病原基因组测序这些年无疑是IVD最热门的领域，在前几年mNGS大放异彩之后，2024年年底tNGS也有专家共识问世。毋庸置疑，病原基因测序确实为感染病诊治带来了很大帮助，但是经过长期观察，笔者认为无论是mNGS还是tNGS，要在临床进一步推广，还面临以下两大难题：
一、临床医生对于病原基因组测序的知晓率仍偏低
笔者是医学院校临床医学专业毕业，笔者的同学大多是目前在三级医院从事临床工作的中级职称医师，专业包括心内科、神经内科、内分泌科、肿瘤科、骨科，等等。笔者在和他们交流过程中，经常咨询他们对于病原基因测序临床价值的看法。但是令人吃惊的是，笔者的三十多位目前在医院从事临床工作的同学中，竟然没有一个人听说过病原基因测序这种技术，更不要说在临床中加以应用了。这些医生还都是在国内一线城市比较大的医院工作的，国内二三线城市更基层的医务人员对于病原基因测序的认知更是可想而知。这和之前对于病原基因测序技术普及度的认知严重不符。之前在各种大小专业学术会议上聆听过很多临床医学专家和检验医学专家关于病原基因测序的讲课，很多从事病原基因测序工作的同道也认为接触的呼吸内科、感染科和检验科老师对于病原基因测序非常了解。这里可能有所谓“幸存者偏差”的原因。呼吸内科收治了大量呼吸系统感染疾病患者，是送检病原基因测序样本的大户，这天然就决定了呼吸内科医师对于病原基因测序较内科其他专科医师具有更多的认知。而感染科收治血流感染、中枢神经系统感染等重症感染患者，对于病原基因测序也有较大需求。以这两个专科的医师对于病原基因测序的认知，来代表全体医生或者全体内科医生对于病原测序技术的认知，显然是不够全面的。从笔者的调查情况来看，普外科、骨科、胸外科等外科系统科室医师对于病原基因测序知晓率都很低。即使是内科系统的医师，除去呼吸内科、感染内科等少数和感染性疾病诊疗关系较为密切的科室之外，其他内科医师对于病原基因测序的认知仍然是极为有限的。而对于肺部感染这类疾病，其实患者在每个科室都很多，并不局限于呼吸内科，比如在肾内科、肿瘤科、神经内科都可能有很多发生肺部感染的患者。如果这些专科的医师对于病原基因测序认知不到位，无疑将大大阻碍其推广应用。
二、临床医生对于病原基因组测序临床价值的认识仍有限
如果说第一个问题通过对于临床医师的宣教还能得到解决的话，那么第二个问题对于病原基因测序的推广无疑是更加不利的因素，那就是临床医生很多不会应用病原基因测序检测报告，甚至不认可病原基因测序的临床价值。很多病人家属表示，把花费几千元获得的病原基因测序报告单交给临床医师，只换来临床医师一句“没有提供什么有价值的信息”。临床医生对于病原基因测序报告不会看、甚至不屑看的原因很多，其中很重要一条就是：他们太习惯于对照微生物实验室提供的细菌药敏报告单进行治疗了。传统微生物检验报告无论存在多少不完善之处，有一点是确凿无疑的，那就是提供了培养出的细菌和敏感的抗菌药物，临床医生可以直接对照进行用药。而目前的病原基因测序报告还不能提供充分的此类信息（即使是tNGS），即便是检测到耐药基因，也只能提示该病原微生物对于某种药物耐药而不能反过来提示对于某种药物敏感。更不要说病原微生物耐药基因型和表型之间错综复杂的关系。只报告几种测序测得的微生物，对于临床医生来说仍然是经验性应用抗菌药物。这些都是病原基因测序被临床医生认可的阻碍。
三、小结
毫无疑问，近年来病原基因测序技术发展很快。但是作为一种IVD产品或者技术，最重要的永远是临床应用价值。广大临床医生相对于“杂交捕获”“多重PCR”，更加关注的是这项检测为临床提供了哪些价值？我们认为某项技术在临床广受认可，是否只是因为我们接触的都是对这项技术熟悉的人的原因？这些都值得我们思考。
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