头痛综合征（migraine-cluster headache syndrome）的概念，认为头痛发作的时间特征是偏头痛与丛集性头痛的最核心差异。偏头痛为随机发作（虽然多与月经、天气、睡眠及情绪有关），极少达到每周3次以上，发作持续超过4小时。而丛集性头痛是密集连续发作，持续时间短，多在固定时间发作。
做出偏头痛-丛集性头痛综合征的诊断，要求在一种头痛发作时，有另一种头痛的重要特征出现（如丛集性头痛出现先兆或丛集性发作的偏头痛），而出现其他非主要的特征，则不考虑。
Applebee和Shapiro于2007年在总结上述不同观念后提出丛集性偏头痛（clustermigraine），认为丛集性头痛和偏头痛的差异并非绝然，而是一个灰色的谱，重叠的情况不少见，可能体现了临床表现多变的头痛疾患的个体化特征，抑或是不同头痛疾患具有潜在共同的病理机制。
